一种检测样本交叉污染的方法以及预测交叉污染源的方法技术

一种检测样本交叉污染的方法以及预测交叉污染源的方法，检测样本交叉污染的方法包括：分析比对到参考基因组的待测样本测序数据中每个单核苷酸多态性位点的碱基型，根据所述碱基型预测是否存在交叉污染。通过分析待测样本中每个单核苷酸多态性位点的碱基型，可识别肿瘤样本是否存在交叉污染，还可进一步定位污染源，有利于排查污染原因，提高检测结果的准确性。

【技术实现步骤摘要】
一种检测样本交叉污染的方法以及预测交叉污染源的方法
本专利技术涉及生物
，具体涉及一种检测样本交叉污染的方法以及预测交叉污染源的方法。
技术介绍
肿瘤是由基因组变异引起的疾病。肿瘤的治疗包括手术、放疗、化疗、分子靶向治疗、免疫治疗等多种手段，其中靶向治疗及免疫治疗均需要根据临床分子标志物的状态制定相应治疗策略。高通量测序技术可以同时检测多种临床分子标志物状态，是肿瘤伴随诊断和辅助诊断的有利工具。高通量测序技术由于其灵敏度高、检测范围广的特点，对肿瘤样本的洁净度有较高要求。临床上常见的肿瘤样本保存方法为福尔马林固定石蜡包埋处理(Formalin-FixedandParrffin-Embedded,FFPE)，样本包埋、切片等工具往往非一次性使用，存在不同患者样本核酸交叉污染的可能。此类污染对传统病理学检测无显著影响，但对于高通量测序影响较大，可能导致样本检出属于另一患者的变异，造成假阳性；此外高通量测序实验操作步骤较多，也可能引入交叉污染。由于污染物与被污染物均为人类核酸，难以通过简单方法进行识别，亟需一种方法进行鉴定。现有本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测样本交叉污染的方法，其特征在于，包括：分析比对到参考基因组的待测样本测序数据中每个单核苷酸多态性位点的碱基型，根据所述碱基型预测是否存在交叉污染。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测样本交叉污染的方法，其特征在于，包括：分析比对到参考基因组的待测样本测序数据中每个单核苷酸多态性位点的碱基型，根据所述碱基型预测是否存在交叉污染。


2.如权利要求1所述方法，其特征在于，根据每个单核苷酸多态性位点的碱基型，预测该位点是否为交叉污染位点，然后统计交叉污染位点的碱基突变频率，即为待测样本的污染比例，根据所述污染比例预测待测样本是否为交叉污染样本；
和/或，预测每个单核苷酸多态性位点是否为交叉污染位点的方法如下：
如果所检测的待测样本中的位点只包含1种碱基型，则预测该位点为纯合位点，且无交叉污染；
如果所检测的待测样本中的位点包含2种碱基型，且其中一种碱基型的突变频率＞A，另一种碱基型的突变频率＜B，A＞B，A+B＝100％，则预测该位点为纯合位点，且无交叉污染；
如果所检测的待测样本中的位点包含2种碱基型，且两种碱基型的突变频率均位于B-A(包括边界值B、A)之间，则继续检测相应的比对到参考基因组的对照样本测序数据中该位点的碱基型，如果相应的正常对照样本中对应的位点为纯合位点，则预测待测样本中所检测的位点为纯合位点，且有交叉污染；如果对照样本中对应位点为为杂合位点，则无法判断待测样本中对应位点是否存在交叉污染，记为未知污染状况的位点；
和/或，A为99％-99.5％，B为0.5％-1％；
和/或，统计得到待测样本中有交叉污染的位点的碱基突变频率平均值，即为该样本的污染比例；
和/或，所述相应的正常对照样本是指与待测样本来自于同一个体的正常对照样本；
和/或，所述正常对照样本选自外周血白细胞、口腔上皮细胞、癌旁组织中的至少一种；
和/或，如果污染比例≥C，则预测所述待测样本为交叉污染样本；如果污染比例＜C，则预测所述待测样本为非交叉污染样本；
和/或，C为1％-5％；
和/或，所述单核苷酸多态性位点包括如下位点中的至少一种：rs1327118、rs1402695、rs1414904、rs1131498、rs1079820、rs1805087、rs1032807、rs1801262、rs1515002、rs1392265、rs11096957、rs1426003、rs1363333、rs3734440、rs156318、rs1843026、rs1368136、rs1105176、rs156697、rs12828016、rs1395936、rs1541836、rs1805034、rs1030687、rs171953、rs753381、rs1293153、rs1541290；
和/或，所述单核苷酸多态性位点包括如下位点：rs1327118、rs1402695、rs1414904、rs1131498、rs1079820、rs1805087、rs1032807、rs1801262、rs1515002、rs1392265、rs11096957、rs1426003、rs1363333、rs3734440、rs156318、rs1843026、rs1368136、rs1105176、rs156697、rs12828016、rs1395936、rs1541836、rs1805034、rs1030687、rs171953、rs753381、rs1293153、rs1541290；
和/或，所述待测样本选自肿瘤组织、循环肿瘤细胞、肿瘤游离DNA中的至少一种；
和/或，所述待测样本来自于人体或动物体。


3.一种预测样本交叉污染源的方法，其特征在于，包括：
根据权利要求1-2任意一项所述方法，获得交叉污染样本，根据比对到参考基因组的交叉污染样本测序数据中被污染位点的信息、与交叉污染样本来源于同一生物体且比对到参考基因组的正常对照样本测序数据中相应位点的信息，对比对到参考基因组的嫌疑污染源样本测序数据的相应位点的信息进行分析，预测所述嫌疑污染源样本是否为污染源。


4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，嫌疑污染源样本与交叉污染样本不属于同一个体来源；
和/或，所述比对到参考基因组的交叉污染样本测序数据中被污染位点的信息是指被污染位点的碱基型；
和/或，与交叉污染样本来源于同一生物体且比对到参考基因组的正常对照样本测序数据中相应位点的信息是指相应位点的碱基型、突变频率；
和/或，比对到参考基因组的嫌疑污染源样本测序数据的相应位点的信息是指相应位点的碱基型、突变频率；
和/或，位点的碱基型包括纯合位点、杂合位点；
和/或，根据比对到参考基因组的交叉污染样本测序数据中被污染位点的信息、与交叉污染样本来源于同一生...

【专利技术属性】
技术研发人员：高志博，李淼，吴东方，廖信辉，王鹏，朱德英，王光杓，
申请(专利权)人：深圳裕康医学检验实验室，
类型：发明
国别省市：广东;44