一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法技术

本发明专利技术公开了一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，属于生物技术领域。该文库构建方法包括如下步骤：(1)使用引物序列SEQ ID NO.1‑67进行多重PCR扩增获得文库；(2)文库的纯化。该方法可用于定性检测胆管癌患者包括手术切除的新鲜病理组织、甲醛固定石蜡包埋病例组织、石蜡切片等样本中FGFR1/2/3基因融合的状态，可检测33种融合形式。该方法仅需要少量RNA逆转录成cDNA作为模板，在单管完成文库的构建，操作简单方便，仅需3.5个小时完成文库构建，大大缩减了检测成本。

【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法
本专利技术属于生物
，尤其涉及一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法。
技术介绍
胆管癌(cholangiocarcinoma)是起源于胆管上皮细胞的恶性肿瘤，其发生位置遍布于毛细胆管至胆总管。根据胆管癌的解剖学分类胆管癌分为肝内胆管癌(iCCA)、肝门部胆管癌(pCCA)和远端胆管癌(dCCA)；其中pCCA和dCCA也可统称为“肝外CCA(eCCA)，其中肝外胆管癌约占75％，肝内胆管癌占25％，肝内胆管癌的发病率仅次于原发性肝细胞癌，肝内胆管癌的组织学表现主要为胆管浸润性和周围浸润性两种类。在过去几十年中胆管癌的发病率呈现上升趋势，胆管癌的病因主要是胆汁淤积和慢性炎症的微环境状态引起。目前，对于胆管癌的治疗多以综合治疗为主，包括手术切除、全身化疗、放疗等。手术切除仍然是唯一一种可能根治是肝内胆管癌的治疗方式，包括条件允许情况下的肝移植治疗。如果错过最佳手术机会，通常采取放疗、化疗或靶向治疗等手段。目前，吉西他滨+顺铂的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，该文库构建方法使用的引物及探针序列如SEQ ID NO.1-67所示。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，该文库构建方法使用的引物及探针序列如SEQIDNO.1-67所示。


2.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)使用引物及探针序列SEQIDNO.1-67对待测样本进行多重PCR扩增获得文库；
(2)文库的纯化。


3.根据权利要求2所述的基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，所述步骤(1)中样本为手术切除的新鲜病理组织、甲醛固定石蜡包埋病例组织、石蜡切片中的一种。


4.根据权利要求2所述的基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，所述步骤(1)中PCR扩增程序如下表所示。





5.根据权利要求2所述的基于高通量测序检测胆管癌FGFR1/2/3融合基因的文库构建方法，其特征在于，所述步骤(1)中PCR扩增反应体系如下表所示。










序号
物料
物料浓度
用量(μL)


1
RingCapbuffer
10×
2.5


2
MgCl2
25mM
4


3
dNTPs
5μM
2


4
FGFR富集反应引物MIX
50μM
4


5
H2O
纯化水
6.4


6
RingCap-Taq酶
5U/ul
0.5


7
Ion-BCXX-F
50μM
0.2


8
Ion-BCXX-R
50μM
0.2


9
C-Primer
50μM
0.2


10
cDNA
-
5



总体积

25



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【专利技术属性】
技术研发人员：陈志宏，修阳斌，陈琰，康灿昆，
申请(专利权)人：厦门飞朔生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：福建;35