一种检测游离核酸微卫星不稳定性的方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术涉及微卫星位点检测技术领域，具体涉及一种检测游离核酸微卫星不稳定性的方法及装置，包括用于对血浆样本的游离核酸微卫星不稳定状态进行信息分析的MSI位点判别模型，所述MSI位点判别模型包括MSI训练集数据准备单元，位点模型的构建单元和样本MSI状态分析单元。与现有技术相比，本发明专利技术不需要对照样本，节省了对照样本的实验、测序及分析的步骤，从而降低了成本及分析的复杂度，能通过患者外周血能全面的检测患者整体肿瘤的微卫星不稳定性，能做到实时监控，运行时间短，消耗资源少，不仅能检测微卫星序列的插入和缺失突变，还能检测微卫星序列的单核苷酸突变，检测更全面和准确，单样本运行速度比双样本快约10倍。单样本运行速度比双样本快约10倍。单样本运行速度比双样本快约10倍。

【技术实现步骤摘要】
一种检测游离核酸微卫星不稳定性的方法及装置


[0001]本专利技术涉及微卫星位点检测
，具体涉及一种检测游离核酸微卫星不稳定性的方法及装置。

技术介绍

[0002]结直肠癌（Colorectal Cancer, CRC）是最常见的恶性肿瘤之一，其发病率在我国各类恶性肿瘤发病率中高居第三位，占恶性肿瘤死亡率的第五位。它的发生是多基因、多方面因素参与的复杂过程，其中错配修复功能缺陷引起的微卫星不稳定性（microsatellite instability MSI）是发生的一个重要机制。大部分的遗传性非息肉病性结直肠癌（Hereditary Nonpolyposis Coloretal Cancer, HNPCC，又称lynch综合征）和15%散发性结直肠癌是由微卫星不稳定性引起的。
[0003]微卫星不稳定（MSI）是指DNA错配修复（MMR）出现异常时，微卫星出现的复制错误得不到纠正并不断累计，使得微卫星序列长度或碱基组成发生改变的现象。MSI根据程度可以被分成3类：微卫星高度不稳定（MSI-H）、微卫星低度不稳定（MSI-L）、微本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测游离核酸微卫星不稳定性装置，其特征在于：包括用于对血浆样本的游离核酸微卫星不稳定状态进行信息分析的MSI位点判别模型，所述MSI位点判别模型包括MSI训练集数据准备单元，用于筛选样本中频率低于10%的位点作为模型构建的位点；位点模型的构建单元，用于筛选样本中判别微卫星不稳定性状态的高灵敏度位点；样本MSI状态分析单元，用于根据MSI score来判别样本的MSI状态。2.根据权利要求1所述的一种检测游离核酸微卫星不稳定性装置，其特征在于所述MSI训练集数据准备单元的工作过程为：准备具有PCR-MSI标签配对的全外显子测序样本；扫描指定版本的人类参考基因组，获取基因组序列上全部微卫星位点的位置及左右侧翼序列，根据这些位点序列统计全外显子测序样本中微卫星位点，过滤在测序样本中频率低于10%的位点作为模型构建的位点。3.根据权利要求1所述的一种检测游离核酸微卫星不稳定性装置，其特征在于所述MSI位点模型构建单元的工作过程为：以微卫星位点重复单位的长度划分100个k-mer，统计S1样本中每个重复单元在1-100个k-mer上的reads支持数作为特征值，采用机器学习方法进行训练，得到113个用于判别微卫星不稳定性状态的高灵敏度位点。4.根据权利要求1所述的一种检测游离核酸微卫星不稳定性装置，其特征在于所述样本MSI状态分析单元的工作过程为：统计样本检测出的全部微卫星位点数目和被模型判定为微卫星不稳定位点的数目并计算比例，该比例作为样本的MSIscore；对具有PCR-MSI样本进行MSI判别，分别采用不同的MSIscore阈值来区分微卫星不稳定样本和MSS样本，计算不同阈值下的AUC，根据最大AUC对应的阈值将样本MSI状态区分为MSI-H，MSI-L和MSS。...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙大伟，辛琳，张腾龙，陈静，段小红，师雅宁，王东亮，
申请(专利权)人：北京求臻医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：