一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法及引物技术

本发明专利技术公开了一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法及引物，涉及分子生物学领域，为达到上述目的，本发明专利技术利用核酸飞行时间质谱技术，可以一次性筛查四川白鹅的7种蛋品质的32个SNP分子标记。具体而言，本发明专利技术公开了一种基于核酸飞行时间质谱的方法筛查多种四川白鹅蛋品质的SNP分子标记及其所用的引物，针对如下7种蛋品质的32个分子标记：蛋重量、蛋比重、蛋相对密度、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳重和蛋黄重，引物包括PCR上下游扩增引物以及单碱基延伸引物探针序列。能够快速且精准的在雏鹅阶段对具有目标性状的个体进行选育，大大提高了选育的效率，并减少了饲养的成本。

【技术实现步骤摘要】
一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法及引物
本专利技术涉及一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法及引物，主要涉及分子生物学领域。
技术介绍
四川白鹅是中国优良的地方品种，具有抗逆性强、适应性好、耐粗饲、抗病性强和耐粗饲等特点，为广大消费者提供肉、蛋、羽绒、肥肝等。在中国各地被广泛饲养并被进一步用于其他品种的改良和创制。蛋品质性状是重要的经济性状，也是复杂的数量性状，且均受到遗传、营养、饲养方式、外界环境等影响。利用生物学等方法进行研究，鸭体尺、鸡蛋壳颜色等分子标记被发现及广泛应用到分子标记辅助选择，极大地推进了禽类蛋品质等方面的研究进展。四川白鹅繁殖具有季节性，每年九月份至次年五月份，其余时间休产，这就导致母鹅产蛋量较低，增加了种鹅的繁殖成本，提高了商品鹅的生产成本，严重影响经济效益，制约了养鹅业的发展。而且由于蛋品质性状的选择是一个长时间人工选育的过程，受到饲养成本、营养水平、检测技术手段以及环境等因素的限制，造成了对蛋品质性状选育的难度，同时也限制了鹅产业进一步利用的可能。目前鹅产业的种质资源和人工选择利用程度不高，且尚没有对鹅蛋品质性状进行系统的研究。鹅蛋壳强度和厚度对鹅蛋的运输和孵化起到非常重要的作用，鹅蛋和蛋黄重量等品质都影响消费者的喜爱程度。然而育种工作受到现实困难和鹅季节性繁殖的特点的限制，很难做到对鹅蛋品质进行系统且有效的选择，也缺乏对消费者和市场的吸引力，限制了四川白鹅的产业发展。
技术实现思路
针对以上现有技术的不足，本专利技术提出一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法及引物，利用分子标记的方法对种蛋品质进行选育，能够快速且精准的在雏鹅阶段对具有目标性状的个体进行选育，大大提高了选育的效率，并减少了饲养的成本。为达到上述目的，本专利技术的技术方案是：针对如下7种蛋品质32个分子标记SNP进行设计：四川白鹅的蛋重量、蛋比重、蛋相对密度、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳重和蛋黄重；引物包括PCR上下游扩增引物以及单碱基延伸引物探针序列。优选地，包括以下步骤：S1：对产蛋前期的四川白鹅母鹅的翅静脉采血，并提取全基因组DNA；S2：将步骤S1中的DNA进行PCR反应，体系5μl：10*buffer0.5μl，Mg2+0.4μl，dNTP0.1μl，Hotstar0.2μl，上下游引物混合物1μl，三蒸水1.8μl，待检测DNA样品1μl(20ng-50ng)。PCR扩增程序：预变性95℃2min，45个循环(95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s)，72℃延伸5min，25℃保存。优选地，S3：SAP酶消化反应：按照下述顺序配制SAP酶Mix反应物总体积2*460μl，三蒸水1.53*460μl，SAPBuffer0.17*460μl，SAPEnzyme0.3*460μl，按照下述程序，在PCR仪中进行SAP酶消化：37℃40min，85℃5min，25℃保存。优选地，S4：单碱基延伸反应：按照下述顺序配制单碱基延伸反应Mix：反应物体系2*460μl，三蒸水0.619*460μl，10*iplexbuffer0.2*460μl，Terminatormix0.2*460μl，单碱基延伸探针0.94*460μl，单碱基延伸酶0.041*460μl。按照下述程序，在PCR仪中进行单碱基延伸反应：预变性94℃30s，94℃5s，52℃5s，80℃5s，72℃3min，25℃∞。优选地，S5：树脂纯化：将反应产物的384孔板中加入16μl三蒸水，在离心机中离心2000转离心3min；加入树脂，在反转摇匀仪上做树脂纯化反应35min，脱盐；反应完成后在离心机中离心2000转离心3min；将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶。优选地，S6：质谱检测及数据分析：将D1-D6所得的反应结果在核酸飞行时间质谱仪进行检测，利用Typer4.0软件检测质谱峰，并根据质谱峰图判读各样本目标位点基因型。优选地，PCR正、反引物和单碱基延伸探针序列具体如下：本专利技术的技术原理及有益效果如下：本方案利用分子标记的方法对7种蛋品质进行选育，能够快速且精准的在雏鹅阶段对具有目标性状的个体进行选育，大大提高了选育的效率，并减少了饲养的成本。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的其中37幅，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术实施例的四川白鹅群体结构分析图。图2为本专利技术实施例的蛋品质性状GWAS关联分析图，注：A平均蛋重；B蛋形指数；C蛋相对密度；D蛋壳强度；E蛋壳重量；F蛋壳厚度；G蛋黄重量。图3为本专利技术实施例的鹅蛋品质性状QQ图，注：A平均蛋重；B蛋形指数；C蛋相对密度；D蛋壳强度；E蛋壳重量；F蛋壳厚度；G蛋黄重量。图4为本专利技术实施例的7种蛋品质的32个分子标记的引物序列表。图5为本专利技术实施例的32个SNP分子标记的基因型对鹅的7个蛋品质性状的影响图，注：括号中字母为基因型。同行数据肩标有含相同字母表示差异不显著(P>0.05)，不同字母表示差异显著(p<0.05)；*表示差异显著(p<0.05)，**表示极显著差异显著(p<0.01)，“/”表示没有该基因型；“-”非基因缺失的基因型。图6为本专利技术实施例的SNP19在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；G：GG基因型；A：AA基因型；图7为本专利技术实施例的SNP20在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；G：GG基因型；T：TT基因型。图8为本专利技术实施例的SNP22在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；C：CC基因型；G：GG基因型。图9为本专利技术实施例的SNP29在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；G：GG基因型；T：TT基因型。图10为本专利技术实施例的SNP46在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；A：AA基因型；G：GG基因型。图11为本专利技术实施例的SNP52在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；T：TT基因型；C：CC基因型。图12为本专利技术实施例的SNP61在四川白鹅群体基因型图，注：Nocall：检测失败个体；G：GG基因型；T：TT基因型。图13为本专利技术实施例的SNP62在四川白鹅群体基因型图。注：Nocall：检测失败个体；G：GG基因型；C：CC基因型。图14为本专利技术实施例的SNP66在四川白鹅群体基因型图。注：Nocall：检测失败个体；T：TT基因型；C：CC基因型。图15为本专利技术实施例的SNP67在四川白鹅群体基因型图。注：Nocall：检测失败个体；A：AA基因型；G：GG基因型；图16为本专利技术实施例的SNP69在四川白鹅本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法，其特征在于，针对如下7种蛋品质32个分子标记SNP进行设计：四川白鹅的蛋重量、蛋比重、蛋相对密度、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳重和蛋黄重；引物包括PCR上下游扩增引物以及单碱基延伸引物探针序列。/n

【技术特征摘要】
1.一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法，其特征在于，针对如下7种蛋品质32个分子标记SNP进行设计：四川白鹅的蛋重量、蛋比重、蛋相对密度、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳重和蛋黄重；引物包括PCR上下游扩增引物以及单碱基延伸引物探针序列。


2.根据权利要求1所述的一种筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法，其特征在于：包括以下步骤：
S1：对产蛋前期的四川白鹅母鹅的翅静脉采血，并提取全基因组DNA；
S2：将步骤S1中的DNA进行PCR反应，体系5μl：10*buffer0.5μl，Mg2+0.4μl，dNTP0.1μl，Hotstar0.2μl，上下游引物混合物1μl，三蒸水1.8μl，待检测DNA样品1μl(20ng-50ng)。PCR扩增程序：预变性95℃2min，45个循环(95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s，)72℃延伸5min，25℃保存。


3.根据权利要求2所述的一种基于筛选鹅蛋品质的SNP分子标记方法，其特征在于：S3：SAP酶消化反应：按照下述顺序配制SAP酶Mix反应物总体积2*460μl，三蒸水1.53*460μl，SAPBuffer0.17*460μl，SAPEnzyme0.3*460μl，按照下述程序，在PCR仪中进行SAP酶消化：37℃40min，85℃5min，25℃保存。


4.根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员：高广亮，许国洋，曹家雪，王启贵，吴睿，赵献芝，王丽辉，张克山，王海威，尹春辉，卢茵，李静，谢友慧，王珍，汪超，
申请(专利权)人：重庆市畜牧科学院，
类型：发明
国别省市：重庆;50