一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法技术

本申请提出一种针对待测样本构建N

【技术实现步骤摘要】
一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法


[0001]本申请主要涉及一种构建N-连接糖链分支结构数据库的方法。

技术介绍

[0002]糖基化是蛋白质最复杂、最普遍的翻译后修饰之一，主要分为N-连接和O-连接糖基化两大类。N-连接糖基化作为糖基化修饰的主要类型之一，参与了包括细胞识别与黏附、信号传导、免疫反应以及蛋白质折叠等多个生物进程。N-糖链的分支结构一般指在N-糖链与核心五糖相连的非还原端的糖链结构部分，在N-糖链参与的进程中糖链的结构尤其是糖链的分支结构在其中起了重要的作用，例如在多种疾病中核心或者分支岩藻糖基化有明显的上调或者下调，一个典型的例子就是甲胎蛋白的核心岩藻糖显著上调可作为肝癌检测的标志。因此对于N-糖链糖链结构特别是分支结构的解析，对探索N-糖链的生物学功能以及疾病标志物的发现有重要意义。
[0003]目前N-糖链的一些特殊分支结构的鉴定依赖于凝集素，凝集素虽然可以检测糖链的一些特殊的分支结构，如分支岩藻糖、LacdiNAc等，但是凝集素只能检测已知特定结构的含量，灵敏度低且特异性差。质谱由于其高精度、高本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)模拟生成N-连接糖链中所有理论分支结构的糖链组成，并构建理论B离子数据库，其中包含理论B离子组成及对应的B离子分子量；(2)获取待测糖肽二级质谱谱图，将理论B离子数据库中的B离子分子量与待测谱图匹配，根据匹配情况初步确定待测谱图中的B离子组成；(3)根据匹配得到的每一种B离子，分别生成对应的理论可能的分支结构，以及每一种候选分支结构对应的全部理论B离子和全部理论Y离子；(4)B离子的验证：将待测糖肽二级质谱谱图与所述全部理论B离子进行匹配，对所述理论可能的分支结构进行初步筛选；(5)Y离子的验证：将待测糖肽二级质谱谱图与所述全部理论Y离子进行匹配，对步骤(4)初步筛选后的结果进一步筛选，确定唯一的分支结构；(6)重复步骤(3)至(5)，最终构建得到涵盖待测样本N-连接糖链分支结构的数据库。2.根据权利要求1所述的一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的理论B离子数据库由以下五种单糖自由组合而成，五种单糖分别是：N-乙酰己糖胺、己糖、N-乙酰神经氨酸、N-羟乙酰神经氨酸和岩藻糖。3.根据权利要求1所述的一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法，其特征在于，步骤(2)中获取的待测糖肽二级质谱谱图包含所有谱峰的质荷比、强度和电荷信息。4.根据权利要求1所述的一种针对待测样本构建N-连接糖链分支结构数据库的方法，其特征在于，步骤(4)中B离子的验证方法如下：4.1)记需要验证的结构为C；4.2)生成C对应的理论B离子的分子量，记为G
B
＝{g1,g2,
…
,g
m
}；4.3)遍历G
B
，判断g
i
在谱图中是否存在该离子对应的峰；4.4)如果G
B
中...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙士生，申洁晨，苏远杰，徐寅泰，
申请(专利权)人：西北大学，
类型：发明
国别省市：