一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法技术

本发明专利技术公开了一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，包括S1.提取待测样品DNA；S2.针对所选取的STR位点设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系；S3.以步骤S1待测样本DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；S4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；S5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；S6.PCR产物进行DNB测序。本发明专利技术提供了通过一套适用于DNB测序和环化的STR序列交叉互连一整套评估体系，成功建立了基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法。

【技术实现步骤摘要】
一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法
本专利技术涉及生物
，更具体地，涉及一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法。
技术介绍
短片段重复序列(shorttandemrepeat，STR)分型技术是目前国内外法医学进行个体识别和亲子鉴定的主要手段，具有简单快速、结果可靠、灵敏度高、重复性好的特点。常染色体STR、Y-STR和X-STR等多种遗传标记的联用对于二联体亲缘鉴定及更复杂的亲缘鉴定具有独特的应用价值。当前法医STR分型检测方法主要为PCR-毛细管电泳法。该方法的主要原理为：①提取DNA，使用磁珠、酚/氯仿、Chelex等方法提取出纯度高、完整性好、浓度适当的DNA样品；②进行PCR扩增，PCR(聚合酶链式反应)技术是以待扩增的两条DNA链为模板，在一对人工合成的寡核苷酸引物的介导下，通过耐高温DNA聚合酶的酶促作用，快速特异地扩增出目的DNA片段；③毛细管电泳，是以Sanger酶法为原理，采用耐热DNA聚合酶参照待测模板生成一系列链终止片段。在此过程中，以4种不同的荧光染料标记反应产物，并将反应产物本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，其特征在于，包括如下步骤：/nS1.待测样品预处理，提取待测样品DNA；/nS2.针对待测STR基因座设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系，调整多重PCR引物扩增方向；/nS3.以步骤S1待测样品DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；/nS4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；/nS5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；/nS6.PCR产物进行DNB测序；/n步骤S2所述评估体系为对任意两条长度分别为m、n的扩增产物序列，在每个可能的碱基配对状态...

【技术特征摘要】
1.一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1.待测样品预处理，提取待测样品DNA；
S2.针对待测STR基因座设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系，调整多重PCR引物扩增方向；
S3.以步骤S1待测样品DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；
S4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；
S5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；
S6.PCR产物进行DNB测序；
步骤S2所述评估体系为对任意两条长度分别为m、n的扩增产物序列，在每个可能的碱基配对状态上，逐一移位进行相互比对，计算互连得分，即匹配碱基数和不匹配碱基数的差值；产生(m*n)次碱基比对和(m+n-1)次互连得分，取其中的最高得分作为m、n两条序列的最终互连得分；对于一组包含p条不同序列的集合，自身和两两比较，产生1/2(p2+p)组比较结果；根据比较结果选择一套使得体系互连反应总得分最低的重复基序类型组合，并据此调整所有引物扩增方向，以保证扩增出的STR序列间不发生严重的交叉互连。


2.根据权利要求1所述的STR分型方法，其特征在于，所述待测STR基因座包括D1S1656、D2S1338、D2S441、TPOX、D3S1358、FGA、CSF1PO、D5S818、D7S820、D8S1179、D10S1248、TH01、D12S391、vWA、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11或D22S1045中的至少两个。


3.根据权利要求1所述的STR分型方法，其特征在于，所述多重PCR引物除了遵循传统多重PCR引物设计原则，还兼顾不同长度、类型和拷贝数ST...

【专利技术属性】
技术研发人员：文少卿，雷波，王凌翔，刘超，刘长晖，刘宏，韩晓龙，徐曲毅，
申请(专利权)人：广州深晓基因科技有限公司，广州市刑事科学技术研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44