用于多重分析的方法和系统技术方案

本公开提供了用于多重定量的方法和组合物。在一些方面，提供了用于对来自生物样品的核酸靶标进行定量的方法和组合物。所公开的方法可用于鉴别或检测受试者的遗传异常。法可用于鉴别或检测受试者的遗传异常。法可用于鉴别或检测受试者的遗传异常。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于多重分析的方法和系统
交叉引用
[0001]本申请要求2018年4月17日提交的第62/659,025号美国临时专利申请、2018年4月17日提交的第62/659,027号美国临时申请、2018年7月3日提交的第62/693,754号美国临时申请、2018年10月31日提交的第62/753,782号美国临时申请和2019年2月12日提交的第62/804,574号美国临时申请的权益和优先权，所述临时申请均为所有目的通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0002]数字PCR(dPCR)是用于核酸靶标的检测和定量的有用方法。使用标记的寡核苷酸探针使得能够对分区(例如，小液滴、微孔)中存在的靶标进行特异性检测。dPCR方法可包括创建空间解析的荧光点簇，并在簇之间绘制截断值或阈值，以确定单个分区是否含有目的靶标。

技术实现思路

[0003]在一些方面，本文公开了多重定量方法，其中对反应中存在的靶标的浓度进行定量不需要对各个分区进行分类。
[0004]在一方面，本文公开了一种对样品中的核酸靶标进行定量的方法，该方法包括：(a)提供混合物，其包含：(i)衍生自和/或对应于所述核酸靶标的多个核酸分子；以及(ii)多个寡核苷酸探针，每个寡核苷酸探针对应于所述核酸靶标的不同区域；(b)将所述混合物分配到多个分区中；(c)在所述多个分区中生成多个信号，其中所述多个信号在一个颜色通道中是可检测的，并且其中所述多个信号中的至少一个信号对应于所述多个分区的分区中所述多个核酸分子中的两个或更多个核酸分子的独特组合；(d)在所述颜色通道中从所述多个分区的多分区中检测所述多个信号；以及(e)基于所述检测，对所述样品中的所述核酸靶标进行定量。在一些实施方案中，所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针生成的。在一些实施方案中，所述样品进一步包含(iii)衍生自和/或对应于另外的核酸靶标的另外的多个核酸分子，以及(iv)另外的多个寡核苷酸探针，其中每一个对应于所述另外的核酸靶标的不同区域。在一些实施方案中，所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针和所述另外的多个寡核苷酸探针生成的。在一些实施方案中，所述样品来源于生物样品。在一些实施方案中，该生物样品是血液或血浆。在一些实施方案中，所述核酸靶标是染色体。在一些实施方案中，该染色体是21号染色体、18号染色体、15号染色体、13号染色体、X染色体或Y染色体。在一些实施方案中，(c)包括扩增所述多个核酸分子，从而生成所述多个信号。在一些实施方案中，该扩增包括聚合酶链反应。在一些实施方案中，所述扩增使所述多个寡核苷酸探针降解，从而生成所述多个信号。在一些实施方案中，所述多个寡核苷酸探针被核酸酶降解，从而从所述多个寡核苷酸探针中的每一个释放信号标签，并生成所述多个信号。在一些实施方案中，所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。在一些实施方案中，所述多个寡核苷酸探针各自与所述核酸靶标的不同区域结合。在一
些实施方案中，所述多个信号中的所述至少一个唯一地对应于在所述分区中存在所述多个核酸分子中的恰好两个。在一些实施方案中，所述多个信号中的至少一个信号对应于所述多个核酸分子的两个或更多个独特组合。在一些实施方案中，所述多个信号中的所述至少一个信号(A)对应于所述多个核酸分子之一的存在，并且(B)对应于所述多个核酸分子中的两个核酸分子的存在。
[0005]在一些方面，本文公开了一种对样品中的第一核酸靶标和第二核酸靶标进行定量的方法，该方法包括：(a)提供混合物，其包含：(i)衍生自和/或对应于所述第一核酸靶标的第一多个核酸分子；(ii)衍生自和/或对应于所述第二核酸靶标的第二多个核酸分子；(iii)第一多个寡核苷酸探针，每个探针对应于所述第一核酸靶标的不同区域；以及(iv)第二多个寡核苷酸探针，每个探针对应于所述第二核酸靶标的不同区域；(b)将所述混合物分配到多个分区中；(c)在所述多个分区中生成多个信号，其中所述多个信号在一个颜色通道中是可检测的；(d)在所述颜色通道中从所述多个分区的多分区中检测所述多个信号；以及(e)基于所述检测，对所述样品中的所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标进行定量。在一些实施方案中，所述多个信号是由所述第一多个寡核苷酸探针和所述第二多个寡核苷酸探针生成的。在一些实施方案中，所述多个信号中的至少一个对应于所述多个分区的分区中所述多个第一核酸分子和/或所述多个第二核酸分子中的两个或更多个的独特组合。在一些实施方案中，所述多个信号中的所述至少一个唯一地对应于在所述分区中存在所述第一多个核酸分子或所述第二多个核酸分子中的恰好两个。在一些实施方案中，所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标与所述第二核酸靶标之比。在一些实施方案中，所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标的绝对量。在一些实施方案中，所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标的相对量，其中所述相对量是相对于参考值的量。在一些实施方案中，所述样品来源于生物样品。在一些实施方案中，该生物样品是血液或血浆。在一些实施方案中，所述核酸靶标是染色体。在一些实施方案中，该染色体是21号染色体、18号染色体、15号染色体、13号染色体、X染色体或Y染色体。在一些实施方案中，(c)包括扩增所述多个核酸分子，从而生成所述多个信号。在一些实施方案中，该扩增包括聚合酶链反应。在一些实施方案中，所述扩增使所述多个寡核苷酸探针降解，从而生成所述多个信号。在一些实施方案中，所述多个寡核苷酸探针被核酸酶降解，从而从所述多个寡核苷酸探针中的每一个释放信号标签，并生成所述多个信号。在一些实施方案中，所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。在一些实施方案中，所述多个寡核苷酸探针各自与所述核酸靶标的不同区域结合。在一些实施方案中，所述多个信号中的至少一个信号对应于所述第一多个核酸分子和/或所述第二多个核酸分子的两个或更多个独特组合。
[0006]在一些方面，本文公开了一种对样品中的靶核酸分子进行定量的方法，该方法包括：(a)将多个核酸分子分配到多个分区中；(b)在所述多个分区中扩增所述多个核酸分子，从而生成多个信号；(c)检测所述多个信号；(d)基于所述检测，对所述多个分区中的每个分区确定所述多个核酸分子中的一个或多个核酸分子存在于所述分区中的概率，从而生成多个概率；以及(e)基于所述多个概率的函数，对所述样品中的所述靶核酸分子进行定量。在一些实施方案中，所述方法不包括确定所述多个分区的任何单个成员中的核酸分子数目的步骤。在一些实施方案中，所述方法不包括确定包含与所述靶核酸分子相对应的核酸序列
的分区数目的步骤。在一些实施方案中，所述函数是和。在一些实施方案中，所述多个核酸分子衍生自、对应于所述靶核酸分子，或者是所述靶核酸分子的成员。在一些实施方案中，该扩增包括聚合酶链反应。在一些实施方案中，所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。在一些实施方案中，(a)进一步包括将对应于所述多个核酸分子的多个寡核苷酸探针分配到所述多个分区中。在一些实施方案中，所述多个信号的至少一部分由所述多个寡核苷酸探针本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种对样品中的核酸靶标进行定量的方法，该方法包括：(a)提供混合物，其包含：i.衍生自和/或对应于所述核酸靶标的多个核酸分子；以及ii.多个寡核苷酸探针，每个寡核苷酸探针对应于所述核酸靶标的不同区域；(b)将所述混合物分配到多个分区中；(c)在所述多个分区中生成多个信号，其中所述多个信号在一个颜色通道中是可检测的，并且其中所述多个信号中的至少一个信号对应于所述多个分区的分区中所述多个核酸分子中的两个或更多个核酸分子的独特组合；(d)在所述颜色通道中从所述多个分区的多分区中检测所述多个信号；以及(e)基于所述检测，对所述样品中的所述核酸靶标进行定量。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针生成的。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品进一步包含(iii)衍生自和/或对应于另外的核酸靶标的另外的多个核酸分子，以及(iv)另外的多个寡核苷酸探针，其中每一个对应于所述另外的核酸靶标的不同区域。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针和所述另外的多个寡核苷酸探针生成的。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品来源于生物样品。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述生物样品是血液或血浆。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸靶标是染色体。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述染色体是21号染色体、18号染色体、15号染色体、13号染色体、X染色体或Y染色体。9.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括扩增所述多个核酸分子，从而生成所述多个信号。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述扩增包括聚合酶链反应。11.根据权利要求9所述的方法，其中所述扩增使所述多个寡核苷酸探针降解，从而生成所述多个信号。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针被核酸酶降解，从而从所述多个寡核苷酸探针中的每一个释放信号标签，并生成所述多个信号。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针各自与所述核酸靶标的不同区域结合。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个信号中的所述至少一个唯一地对应于在所述分区中存在所述多个核酸分子中的恰好两个。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个信号中的至少一个信号对应于所述多个核酸分子的两个或更多个独特组合。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述多个信号中的所述至少一个信号(A)对应于
所述多个核酸分子之一的存在，并且(B)对应于所述多个核酸分子中的两个核酸分子的存在。18.根据权利要求3-17中任一项所述的方法，其中所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针生成的。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述样品进一步包含(iii)衍生自和/或对应于另外的核酸靶标的另外的多个核酸分子，以及(iv)另外的多个寡核苷酸探针，其中每一个对应于所述另外的核酸靶标的不同区域。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述多个信号的至少一部分是由所述多个寡核苷酸探针和所述另外的多个寡核苷酸探针生成的。21.根据权利要求18-20中任一项所述的方法，其中所述样品来源于生物样品。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述生物样品是血液或血浆。23.根据权利要求18-22中任一项所述的方法，其中所述核酸靶标是染色体。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述染色体是21号染色体、18号染色体、15号染色体、13号染色体、X染色体或Y染色体。25.根据权利要求18-24中任一项所述的方法，其中(c)包括扩增所述多个核酸分子，从而生成所述多个信号。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述扩增包括聚合酶链反应。27.根据权利要求25所述的方法，其中所述扩增使所述多个寡核苷酸探针降解，从而生成所述多个信号。28.根据权利要求18-27中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针被核酸酶降解，从而从所述多个寡核苷酸探针中的每一个释放信号标签，并生成所述多个信号。29.根据权利要求18-28中任一项所述的方法，其中所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。30.根据权利要求18-29中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针各自与所述核酸靶标的不同区域结合。31.根据权利要求18-30中任一项所述的方法，其中所述多个信号中的所述至少一个唯一地对应于在所述分区中存在所述多个核酸分子中的恰好两个。32.根据权利要求18-31中任一项所述的方法，其中所述多个信号中的至少一个信号对应于所述多个核酸分子的两个或更多个独特组合。33.根据权利要求32所述的方法，其中所述多个信号中的所述至少一个信号(A)对应于所述多个核酸分子之一的存在，并且(B)对应于所述多个核酸分子中的两个核酸分子的存在。34.一种对样品中的第一核酸靶标和第二核酸靶标进行定量的方法，该方法包括：(a)提供混合物，其包含：i.衍生自和/或对应于所述第一核酸靶标的第一多个核酸分子；ii.衍生自和/或对应于所述第二核酸靶标的第二多个核酸分子；iii.第一多个寡核苷酸探针，每个探针对应于所述第一核酸靶标的不同区域；以及iv.第二多个寡核苷酸探针，每个探针对应于所述第二核酸靶标的不同区域；(b)将所述混合物分配到多个分区中；
(c)在所述多个分区中生成多个信号，其中所述多个信号在一个颜色通道中是可检测的；(d)在所述颜色通道中从所述多个分区的多分区中检测所述多个信号；以及(e)基于所述检测，对所述样品中的所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标进行定量。35.根据权利要求34所述的方法，其中所述多个信号是由所述第一多个寡核苷酸探针和所述第二多个寡核苷酸探针生成的。36.根据权利要求34或35所述的方法，其中所述多个信号中的至少一个对应于所述多个分区的分区中所述多个第一核酸分子和/或所述多个第二核酸分子中的两个或更多个的独特组合。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述多个信号中的所述至少一个唯一地对应于在所述分区中存在所述第一多个核酸分子或所述第二多个核酸分子中的恰好两个。38.根据权利要求34-37中任一项所述的方法，其中所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标与所述第二核酸靶标之比。39.根据权利要求34-38中任一项所述的方法，其中所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标的绝对量。40.根据权利要求34-39中任一项所述的方法，其中所述定量包括确定所述样品中所述第一核酸靶标和所述第二核酸靶标的相对量，其中所述相对量是相对于参考值的量。41.根据权利要求34-40中任一项所述的方法，其中所述样品来源于生物样品。42.根据权利要求41所述的方法，其中所述生物样品是血液或血浆。43.根据权利要求34-42中任一项所述的方法，其中所述核酸靶标是染色体。44.根据权利要求43所述的方法，其中所述染色体是21号染色体、18号染色体、15号染色体、13号染色体、X染色体或Y染色体。45.根据权利要求34-44中任一项所述的方法，其中(c)包括扩增所述多个核酸分子，从而生成所述多个信号。46.根据权利要求45所述的方法，其中所述扩增包括聚合酶链反应。47.根据权利要求45所述的方法，其中所述扩增使所述多个寡核苷酸探针降解，从而生成所述多个信号。48.根据权利要求34-47中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针被核酸酶降解，从而从所述多个寡核苷酸探针中的每一个释放信号标签，并生成所述多个信号。49.根据权利要求34-48中任一项所述的方法，其中所述多个信号是多个荧光信号或多个化学发光信号。50.根据权利要求34-49中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸探针各自与所述核酸靶标的不同区域结合。51.根据权利要求34-50中任一项所述的方法，其中所述多个信号中的至少一个信号对应于所述第一多个核酸分子和/或所述第二多个核酸分子的两个或更多个独特组合。52.一种对样品中的靶核酸分子进行定量的方法，该方法包括：(a)将多个核酸分子分配到多个分区中；(b)在所述多个分区中扩增所述多个核酸分子，从而生成多个信号；(c)检测所述多个信号；
(d)基于所述检测，对所述多个分区中的每个分区确定所述多个核酸...

【专利技术属性】
技术研发人员：克里斯多佛，
申请(专利权)人：克罗玛科德公司，
类型：发明
国别省市：