一种基因调控网络数据库及其在个性化药物筛选中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种活性分子可调控的基因调控网络数据库的构建方法及其系统与应用。构建大量活性分子在细胞中调控的基因调控网络，运用数学优化或者机器学习的方法，通过大规模计算搜寻可用于直接细胞重编程的活性分子。借助该基因表达调控网络数据库或基因表达网络数据分析系统可进一步深化开发出更安全有效的疾病治疗新靶点或新方法，可以极大提高疾病个性化治疗水平以及药物开发效率。个性化治疗水平以及药物开发效率。

【技术实现步骤摘要】
一种基因调控网络数据库及其在个性化药物筛选中的应用


[0001]本专利技术涉及生物信息
，更具体地，涉及一种基因调控网络数据库及其在个性化药物筛选中的应用。

技术介绍

[0002]在过去的十几年里，我们的医疗保健体系取得了可喜的进步。靶向疫苗的突破和癌症治疗的持续进步极大地改善了我们的生活质量的同时，提高了我们的生存能力，使我们能够克服许多曾经看来不可克服的健康问题。与此同时，人们正在更多地了解每个人的个体特征以及不同疾病类型之间的差异。精准医疗(precision medicine，PM)能够基于复杂、全面的数据和大量的测试，为个人提供更有针对性的个性化治疗。由于每个人都生活在不同的生态环境中，我们的健康问题大不相同。精准医疗可以充分利用可监测的遗传和环境信息，实现个性化治疗，或者在疾病发生前有效预防疾病。
[0003]例如，癌症治疗迄今为止依然是医疗界无法完全攻克的重大难题。尽管手术是治疗早期癌症最主要和最有效的策略之一，但是手术的可行性和预后在很大程度上取决于患者的癌症分期和生理状态。这使得超过50％的III期和IV期患者只本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种活性分子可调控的基因调控网络数据库的构建方法，包括：S01.获取活性分子干扰细胞实验的基因表达谱数据；S02.分析具有表达差异的基因；S03.结合具有表达差异的基因和转录因子结合位点数据，构建得活性分子可调控的基因调控网络数据库。2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，步骤S01中所述活性分子包括化合物、生物因子或基因工具；所述化合物优选为特定蛋白的激活或抑制剂，更优选为激活或抑制特定蛋白活性的物质或降解特定蛋白的物质；所述基因工具优选为升高或降低特定蛋白表达水平的基因工具，更优选为干扰RNA、microRNA、基因编辑或基因敲除材料。3.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，步骤S01中所述活性分子干扰细胞实验的基因表达谱数据来源于基因表达谱数据库，优选Gene Expression Omnibus数据库、The Connectivity Map数据库或ArrayExpress数据库。4.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，步骤S02中所述分析具有表达差异的基因为分析活性分子干扰前后具有表达差异的基因；优选将活性分子干扰细胞实验的基因表达谱数据按照实验批次、细胞系和干扰条件进行分组后，分析活性分子干扰前后具有表达差异的基因。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S02中采用差异表达基因分析方法分析干扰前后具有表达差异的基因。6.一种筛选可调控病变基因调控网络的活性分子的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S11.制备特定个体对应的病变和正常组织细胞的差异基因表达数据并处理成患者数据矩阵B；将权利要求1至5任一项所述方法构建得到的活性分子可调控的基因调控网络数据库处理成...

【专利技术属性】
技术研发人员：覃静，张艳红，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：