一组食管癌甲基化预后标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体涉及一组食管癌甲基化预后标志物及其应用；具体地，所述一组食管癌甲基化预后标志物至少包括以下甲基化位点中的至少一个：cg02370667、cg23378365、cg06090867、cg03244277；同时本发明专利技术提供了检测所述甲基化预后标志物的试剂在预测食管癌患者预后中的应用。预测食管癌患者预后中的应用。预测食管癌患者预后中的应用。

【技术实现步骤摘要】
一组食管癌甲基化预后标志物及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及一组食管癌甲基化预后标志物及其应用。

技术介绍

[0002]食管癌原发于食管黏膜上皮，是世界范围内常见的消化系统恶性肿瘤，其死亡率位居恶性肿瘤死亡率的第六位，发病率位居第八(Liang et al.,2017；Siegel et al.,2016)。食管癌包括鳞状细胞癌和腺癌两种主要的组织亚型(Rustgi and El
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Serag,2014)，大约80％的食管癌病例都出现在不发达国家，而这些病例中的60％都发生在中国(Ferlay et al.,2010)。近年来，食管腺癌(Esophageal adenocarcinoma,EAC)主要分布在西方国家，其发病率迅速上升，而食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)则主要发生在东亚和非洲地区的一些国家(Brown et al.,2008；Zeng et al.,2016)。食管鳞癌占全球食管癌总病例数的80％左右(Kamangar et al.,2006)，主要发生在中国，其中每年约有35万人死于这种恶性肿瘤(Wang et al.,2014)。与许多其他肿瘤一样，食管鳞癌的早期诊断对于患者预后有很大的改善。由于缺乏有效的早期诊断方法，大部分食管鳞癌患者确诊时就已处于疾病晚期，甚至超过一半的患者在疾病确诊时就已发生远处转移，导致患者五年生存率不足30％(Besharat et al.,2008；Enzinger and Mayer,2003)。目前食管鳞癌的发病机制仍未被完全阐明，这是影响其治疗的主要瓶颈。
[0003]肿瘤是多种因素参与、经多阶段变化累积的十分复杂的病变过程，涉及基因组改变、表观遗传改变、转录组改变以及信号通路紊乱等多层次的复杂调控。此前，已有多项全基因组或外显子组测序研究全面地概括了食管鳞癌中基因组水平的改变，同时表观遗传方面的研究也显示了多个分子水平的变化，例如DNA甲基化、组蛋白乙酰化和RNA编辑等。另外，流行病学研究提示可能与某些环境因素以及烟酒等生活方式有关(Islami et al.,2011；Morita et al.,2010；Toh et al.,2010；Zhang et al.,2012)。表观遗传改变又极易受到环境因素影响而改变遗传物质，可谓集合了环境与遗传双重因素的影响。近年来表观遗传改变在恶性肿瘤发生发展中的作用越来越受到重视，与其他肿瘤一致，食管鳞癌基因组中包含异常的局部高甲基化区域和广泛的低甲基化区域，这些表观基因组的畸变共同导致食管鳞癌的发生和发展，例如抑癌基因的表观遗传沉默、超级增强子激活和RNA编辑(Lin et al.,2018)。
[0004]随着检测技术的发展，肿瘤中DNA甲基化的改变被认为是开发有效的诊断和预后生物标志物的潜在靶标。因此，目前已有大量基于DNA甲基化的生物标志物方面的研究报道，包括肺癌、结直肠癌和胃癌等多种肿瘤的诊断预测(Okugawa et al.,2015；Tahara and Arisawa,2015；Walter et al.,2014)，并且一些甲基化标志物已被商业化。

技术实现思路

[0005]为提供更准确高效的预测食管癌患者预后的标志物，专利技术人收集了91例患者的医疗记录和样本，对癌组织和癌旁组织进行甲基化测序分析后，通过单因素cox回归和多因素
cox回归分析，构建了预后模型，并且使用网络数据库的数据对模型进行了验证，本专利技术所提供的甲基化预后标志物及其构成的预测模型对临床诊断具有极大的实用价值。
[0006]第一方面，本专利技术提供了一组食管癌甲基化预后标志物的组合，所述组合包括以下甲基化位点的2个、3个、4个：cg02370667、cg23378365、cg06090867、cg03244277。
[0007]具体地，所述cg02370667是16号染色体上的第84029511位，该位点所在的基因是NECAB2，其在甲基化位点分类中属于CpG岛。
[0008]所述cg23378365是5号染色体上的第156696351位，该位点所在的基因是CYFIP2，其在甲基化位点分类中属于S_Shelf(CpG岛下游2
‑
4kbp)。
[0009]所述cg06090867是1号染色体上的第20511782位，该位点所在的基因是UBXN10，其在甲基化位点分类中属于N_Shore(CpG岛上游0
‑
2kbp)。
[0010]所述cg03244277是4号染色体上的第75310450位，该位点所在的基因是AREG，其在甲基化位点分类中属于N_Shore(CpG岛上游0
‑
2kbp)。
[0011]具体地，所述cg02370667在患者中的甲基化程度高，患者预后更差
[0012]所述cg23378365在患者中的甲基化程度高，患者预后更差
[0013]所述cg06090867在患者中的甲基化程度高，患者预后更差
[0014]所述cg03244277在患者中的甲基化程度高，患者预后更差。
[0015]优选地，所述食管癌包括但不限于食管鳞癌、食管腺癌、食管淋巴瘤、食管平滑肌肉瘤和食管转移性癌。
[0016]优选地，所述食管癌是食管鳞癌。
[0017]优选地，所述组合还可以包括其他甲基化位点。
[0018]优选地，所述其他位点包括位于结构基因和/或非结构基因上的位点。
[0019]优选地，所述非结构基因包括顺式作用元件和/或反式作用元件。
[0020]优选地，所述食管癌甲基化预后标志物的组合还可以与其他食管癌预后标志物连用。
[0021]优选地，所述预后的指标包括客观缓解率(Objective Response Rate，ORR)、总体存活率(Overall survival rate，Overall survival，OS)、无进展生存期(pro gression
‑
free survival，PFS)、疾病进展时间(time to progress，TTP)、无病生存期(Disease
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free survival，DFS)、治疗失败时间(time to treatment failure，TT F)、应答率(RR)、完全应答(CR)、部分应答(PR)。
[0022]优选地，所述预后的指标是总体存活率(Overall survival rate，Overall survival，OS)。
[0023]优选地，所述预后的指标是100月以内的总体存活率。优选地，60个月以内的总体存活率。更优选地，50个月以内的总体存活率。
[0024]优选地，所述预后的指标是也可以是1～5年以内的总体存活率。具体地，所述1～5年是1年、2年、3年、4年、5年。
[0025]另一方面本专利技术提供了一种可以预测食管癌本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组食管癌甲基化预后标志物的标志物组合，所述标志物组合包括以下甲基化位点的2个、3个、4个：cg02370667、cg23378365、cg06090867、cg03244277。2.如权利要求1所述的标志物组合，其特征在于，所述cg02370667在患者中的甲基化程度高，所述cg23378365在患者中的甲基化程度高，所述cg06090867在患者中的甲基化程度高，所述cg03244277在患者中的甲基化程度高。3.如权利要求1所述的标志物组合，其特征在于，所述食管癌包括但不限于食管鳞癌、食管腺癌、食管淋巴瘤、食管平滑肌肉瘤和食管转移性癌；优选地，所述食管癌是食管鳞癌。4.如权利要求1所述的标志物组合，其特征在于，所述预后的指标包括客观缓解率、总体存活率、无进展生存期、疾病进展时间、无病生存期、治疗失败时间、应答率、完全应答、部分应答。5.如权利要求4所述的标志物组合，其特征在于，所述预后的指标是总体存活率。6.如权利要求5所述的标志物组合，其特征在于，所述预后的指标是100月以内的总体存活率；优选地，60个月以内的总体存活率；更优...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴晨，林东昕，席奕轶，林媛，劳月琼，张少森，谭文，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：