用于单分子测序的单链环状DNA模板的产生制造技术

本发明专利技术是分别对核酸的每条链进行测序的新方法，其涉及使用包含链切割位点或链合成终止位点的衔接子。衔接子也可以在链切割位点自引发。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于单分子测序的单链环状DNA模板的产生专利
本专利技术涉及核酸分析领域，并且更具体地，涉及制备用于核酸测序的模板。专利技术背景单分子核酸测序包括制备用于测序步骤的靶分子的文库的步骤。线性核酸文库通常与阻碍测序方法性能的线性核酸副产物共存。存在产生环状双链模板的文库制备方法，所述模板允许靶序列的两条链在连续聚合酶读取中被读取多次。参见美国专利号7,302,146和8,153,375。一些应用需要读取长的靶分子，使得分别单程读取或每条链是更理想的。本专利技术是有效产生文库并分别对靶核酸的每条链进行测序的方法。该方法具有以下详细描述的多个优点。专利技术概述在一些实施方案中，本专利技术是分别对靶核酸的每条链进行测序的方法，该方法包括以下步骤：在反应混合物中，将双链靶核酸的末端接合至衔接子以形成双衔接的靶核酸，其中所述衔接子是形成双链茎和单链环的单链，并且所述茎包含至少一个链切割位点；使所述反应混合物与核酸外切酶接触，从而富集所述双衔接的靶核酸；使所述反应混合物与切割剂接触以在所述切割位点切割所述双衔接的靶核酸，在每条链上形本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.分别对靶核酸的每条链进行测序的方法，该方法包括以下步骤：/na)在反应混合物中，将双链靶核酸的末端接合至衔接子以形成双衔接的靶核酸，其中所述衔接子是形成双链茎和单链环的单链，并且所述茎包含至少一个链切割位点；/nb)使所述反应混合物与核酸外切酶接触，从而富集所述双衔接的靶核酸；/nc)使所述反应混合物与切割剂接触以在所述切割位点切割所述双衔接的靶核酸，在每条链上形成可延伸的末端；/nd)延伸所述可延伸的末端，从而分别对所述靶核酸的每条链进行测序，其中延伸终止于所述切割位点，并且不进行到互补链上。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180302 US 62/638034;20180615 US 62/6858171.分别对靶核酸的每条链进行测序的方法，该方法包括以下步骤：
a)在反应混合物中，将双链靶核酸的末端接合至衔接子以形成双衔接的靶核酸，其中所述衔接子是形成双链茎和单链环的单链，并且所述茎包含至少一个链切割位点；
b)使所述反应混合物与核酸外切酶接触，从而富集所述双衔接的靶核酸；
c)使所述反应混合物与切割剂接触以在所述切割位点切割所述双衔接的靶核酸，在每条链上形成可延伸的末端；
d)延伸所述可延伸的末端，从而分别对所述靶核酸的每条链进行测序，其中延伸终止于所述切割位点，并且不进行到互补链上。


2.权利要求1的方法，其中接合至衔接子是通过连接。


3.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含至少一个条形码。


4.权利要求1的方法，其中所述切割位点包含一个或多个脱氧尿嘧啶，并且所述切割剂包括尿嘧啶-DNA-N-糖基化酶(UNG)和核酸内切酶。


5.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含核酸外切酶保护核苷酸。


6.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含捕获部分的配体。


7.权利要求1的方法，进一步包括在测序之前的靶富集步骤。


8.权利要求15的方法，其中所述富集是通过经由靶特异性探针捕获。


9.制备用于分别对靶核酸的每条链进行测序的靶核酸的文库的方法，所述方法包括以下步骤：
a)在反应混合物中，将双链靶核酸的末端接合至衔接子以形成双衔接的靶核酸，其中所述衔接子是形成双链茎和单链环的单链，并且所述茎包含链切割位点；
b)使所述反应混合物与核酸外切酶接触，从而富集所述双衔接的靶核酸；
c)使所述反应混合物与切割剂接触以在所述切割位点切...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·阿尔科特，D·巴登霍斯特，R·陈，T·盖图切，A·海耶斯，J·A·约翰逊，S·马格里东，M·拉尼克，P·瓦迪亚，A·H·王，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，卡帕生物系统公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH