【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】靶结合部分的组合物及使用方法交叉引用本申请要求于2018年3月26日提交的美国临时专利申请号62/648,218，以及于2018年6月19日提交的美国临时专利申请号62/686,858的优先权，其各自通过引用以其全文并入于此。
技术介绍
已经开发了询问抗体库的方法。这些方法分为两大类：(1)对感兴趣的抗体的编码区进行测序，和(2)使用大型分子(例如，肽)文库检查这些分子中的哪些可以与感兴趣的抗体结合。这两类在本文中分别称为“测序方法”和“结合方法”。在下一代测序(NextGenSequencing)的帮助下，测序方法可以相对容易进行，但对感兴趣的抗体可以结合的分子知之甚少。结合方法可以包括蛋白质和肽阵列。靶基因不同区域的克隆和表达和重组截短蛋白的纯化可以是映射抗原表位的常规方法。然而，此过程可能很耗时，并且一些重组蛋白可能难以纯化。由于低的结合亲和力，在固体支持物上打印合成肽以制备肽阵列可能具有低灵敏度，并且可能具有较小的文库大小。因此，结合方法的成功可能受到部分限制，因为制备足够大和/或具有高灵敏度的分子(例如，肽)文库可能具有挑战性。
技术实现思路
本文中认识到需要产生具有大文库大小和/或高灵敏度的靶结合分子(例如，与抗体结合的肽)文库。根据本公开内容的一个方面，本文提供了一种包括多核苷酸条形码化的靶结合部分的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分包括(a)核酸序列，所述核酸序列通过接头连接至(b)靶结合单元，所述靶结合单元包括(i)包括第一结合区的第一肽序列，和(ii)包括第二结合区的第二肽...
【技术保护点】
1.一种包括多核苷酸条形码化的靶结合部分的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分包括：/n(a)核酸序列，所述核酸序列通过接头连接至/n(b)靶结合单元，所述靶结合单元包括/n(i)包括第一结合区的第一肽序列，和/n(ii)包括第二结合区的第二肽序列；/n其中所述第一结合区和所述第二结合区/n(i)被间隔区隔开，并且/n(ii)间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子；/n其中所述核酸序列编码所述第一肽序列和/或所述第二肽序列；并且/n其中所述组合物是可溶的。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180326 US 62/648,218;20180619 US 62/686,8581.一种包括多核苷酸条形码化的靶结合部分的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分包括：
(a)核酸序列，所述核酸序列通过接头连接至
(b)靶结合单元，所述靶结合单元包括
(i)包括第一结合区的第一肽序列，和
(ii)包括第二结合区的第二肽序列；
其中所述第一结合区和所述第二结合区
(i)被间隔区隔开，并且
(ii)间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子；
其中所述核酸序列编码所述第一肽序列和/或所述第二肽序列；并且
其中所述组合物是可溶的。
2.一种包括多个多核苷酸条形码化的靶结合部分的组合物，所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括：
(a)核酸序列，所述核酸序列通过接头连接至
(b)靶结合单元，所述靶结合单元包括
(i)包括第一结合区的第一肽序列，和
(ii)包括第二结合区的第二肽序列；
其中所述第一结合区和所述第二结合区
(i)被间隔区隔开，并且
(ii)间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子；
其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分的所述核酸序列是唯一的；并且
其中所述组合物是可溶的。
3.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述单个分子包括第一抗原结合域和第二抗原结合域；其中所述第一结合区和所述第二结合区间隔一定距离，使得所述第一结合区结合至所述第一抗原结合域并且所述第二结合区结合至所述第二抗原结合域。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的组合物，其中所述第一结合区和第二结合区具有相同的序列。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述第一结合区和第二结合区具有被所述单个分子识别的相同结构。
6.根据权利要求2所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分的所述核酸序列包括唯一的条形码序列。
7.根据权利要求1所述的组合物，其中所述核酸序列还包括条形码。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述核酸序列是单链的。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的组合物，其中所述核酸序列是双链的。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的组合物，其中所述核酸序列是脱氧核糖核酸(DNA)。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的组合物，其中所述核酸序列是核糖核酸(RNA)。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的组合物，其中所述核酸与引物杂交。
13.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分包括单个靶结合单元。
14.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分包括两个或更多个靶结合单元。
15.根据权利要求1所述的组合物，其中所述组合物包括多个多核苷酸条形码化的靶结合部分。
16.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分均包括单个靶结合单元。
17.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的至少一个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括单个靶结合单元。
18.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的两个或更多个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括单个靶结合单元。
19.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分均包括两个或更多个靶结合单元。
20.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的至少一个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括两个或更多个靶结合单元。
21.根据权利要求2或15所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的两个或更多个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括两个或更多个靶结合单元。
22.根据权利要求2或15-21中任一项所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分包括至少约10个多核苷酸条形码化的靶结合部分。
23.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物包括两个或更多个靶结合单元。
24.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物包括2至1000个靶结合单元。
25.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物包括三个或更多个靶结合单元。
26.根据权利要求1-25中任一项所述的组合物，其中所述间隔区是聚合物。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的组合物，其中所述间隔区是聚乙二醇。
28.根据权利要求1-26中任一项所述的组合物，其中所述间隔区包括相同的氨基酸序列。
29.根据权利要求1-26中任一项所述的组合物，其中所述间隔区包括折叠的多肽、二级结构和/或三级结构。
30.根据权利要求29所述的组合物，其中所述间隔区包括卷曲螺旋结构或β片层结构。
31.根据权利要求29或30所述的组合物，其中所述间隔区包括两个或更多个分离的肽链，其中所述两个或更多个分离的肽链中的至少一个包括α-螺旋体或β-链。
32.根据权利要求29或30所述的组合物，其中所述间隔区包括折叠成至少两个α-螺旋体或至少两个β-链的单个肽链。
33.根据权利要求32所述的组合物，其中所述单个肽链包括四个α-螺旋体或四个β-链。
34.根据权利要求29或30所述的组合物，其中所述间隔区包括第一肽链、第二肽链和第三肽链，其中所述第二肽链与所述第一肽链的第一部分相互作用，并且其中所述第三肽链与所述第一肽链的第二部分相互作用。
35.根据权利要求34所述的组合物，其中所述第一肽链、所述第二肽链和/或所述第三肽链折叠成α-螺旋体。
36.根据权利要求34或35所述的组合物，其中所述第二肽链和所述第三链连接至双链多核苷酸的相对端。
37.根据权利要求1-26中任一项所述的组合物，其中所述间隔区包括寡核苷酸。
38.根据权利要求37所述的组合物，其中所述寡核苷酸是双链寡核苷酸。
39.根据权利要求37或38所述的组合物，其中所述寡核苷酸包括20至40个核苷酸或碱基对。
40.根据权利要求1-39中任一项所述的组合物，其中所述第一结合区和所述第二结合区包括相同的表位。
41.根据权利要求1-40中任一项所述的组合物，其中所述第一肽序列的序列与所述第二肽序列的序列至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％或至少99％或100％相同。
42.根据权利要求1-41中任一项所述的组合物，其中所述核酸序列是双链DNA-RNA杂种。
43.根据权利要求1-42中任一项所述的组合物，其中所述接头包括嘌呤霉素或其衍生物。
44.根据权利要求1-43中任一项所述的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分是线性聚合物链或支链聚合物链。
45.根据权利要求1-44中任一项所述的组合物，其中所述第一肽序列、所述第二肽序列和所述间隔区在单个多肽链中邻接。
46.根据权利要求1-44中任一项所述的组合物，其中所述第一肽序列和所述第二肽序列通过非肽键连接至所述间隔区。
47.根据权利要求1-46中任一项所述的组合物，其中所述抗原结合域是scFv、Fab或F(ab)2。
48.根据权利要求1-47中任一项所述的组合物，其中所述第一肽序列和所述第二肽序列的长度为至少5个氨基酸残基。
49.根据权利要求1-48中任一项所述的组合物，其中所述多核苷酸条形码化的靶结合部分或所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分在容器内。
50.根据权利要求2-49中任一项所述的组合物，其中所述多个多核苷酸条形码化的靶结合部分中的每个多核苷酸条形码化的靶结合部分在多个容器中的不同容器内。
51.根据权利要求49或50所述的组合物，其中所述容器是液滴。
52.根据权利要求51所述的组合物，其中所述液滴是油包水液滴。
53.根据权利要求1-52中任一项所述的组合物，其中所述抗体是生物标志物。
54.一种固体支持物，包括多个离散区，其中所述多个离散区中的每个离散区包括通过接头与其附接的靶结合部分，其中所述靶结合部分包括：
(i)包括第一结合区的第一肽序列，和
(ii)包括第二结合区的第二肽序列；
其中所述第一结合区和所述第二结合区
(i)被间隔区隔开，并且
(ii)间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子。
55.根据权利要求54所述的固体支持物，其中所述多个离散区包括至少5个离散区。
56.根据权利要求54或55所述的固体支持物，其中所述靶结合部分包括第一反应基团。
57.根据权利要求54-56中任一项所述的固体支持物，其中所述固体支持物包括与其附接的第二反应基团。
58.根据权利要求54-57中任一项所述的固体支持物，其中通过使所述第一反应基团与所述第二反应基团反应来产生所述接头。
59.根据权利要求54-58中任一项所述的固体支持物，其中所述间隔区包括聚合物链。
60.根据权利要求59中任一项所述的固体支持物，其中所述聚合物链包括多核苷酸、多肽或聚乙二醇。
61.根据权利要求60中任一项所述的固体支持物，其中所述多核苷酸是双链DNA、双链RNA或双链DNA-RNA杂种。
62.根据权利要求59所述的固体支持物，其中所述多肽包括折叠的多肽、二级结构和/或三级结构。
63.根据权利要求54-62中任一项所述的固体支持物，其中所述间隔区包括卷曲螺旋结构或β片层结构。
64.根据权利要求54-63中任一项所述的固体支持物，其中所述间隔区包括两个或更多个分离的肽链，其中所述两个或更多个分离的肽链中的至少一个包括α-螺旋体或β-链。
65.根据权利要求54-64中任一项所述的固体支持物，其中所述间隔区包括折叠成至少两个α-螺旋体或至少两个β-链的单个肽链。
66.根据权利要求65所述的固体支持物，其中所述单个肽链包括四个α-螺旋体或四个β-链。
67.根据权利要求54-66中任一项所述的固体支持物，其中所述间隔区包括第一肽链、第二肽链和第三肽链，其中所述第二肽链与所述第一肽链的第一部分相互作用，并且其中所述第三肽链与所述第一肽链的第二部分相互作用。
68.根据权利要求67所述的固体支持物，其中所述第一肽链、所述第二肽链和/或所述第三肽链折叠成α-螺旋体。
69.根据权利要求67或68所述的固体支持物，其中所述第二肽链和所述第三链连接至双链多核苷酸的相对端。
70.根据权利要求54-69中任一项所述的固体支持物，其中所述单个分子包括第一抗原结合域和第二抗原结合域；其中所述第一结合区和所述第二结合区间隔一定距离，使得所述第一结合区结合至所述第一抗原结合域并且所述第二结合区结合至所述第二抗原结合域。
71.根据权利要求54-70中任一项所述的固体支持物，其中所述第一结合区和第二结合区具有相同的序列。
72.根据权利要求54-71中任一项所述的固体支持物，其中所述第一结合区和第二结合区具有被所述单个分子识别的相同结构。
73.根据权利要求54-72中任一项所述的固体支持物，其中所述抗原结合域是scFv、Fab或F(ab)2。
74.根据权利要求54-73中任一项所述的固体支持物，其中所述第一肽序列的序列与所述第二肽序列的序列至少约70％相同。
75.根据权利要求54-74中任一项所述的固体支持物，其中所述靶结合部分包括两个或更多个肽序列，所述两个或更多个肽序列中的每一个包括结合区。
76.一种通过RNA显示来制备根据权利要求1-75中任一项所述的靶结合部分的方法。
77.一种通过体外区域化来制备根据权利要求1-75中任一项所述的靶结合部分的方法。
78.一种使用根据权利要求1-75中任一项所述的靶结合部分的方法。
79.一种使用根据权利要求1-75中任一项所述的靶结合部分对抗体混合物进行概况分析的方法。
80.一种使用根据权利要求1-75中任一项所述的靶结合部分诊断疾病的方法。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述疾病是癌症或自身免疫疾病。
82.一种方法，包括
翻译RNA的RNA序列，其中所述RNA序列编码肽序列，其中所述RNA在所述RNA的3'端连接至肽受体，
将所述肽受体与包括所述肽序列的翻译肽的氨基酸残基连接，从而形成核酸-肽融合分子，
其中所述核酸-肽融合分子包括多核苷酸条形码化的靶结合部分，包括：
(i)包括第一结合区的第一肽序列，和
(ii)包括第二结合区的第二肽序列；
其中所述第一结合区和所述第二结合区
(i)被间隔区隔开，并且
(ii)间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子。
83.根据权利要求82所述的方法，还包括提供DNA，其中所述DNA编码所述RNA。
84.根据权利要求83所述的方法，还包括转录所述DNA。
85.根据权利要求82-84中任一项所述的方法，还包括反转录所述RNA。
86.根据权利要求82-85中任一项所述的方法，其中所述DNA分子和/或所述RNA序列编码所述第一肽序列、所述第二肽序列和所述间隔区。
87.根据权利要求82-86中任一项所述的方法，其中所述核酸-肽融合分子包括多个核酸-肽融合分子。
88.根据权利要求87所述的方法，其中所述多个核酸-肽融合分子中的每个核酸-肽融合分子包括唯一的核酸序列。
89.根据权利要求82-88中任一项所述的方法，其中所述第一结合区和第二结合区具有相同的序列。
90.根据权利要求82-89中任一项所述的方法，其中所述第一结合区和第二结合区具有被所述单个分子识别的相同结构。
91.根据权利要求82-90中任一项所述的方法，其中每个核酸-肽融合分子的所述间隔区是相同的或包括相同的氨基酸序列。
92.根据权利要求82-91中任一项所述的方法，其中所述间隔区包括折叠的多肽、二级结构和/或三级结构。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述间隔区包括卷曲螺旋结构或β片层结构。
94.根据权利要求82-93中任一项所述的方法，其中所述第一肽序列的序列与所述第二肽序列的序列至少约70％相同。
95.根据权利要求82-94中任一项所述的方法，其中抗原结合域是scFv、Fab或F(ab)2。
96.根据权利要求82-95中任一项所述的方法，其中所述第一肽序列和所述第二肽序列的长度为4至30个氨基酸。
97.根据权利要求82-96中任一项所述的方法，其中所述翻译包括体外翻译。
98.一种方法，包括
(a)在多个容器的每个容器中表达由核酸编码的第一肽序列和由核酸编码的第二肽序列，其中所述多个容器中的每个容器包括支架，所述支架包括由间隔区隔开的第一连接位点和第二连接位点；以及
(b)使所述第一肽序列与所述第一连接位点结合，并且使所述第二肽序列与所述第二连接位点结合，其中与所述第一连接位点结合的所述第一肽序列和与所述第二连接位点结合的所述第二肽序列间隔一定距离，使得所述第一肽序列和所述第二肽序列同时结合至包括抗体的抗原结合域的单个分子，从而形成多个靶结合部分。
99.根据权利要求98所述的方法，其中所述核酸通过接头连接至所述支架。
100.根据权利要求98或99所述的方法，其中所述核酸的5'端或3'端通过所述接头连接至所述支架。
101.根据权利要求98所述的方法，其中所述核酸是单个核酸分子。
102.根据权利要求98-101中任一项所述的方法，其中在产生所述多个容器之前或之后，将所述核酸连接至所述支架。
103.根据权利要求98-102中任一项所述的方法，其中所述核酸分子是双链或单链的。
104.根据权利要求98-103中任一项所述的方法，其中所述核酸分子是DNA、RNA或其组合。
105.根据权利要求98-104中任一项所述的方法，其中表达包括转录和/或翻译。
106.根据权利要求98-105中任一项所述的方法，其中所述第一肽序列和所述第二肽序列包括相同的序列。
107.根据权利要求98-105中任一项所述的方法，其中所述第一肽序列的序列与所述第二肽序列的序列至少约70％相同。
108.根据权利要求98-107中任一项所述的方法，还包括合并来自所述容器的多个多核苷酸条形码化的靶结合部分。
109.根据权利要求98-108中任一项所述的方法，其中...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈曦，伊利·波特，
申请(专利权)人：根路径基因组学公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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