【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】接合介导的核酸分析交叉引用本申请要求于2018年2月22日提交的美国临时专利申请No.62/633,982和于2019年2月12日提交的美国临时专利申请No.62/804,648的权益，每个所述临时专利申请通过引用整体并入本文中。
技术介绍
可以出于各种目的，例如鉴定样品内的部分的类型，对样品进行加工。样品可以是生物样品。可以出于各种目的，例如检测疾病(例如癌症)或鉴定特定物质，对生物样品进行加工。存在各种用于加工样品的方法，例如聚合酶链式反应(PCR)和测序。可以在各种反应环境内，例如分区内，对生物样品进行加工。分区可以是孔或液滴。液滴或孔可用于以使得能够将生物样品分区并单独加工的方式来加工生物样品。例如，此类液滴可以与其它液滴流体分离，从而使得能够精确控制液滴中的相应环境。分区和/或分区中的生物样品可以经受各种过程，例如化学过程或物理过程。分区和/或分区中的样品可以经受加热或冷却，或化学反应，例如以得到可以定性或定量加工的物质。
技术实现思路
本公开提供了用于各种样品加工和分析应用中的方法。本文提供...
【技术保护点】
1.一种分析包含核酸分子的样品的方法，所述方法包括：/na.提供：/n(i)包含所述核酸分子的样品，其中所述核酸分子包含第一靶标区域和第二靶标区域，其中所述第一靶标区域和所述第二靶标区域设置在所述核酸分子的同一条链上；/n(ii)第一探针，所述第一探针包含第一探针序列和第二探针序列，其中所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的所述第一靶标区域互补；以及/n(iii)第二探针，所述第二探针包含第三探针序列，其中所述第二探针的所述第三探针序列与所述核酸分子的所述第二靶标区域互补；/nb.使所述样品经受足以实现以下的条件；(i)使所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180222 US 62/633,982;20190212 US 62/804,6481.一种分析包含核酸分子的样品的方法，所述方法包括：
a.提供：
(i)包含所述核酸分子的样品，其中所述核酸分子包含第一靶标区域和第二靶标区域，其中所述第一靶标区域和所述第二靶标区域设置在所述核酸分子的同一条链上；
(ii)第一探针，所述第一探针包含第一探针序列和第二探针序列，其中所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的所述第一靶标区域互补；以及
(iii)第二探针，所述第二探针包含第三探针序列，其中所述第二探针的所述第三探针序列与所述核酸分子的所述第二靶标区域互补；
b.使所述样品经受足以实现以下的条件；(i)使所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的所述第一靶标区域杂交，以及(ii)使所述第二探针的所述第三探针序列与所述核酸分子的所述第二靶标区域杂交，以得到与探针缔合的核酸分子；
c.使所述与探针缔合的核酸分子经受足以得到与探针连接的核酸分子的条件，所述与探针连接的核酸分子包含连接至所述第二探针的所述第一探针；以及
d.在分区内，将条形码序列附连至所述与探针连接的核酸分子。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述分区是多个孔中的一个孔。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述分区是多个液滴中的一个液滴。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中(d)包括(i)在所述分区中提供包含结合序列和条形码序列的核酸条形码分子，其中所述结合序列与所述第一探针的所述第二探针序列互补，以及(ii)使所述分区经受足以使所述结合序列与所述第二探针序列杂交的条件。如权利要求4所述的方法，所述方法还包括使所述分区经受足以进行核酸延伸反应的条件，以产生条形码化核酸分子，所述条形码化核酸分子包含与所述第一探针对应的序列、与所述第二探针对应的序列和与所述条形码序列对应的序列。
5.如权利要求4所述的方法，所述方法还包括使所述分区经受足以将所述与探针连接的核酸分子接合至所述核酸条形码分子的条件，以产生条形码化核酸分子，所述条形码化核酸分子包含与所述第一探针对应的序列、与所述第二探针对应的序列和与所述条形码序列对应的序列。
6.如权利要求5或6所述的方法，所述方法还包括使所述条形码化核酸分子经受足以进行扩增反应的条件，以产生扩增产物，所述扩增产物包含包括与所述第一探针对应的所述序列、与所述第二探针对应的所述序列和与所述条形码序列对应的所述序列的核酸分子。
7.如权利要求7所述的方法，其中所述扩增反应包含引物的使用，所述引物包含一个或多个功能序列，并且其中所述扩增产物包含还包含所述一个或多个功能序列的核酸分子。
8.如权利要求7或8中任一项所述的方法，其中所述扩增是等温扩增。
9.如权利要求7-9中任一项所述的方法，其中所述扩增反应是在所述分区内执行。
10.如权利要求10所述的方法，所述方法还包括从所述分区回收所述扩增产物。
11.如权利要求7-9中任一项所述的方法，其中所述扩增反应是在所述分区外执行。
12.如权利要求7-12中任一项所述的方法，所述方法还包括对所述扩增产物或其衍生物进行测序。
13.如权利要求1-3中任一项所述的方法，所述方法还包括(i)提供包含与所述第二探针序列互补的第一序列和第二序列的夹板寡核苷酸，以及(ii)使所述分区经受足以使所述夹板寡核苷酸的所述第一序列与所述第二探针序列杂交的条件。
14.如权利要求13所述的方法，其中在(c)之前使所述夹板寡核苷酸的所述第一序列与所述第二探针序列杂交。
15.如权利要求13所述的方法，其中在(c)之后使所述夹板寡核苷酸的所述第一序列与所述第二探针序列杂交。
16.如权利要求13-16中任一项所述的方法，其中(d)包括(i)在所述分区中提供包含结合序列和条形码序列的核酸条形码分子，其中所述结合序列与所述夹板寡核苷酸的所述第二序列互补，以及(ii)使所述分区经受足以使所述结合序列与所述夹板寡核苷酸的所述第二序列杂交的条件。
17.如权利要求17所述的方法，其中所述核酸条形码分子的所述结合序列包含一个或多个核糖碱基。
18.如权利要求17或18所述的方法，所述方法还包括使(i)与所述第二探针序列杂交的所述夹板寡核苷酸和(ii)所述核酸条形码分子经受足以将所述与探针连接的核酸分子接合至所述核酸条形码分子的条件。
19.如权利要求17-19中任一项所述的方法，所述方法还包括使(i)与所述第二探针序列杂交的所述夹板寡核苷酸和(ii)所述核酸条形码分子经受足以进行核酸延伸反应的条件，以产生条形码化核酸分子，所述条形码化核酸分子包含与所述第一探针对应的序列、与所述第二探针对应的序列和与所述条形码序列对应的序列。
20.如权利要求19或20中任一项所述的方法，所述方法还包括使所述条形码化核酸分子经受足以进行扩增反应的条件，以产生扩增产物，所述扩增产物包含包括与所述第一探针对应的所述序列、与所述第二探针对应的所述序列和与所述条形码序列对应的所述序列的核酸分子。
21.如权利要求21所述的方法，其中所述扩增反应是聚合酶链式反应。
22.如权利要求21或22所述的方法，其中所述扩增反应是在所述分区内执行。
23.如权利要求23所述的方法，所述方法还包括从所述分区回收所述扩增产物。
24.如权利要求21或22所述的方法，其中所述扩增反应是在所述分区外执行。
25.如权利要求21-25中任一项所述的方法，其中所述扩增反应是等温扩增。
26.如权利要求21-26中任一项所述的方法，所述方法还包括对所述扩增产物或其衍生物进行测序。
27.如权利要求4-27中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子还包含独特分子标识符序列、测序引物序列和/或部分测序引物序列。
28.如权利要求4-28中任一项所述的方法，其中在(c)之后，所述与探针缔合的核酸分子与所述核酸条形码分子共分区。
29.如权利要求4-28中任一项所述的方法，其中在(a)之后，所述核酸分子与所述第一探针、所述第二探针和所述核酸条形码分子共分区。
30.如权利要求30所述的方法，其中(c)是在所述分区内执行。
31.如权利要求31所述的方法，其中(b)和(c)是在所述分区内执行。
32.如权利要求4-32中任一项所述的方法，其中所述第二探针包含第四探针序列，并且其中所述方法还包括在所述分区中提供核酸结合分子，其中所述核酸结合分子包含与所述第二探针的所述第四探针序列互补的第二结合序列。
33.如权利要求33所述的方法，所述方法还包括在所述分区内使所述第二结合序列与所述第二探针的所述第四探针序列杂交。
34.如权利要求4-34中任一项所述的方法，其中将所述核酸条形码分子偶联至珠粒。
35.如权利要求35所述的方法，其中所述珠粒是凝胶珠粒。
36.如权利要求35或36所述的方法，其中所述核酸条形码分子经由不稳定部分偶联至所述珠粒。
37.如权利要求35-37中任一项所述的方法，其中所述珠粒包含多个偶联至所述珠粒的核酸条形码分子，其中所述多个核酸条形码分子包含所述核酸条形码分子。
38.如权利要求38所述的方法，其中所述珠粒包含至少100,000个偶联至所述珠粒的核酸条形码分子。
39.如权利要求38或39所述的方法，其中所述多个核酸条形码分子以可释放的方式偶联至所述珠粒。
40.如权利要求40所述的方法，其中所述多个核酸条形码分子在施加刺激后可从所述珠粒释放。
41.如权利要求41所述的方法，其中所述刺激选自由以下组成的组：热刺激、光刺激、生物刺激和化学刺激。
42.如权利要求42所述的方法，...
【专利技术属性】
技术研发人员：塔尔耶伊·西格德·米克尔森，埃斯瓦尔·普拉萨德·拉马钱德兰·艾伊尔，安德鲁·科尔维，路易吉·约翰·阿尔瓦拉多·马丁内斯，凯瑟琳·法伊弗，安德鲁·D·普莱斯，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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