核酸分离的方法和组合物技术

提供了用于从生物样品分离核酸的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核酸分离的方法和组合物相关申请的交叉引用本申请要求于2018年8月17日提交的美国临时申请第62/765,013号的权益，其全部内容通过引用并入本文。关于序列表的声明与本申请相关联的序列表以文本格式代替纸质副本提供，并且通过引用并入本说明书中。包含序列表的文本文件的名称为70132_Seq_Final_2019-08-14.txt。文本文件为3.0KB；创建于2019年8月14日；并在提交说明书时通过EFS-Web提交。专利
本专利技术涉及从包含核酸的样品中分离核酸的方法和组合物。背景与传统的诊断方法相比，通过各种自动化分析技术，例如聚合酶链式反应(PCR)，利用核酸扩增和/或检测的分子诊断分析可以在更短的时间内提供快速而准确的结果，并且可以轻松实现自动化。然而，为了对生物样品进行分子诊断分析，必须从生物材料中分离核酸，以去除可能例如通过抑制聚合酶活性影响分析准确性的组分。即使存在多种用于核酸提取的方法，但是当前可用的方法通常涉及冗长的步骤，并且不易于自动化。因此，在扩增和检测特定靶标之前制备核酸样品是分子诊断学中最具挑战性的步骤。需要简单且快速的核酸分离方法来制备不含扩增抑制剂的有质量的核酸，所述方法不需要大量样品处理并且可以适应临床实验室自动化。需要能够以与快速、自动化的核酸检测方法兼容的方式促进核酸从包含核酸的生物样品中分离的试剂。专利技术概述一方面，本文提供了用于从包含核酸的样品中分离核酸的方法，包括：(a)使包含核酸的样品与包含多糖的水性组合物接触，所述多糖包含一个或多个糖醛酸单元；和(b)在固体载体上浓缩所述核酸，从而分离所述核酸。在本文公开的方法的一些实施方案中，所述多糖还包含改性的糖醛酸单元，例如糖醛酸酰胺单元、糖醛酸酯单元或其组合。在一些实施方案中，多糖还包含一个或多个由式II表示的单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：其中：R2和R3独立地为H、任选取代的C1-C8烷基、任选取代的C3-C8环烷基、任选取代的C3-C8杂环烷基或任选取代的C2-C20杂烷基。在一些实施方案中，所述多糖还包含一个或多个式(III)的单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：其中R3为CH2CH2NH2、CH2CH2N(CH3)2、CH2CH2OH、NH2、H、CH3、CH2CH2OCH2CH2NH2或CH2CH2NHCH2CH2NH2。在一些实施方案中，所述多糖包含一个或多个具有式VI的结构的单体单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：其中：n为0、1、2或3；R4为H或C1-C3烷基；X在每次出现时独立地为C2-C4亚烷基或C4-C6杂亚烷基；Y为C2-C3亚烷基或C4-C6杂亚烷基；和R5和R6独立地为H或C1-C3烷基。在一些实施方案中，所述多糖包含一个或多个具有式V的结构的单体单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：其中：n为0、1、2或3；m在每次出现时独立地为2、3或4；p为2、3或4；R1、R2和R3独立地为H或C1-C3烷基；R4为H或C1-C3烷基；和R5和R6独立地为H或C1-C3烷基。在一些实施方案中，所述多糖包含一个或多个由式VI、式VII或式VIII表示的单元，其异构体、盐、互变异构体或其组合：在一些实施方案中，所述多糖是水溶性多糖。在一些实施方案中，所述多糖是改性果胶。在一些实施方案中，所述改性果胶选自部分脱酯化果胶、部分脱酯化解聚果胶、酰胺化果胶、酰胺化解聚果胶或其混合物。在一些实施方案中，所述改性果胶是改性柑橘果胶或改性苹果果胶。在一些实施方案中，所述多糖以约0.1μg/mL至约1000μg/mL、约0.1μg/mL至约500μg/mL、约0.1μg/mL至约200μg/mL、约0.1μg/mL至约100μg/mL、约0.1μg/mL至约50μg/mL、约0.1μg/mL至约20μg/mL、约1μg/mL至约200μg/mL、约1μg/mL至约100μg/mL、约1μg/mL至约50μg/mL或约1μg至约20μg的浓度存在于水性组合物中。在一些实施方案中，所述多糖具有约120kDa至约500kDa、约150kDa至约300kDa或约120kDa至约175kDa的相对分子量。在一些实施方案中，所述改性果胶是通过未改性果胶的酰胺化获得的。在一些实施方案中，所述未改性果胶具有约5kDa至约1,100kDa、约10kDa至约500kDa、约10kDa至约300kDa、约20kDa至约200kDa或约20kDa至约100kDa的相对分子量。在一些实施方案中，所述核酸通过离心、沉淀或其组合在固体载体上浓缩。在一些实施方案中，所述核酸通过在固体载体上沉淀来浓缩，例如，通过离心或通过过滤器来浓缩。在一些实施方案中，所述固体载体包含选自二氧化硅、玻璃、烯基主链聚合物、云母、聚碳酸酯、沸石、二氧化钛或其组合的材料。在一些实施方案中，所述固体载体是磁珠、玻璃珠、纤维素过滤器、聚碳酸酯过滤器、聚四氟乙烯过滤器、聚乙烯吡咯烷酮过滤器、聚醚砜过滤器或玻璃过滤器。在一些实施方案中，所述固体载体是离心管如聚乙烯或聚丙烯管的壁。在一些实施方案中，所述方法还包括洗涤在所述固体载体上沉淀或浓缩的核酸。在一些实施方案中，所述方法还包括从所述固体载体洗脱所述核酸。在一些实施方案中，所述方法还包括洗涤和洗脱步骤。在一些实施方案中，洗脱所述核酸包括使所述浓缩的核酸与洗脱剂接触。在一些实施方案中，所述洗脱剂包含氨或碱金属氢氧化物。在一些实施方案中，所述洗脱剂具有约9以上、约10以上或约11以上的pH。在一些实施方案中，所述洗脱剂具有约9至约12、约9.5至约12、约10至约12或约9至约11的pH。在一些实施方案中，所述洗脱剂包含聚阴离子。在一些实施方案中，所述聚阴离子是角叉菜胶。在一些实施方案中，所述聚阴离子是载体核酸。在一些实施方案中，所述洗脱剂包含角叉菜胶和碱金属氢氧化物或氢氧化铵。在一些实施方案中，所述角叉菜胶是i-角叉菜胶。在一些实施方案中，所述洗脱剂包含i-角叉菜胶和氢氧化钾。在一些实施方案中，所述水性组合物还包含裂解剂。在一些实施方案中，所述水性组合物还包含离液剂。在一些实施方案中，所述离液剂选自硫氰酸胍、盐酸胍、碱金属高氯酸盐、碱金属碘化物、脲、甲酰胺或其组合。在一些实施方案中，所述水溶液还包含盐。在一些实施方案中，所述盐为氯化钠或氯化钙。在一些实施方案中，所述水性组合物还包含缓冲剂。在一些实施方案中，所述缓冲剂为Tris或HEPES。在一些实施方案中，所述水性组合物还包含表面活性剂。在一些实施方案中，所述表面活性剂为聚山梨酯。在一些实施方案中，所述水性组合物还包含消泡剂。在一些实施方案中，所述样品是血液、血浆、血清、精液、组织活检、眼泪、尿液、粪便、唾液、脊髓液、涂布标本、细菌培本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于从包含核酸的样品中分离核酸的方法，包括：/n(a)使包含核酸的样品与包含多糖的水性组合物接触，所述多糖包含一个或多个糖醛酸单元；和/n(b)在固体载体上浓缩所述核酸，从而分离所述核酸。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180817 US 62/7650131.一种用于从包含核酸的样品中分离核酸的方法，包括：
(a)使包含核酸的样品与包含多糖的水性组合物接触，所述多糖包含一个或多个糖醛酸单元；和
(b)在固体载体上浓缩所述核酸，从而分离所述核酸。


2.权利要求1所述的方法，其中所述多糖还包含一个或多个由式II表示的单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：



其中：
R2和R3独立地为H、任选取代的C1-C8烷基、任选取代的C3-C8环烷基、任选取代的C3-C8杂环烷基或任选取代的C2-C20杂烷基。


3.权利要求1所述的方法，其中所述多糖还包含一个或多个式(III)的单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：



其中R3为H、CH3、CH2CH2NH2、CH2CH2N(CH3)2、CH2CH2OH、(CH2)2O(CH2)2NH2或CH2CH2NHCH2CH2NH2。


4.权利要求1所述的方法，其中所述多糖包含一个或多个具有式VI的结构的单体单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：



其中：
n为0、1、2或3；
R4为H或C1-C3烷基；
X在每次出现时独立地为C2-C4亚烷基或C4-C6杂亚烷基；
Y为C2-C3亚烷基或C4-C6杂亚烷基；和
R5和R6独立地为H或C1-C3烷基。


5.权利要求1所述的方法，其中所述多糖包含一个或多个具有式V的结构的单体单元，其异构体、盐、互变异构体或组合：



其中：
n为0、1、2或3；
m在每次出现时独立地为2、3或4；
p为2、3或4；
R4为H或C1-C3烷基；和
R5和R6独立地为H或C1-C3烷基。


6.权利要求1所述的方法，其中所述多糖包含一个或多个由式VI、式VII或式VIII表示的单元，其异构体、盐、互变异构体或其组合：






7.权利要求1所述的方法，其中所述多糖是水溶性多糖。


8.权利要求1所述的方法，其中所述多糖是改性果胶。


9.权利要求8所述的方法，其中所述改性果胶选自部分脱酯化果胶、部分脱酯化解聚果胶、酰胺化果胶、酰胺化解聚果胶或其混合物。


10.权利要求8所述的方法，其中所述改性果胶是改性柑橘果胶或改性苹果果胶。


11.权利要求1所述的方法，其中所述多糖以约0.1μg/mL至约1000μg/mL、约0.1μg/mL至约500μg/mL、约0.1μg/mL至约200μg/mL、约1μg/mL至约100μg/mL、约1μg/mL至约50μg/mL或约1μg至约20μg的浓度存在于水性组合物中。


12.权利要求1所述的方法，其中所述多糖具有约120kDa至约500kDa、约150kDa至约300kDa或约120kDa至约175kDa的相对分子量。


13.权利要求8所述的方法，其中所述改性果胶是通过未改性果胶的酰胺化获得的。


14.权利要求13所述的方法，其中所述未改性果胶具有约5kDa至约1,100kDa、约10kDa至约500kDa、约10kDa至约300kDa、约20kDa至约200kDa或约20kDa至约100kDa的相对分子量。


15.权利要求1所述的方法，其中所述核酸通过离心、沉淀或其组合浓缩。


16.权利要求1所述的方法，其中所述核酸通过在固体载体上沉淀来浓缩。


17.权利要求16所述的方法，其中所述固体载体包含选自二氧化硅、玻璃、烯基主链聚合物、云母、聚碳酸酯、沸石、二氧化钛或其组合的材料。


18.权利要求16所述的方法，其中所述固体载体是磁珠、玻璃珠、纤维素过滤器、聚碳酸酯过滤器、聚四氟乙烯过滤器、聚乙烯吡咯烷酮过滤器、聚醚砜过滤器或玻璃过滤器。


19.权利要求16所述的方法，其中所述方法还包括洗涤在所述固体载体上沉淀的核酸。


20.权利要求16所述的方法，其中所述方法还包括洗脱所述核酸。


21.权利要求20所述的方法，其中所述洗脱包括使所述浓缩的核酸与洗脱剂接触。


22.权利要求21所述的方法，其中所述洗脱剂包含氨或碱金属氢氧化物。


23.权利要求21所述的方法，其中所述洗脱剂具有约9以上、约10以上或约11以上的pH。


24.权利要求21所述的方法，其中所述洗脱剂具有约9至约12、约9.5至约12、约10至约12或约9至约11的pH。


25.权利要求21所述的方法，其中所述洗脱剂包含聚阴离子。


26.权利要求25所述的方法，其中所述聚阴离子是角叉菜胶。


27.权利要求25所述的方法，其中所述聚阴离子是载体核酸。


28.权利要求21所述的方法，其中所述洗脱剂包含i-角叉菜胶和KOH。


29.权利要求1中任一项所...

【专利技术属性】
技术研发人员：V·巴拉兹尼诺克，A·I·库蒂亚文，O·Z·纳纳西，D·塞尔盖耶夫，A·A·高尔，
申请(专利权)人：塞弗德公司，
类型：发明
国别省市：美国;US