寡核苷酸组合物及其方法技术

除其他事项外，本披露提供了设计的DMD寡核苷酸、组合物、及其使用方法。在一些实施例中，本披露提供了如下技术，这些技术可用于通过跳读外显子51来修复突变体DMD转录物，使得可以将转录物翻译成内部截短的、但具有至少部分功能的肌营养不良蛋白质变体。在一些实施例中，本披露提供了可用于调节DMD转录物剪接的技术。在一些实施例中，提供的技术可以改变肌营养不良蛋白(DMD)DMD转录物的剪接。在一些实施例中，本披露提供了用于治疗如肌肉营养不良等疾病的方法，该肌肉营养不良包括但不限于杜氏肌肉营养不良、贝克肌肉营养不良等。贝克肌肉营养不良等。贝克肌肉营养不良等。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】寡核苷酸组合物及其方法
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求于2018年12月6日提交的美国临时申请号62/776,432、于2019年10月16日提交的美国临时申请号62/916,192、和于2019年10月16日提交的美国临时申请号62/916,194、以及于2019年4月11日提交并于2019年10月17日公开为WO 2019/200185的PCT申请号PCT/US2019/027109、和于2019年5月10日提交并于2019年11月14日公开为WO 2019/217784的PCT申请号PCT/US2019/031672的优先权，其各自的全部内容通过引用并入本文。

技术介绍

[0002]寡核苷酸可用于治疗、诊断、研究、和纳米材料应用。天然存在的核酸(例如，未经修饰的DNA或RNA)用于治疗的用途可能受限，例如，因为天然存在的核酸对细胞外和细胞内核酸酶的不稳定性和/或天然存在的核酸的细胞渗透和分布不良。需要新的且改善的寡核苷酸和寡核苷酸组合物，例如像，适用于治疗各种疾病的新寡核苷酸和寡核苷酸组合物。

技术实现思路

[0003]除其他事项外，本披露涵盖了以下认识：寡核苷酸的结构元件(如碱基序列、化学修饰(例如，糖、碱基、和/或核苷酸间键联的修饰及其模式)、和/或立体化学(例如，骨架手性中心的立体化学(手性核苷酸间键联)、和/或其模式))可以对寡核苷酸特性(例如，外显子跳读(例如，DMD的外显子51的跳读)、毒性、稳定性、蛋白质结合特征等)具有显著影响。
[0004]在一些实施例中，本披露提供了能够介导DMD基因的外显子(例如，外显子51)的跳读并且可用于治疗肌肉营养不良的寡核苷酸或寡核苷酸组合物。在一些实施例中，寡核苷酸或寡核苷酸组合物可用于治疗肌肉营养不良。在一些实施例中，寡核苷酸或寡核苷酸组合物是DMD寡核苷酸或DMD寡核苷酸组合物，该DMD寡核苷酸或DMD寡核苷酸组合物是本文披露的(例如，在表A1中的)DMD寡核苷酸或DMD寡核苷酸组合物。
[0005]在一些实施例中，如本文所证明的，提供的技术(例如，寡核苷酸、组合物、方法等)特别可用于降低突变体mRNA(例如，包含有害突变的DMD转录物)和/或由其编码的蛋白质的水平、和增加修复的mRNA(例如，其中跳读外显子51以缺失、改正或补偿有害突变的DMD转录物)和/或由其编码的蛋白质的水平。
[0006]在一些实施例中，提供的技术特别可用于调节DMD转录物的剪接，例如，增加所希望的剪接产物的水平和/或减少不希望的剪接产物的水平。在一些实施例中，提供的技术特别可用于降低DMD转录物(例如，前mRNA、RNA等)的水平，并且在许多情况下，降低由此类DMD转录物(如mRNA、蛋白质等)产生或编码的产物的水平。在一些实施例中，前mRNA或mRNA或RNA被从一个细胞区室(例如，细胞核、细胞质等)转移到另一个细胞区室、和/或被一种或多种酶修饰。
[0007]例如，在一些实施例中，肌营养不良蛋白基因可以包含外显子，该外显子包含与肌肉营养不良(包括但不限于杜氏肌肉营养不良(Duchenne(Duchenne
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s)muscular dystrophy，DMD)和贝克肌肉营养不良(Becker(Becker
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s)muscular dystrophy，BMD))相关
的一种或多种突变。在一些实施例中，疾病相关的外显子包含外显子中的突变(例如，错义突变、移码突变、无义突变、提前终止密码子等)。在一些实施例中，本披露提供了用于有效地跳读疾病相关的肌营养不良蛋白外显子、同时保留或恢复读框使得可以产生较短的(例如，内部截短的)、但是具有部分功能的肌营养不良蛋白(例如，变体)的组合物和方法。
[0008]除其他事项外，本披露证明了可以使用化学修饰和/或立体化学来调节由DMD寡核苷酸组合物剪接的DMD转录物。在一些实施例中，本披露提供了化学修饰和立体化学的组合来改善DMD寡核苷酸的特性，例如，它们改变DMD转录物的剪接的能力。在一些实施例中，本披露提供了手性受控的(chirally controlled)DMD寡核苷酸组合物，当与参考条件(例如，不存在组合物、存在参考组合物(例如，具有相同的构造(如本领域技术人员所理解的，除非另有说明，否则构造通常是指分子实体中原子的同一性和连接性(以及对应的键多重性)的描述，但是省略了由它们的空间排列引起的任何区别)的DMD寡核苷酸的立体随机(立体随机的)组合物、不同的手性受控的DMD寡核苷酸组合物等)、及其组合等)相比时，该手性受控的DMD寡核苷酸组合物提供了增加的DMD外显子51的跳读以产生经修饰的(例如，修复的)mRNA，该经修饰的mRNA可以被翻译以产生内部截短的、但至少具有部分功能的肌营养不良蛋白质变体。
[0009]在一些实施例中，与参考条件相比，提供的手性受控的寡核苷酸组合物出人意料地有效。在一些实施例中，DMD外显子51的剪接可以增强超过5、10、15、20、25、30、40、50、或100倍。
[0010]除其他事项外，本披露认识到提供低毒性寡核苷酸组合物及其使用方法的挑战。在一些实施例中，本披露提供了具有降低的毒性的DMD寡核苷酸组合物和方法。在一些实施例中，本披露提供了具有减少的免疫应答诱导的DMD寡核苷酸组合物和方法。
[0011]在一些实施例中，本披露提供了具有增强的hTLR9活性拮抗作用的寡核苷酸组合物(例如，DMD寡核苷酸和组合物)。在一些实施例中，肌肉营养不良与例如肌肉组织中的炎症相关。在一些实施例中，提供的技术(例如，DMD寡核苷酸、组合物、方法等)提供了增强的活性(例如，外显子跳读活性)和hTLR9拮抗活性两者，这些活性可以对与炎症相关的一种或多种病症和/或疾病有效。在一些实施例中，提供的DMD寡核苷酸和/或其组合物提供了外显子跳读能力以及降低的毒性和/或炎症水平两者。
[0012]在一些实施例中，寡核苷酸包含(各自独立地选自多种类型的)多个核苷酸间键联。多种类型的核苷酸间键联在特性上不同。不希望受任何理论束缚，本披露指出天然磷酸酯键联(磷酸二酯核苷酸间键联)是阴离子的，并且当在体内以其自身使用而没有其他化学修饰时可以是不稳定的；硫代磷酸酯核苷酸间键联是阳离子的，通常在体内比天然磷酸酯键联更稳定，并且在一些情况下可能更具疏水性；中性核苷酸间键联(如本披露中例示的包含环状胍部分的中性核苷酸间键联)在生理pH下是中性的、在体内可以比天然磷酸酯键联更稳定、并且更具疏水性。
[0013]在一些实施例中，寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键联，该经修饰的核苷酸间键联是在pH[例如，人生理pH(约7.4)、递送位点(例如，细胞器、细胞、组织、器官、生物体等)的pH等]下是非负电荷的(中性或阳离子的)核苷酸间键联。不希望受任何特定理论的束缚，在至少一些情况下，与不包含中性核苷酸间键联的相当的核酸相比，寡核苷酸中的中性核苷酸间键联可以提供改善的特性和/或外显子51的跳读，例如改善的递送、对外切核酸酶和内
切核酸酶改善的抗性、改善的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多种寡核苷酸共享：1)共同的碱基序列，和2)独立地在一个或多个(例如，约1
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且
n001R是其中磷呈Rp构型。19.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fG*SfU*SfAn001RfC*SfC*SfUn001RfC*SfC*SmAfA*SmC*SfA*SmUfC*SfA*SfA*SfGn001RfG*SfA*SfA，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。20.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fU*SfG*SfGn001RfC*SfA*SfUn001RfU*SfU*SmCfU*SmA*SfG*SmUfU*SfU*SfG*SfGn001RfA*SfG*SfA，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。21.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fG*SfG*SfCn001RfA*SfU*SfUn001RmUfC*SfU*SmA*SfG*SmUmU*SfU*SfG*SfG*SfAn001RfG*SfA*SfU，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。22.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fU*SfG*SfGn001RfC*SfA*SfGn001RfU*SfU*SmUfC*SmC*SfU*SmUfA*SfG*SfU*
SfAn001RfA*SfC*SfC，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。23.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fU*SfG*SfGn001RfC*SfA*SfGn001RmUfU*SfU*SmC*SfC*SmUmU*SfA*SfG*SfU*SfAn001RfA*SfC*SfC，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。24.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fG*SfG*SfUn001RfA*SfA*SfGn001RfU*SfU*SmCfU*SmG*SfU*SmCfC*SfA*SfA*SfGn001RfC*SfC*SfC，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。25.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fG*SfG*SfUn001RfA*SfA*SfGn001RmUfU*SfC*SmU*SfG*SmUmC*SfC*SfA*SfA*SfGn001RfC*SfC*SfC，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且
n001R是其中磷呈Rp构型。26.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fC*SfA*SfAn001RfC*SfA*SfUn001RfC*SfA*SmAfG*SmG*SfA*SmAfG*SfA*SfU*SfGn001RfG*SfC*SfA，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。27.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fA*SfU*SfGn001RfG*SfC*SfAn001RfU*SfU*SmUfC*SmU*SfA*SmGfU*SfU*SfU*SfGn001RfG*SfA*SfG，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。28.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fA*SfU*SfGn001RfG*SfC*SfAn001RmUfU*SfU*SmC*SfU*SmAmG*SfU*SfU*SfU*SfGn001RfG*SfA*SfG，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。29.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fG*SfC*SfAn001RfU*SfU*SfUn001RfC*SfU*SmAfG*SmU*SfU*SmUfG*SfG*SfA*
SfGn001RfA*SfU*SfG，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代磷酸酯；m代表经2
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OMe修饰的核苷；并且n001R是其中磷呈Rp构型。30.一种组合物，其中该组合物中的所有寡核苷酸的水平是各自独立地具有以下结构的寡核苷酸：fC*SfA*SfGn001RfU*SfU*SfUn001RfC*SfC*SmUfU*SmA*SfG*SmUfA*SfA*SfC*SfCn001RfA*SfC*SfA，或其药学上可接受的盐，其中：f代表经2
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F修饰的核苷；*S代表Sp硫代...

【专利技术属性】
技术研发人员：詹森，
申请(专利权)人：波涛生命科学有限公司，
类型：发明
国别省市：