【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于改进的免疫疗法的基因调控组合物和方法相关申请的交叉参考本申请要求2018年3月15日提交的美国临时申请号62/643,578；2018年6月29日提交的美国临时申请号62/692,010；2018年11月16日提交的美国临时申请号62/768,428；2018年3月15日提交的美国临时申请号62/643,587；2018年6月29日提交的美国临时申请号62/692,019；2018年11月16日提交的美国临时申请号62/768,443；2019年2月12日提交的美国临时申请号62/804,265；2018年3月15日提交的美国临时申请号62/643,597；2019年6月29日提交的美国临时申请号62/692,100；2018年11月16日提交的美国临时申请号62/768,448；2018年3月15日提交的美国临时申请号62/643,598；2018年6月29日提交的美国临时申请号62/692,110；以及2018年11月16日提交的美国临时申请号62/768,458的优先权，这些申请中的每一个以引用的方式整体并入文。电子提交的文本文件的...
【技术保护点】
1.一种修饰的免疫效应细胞，其包含能够降低选自以下的一种或多种内源靶基因的表达和/或功能的基因调控系统：(a)由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组；(b)ZC3H12A；(c)MAP4K1；或(d)NR4A3；/n其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述免疫效应细胞的效应子功能。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180315 US 62/643,578;20180315 US 62/643,587;20181.一种修饰的免疫效应细胞，其包含能够降低选自以下的一种或多种内源靶基因的表达和/或功能的基因调控系统：(a)由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组；(b)ZC3H12A；(c)MAP4K1；或(d)NR4A3；
其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述免疫效应细胞的效应子功能。
2.如权利要求1所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低选自以下的两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能：(a)由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组；(b)ZC3H12A；(c)MAP4K1；或(d)NR4A3。
3.一种修饰的免疫效应细胞，其包含能够降低选自由以下组成的组的一种或多种内源靶基因的表达和/或功能的基因调控系统：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述免疫效应细胞的效应子功能。
4.如权利要求3所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低选自由以下组成的组的两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
5.如权利要求4所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6和IKZF2，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
6.如权利要求1或权利要求2所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统还能够降低选自以下的一种或多种内源靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
7.如权利要求6所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低以下的表达和/或功能：选自由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组的至少一种内源靶基因以及选自由IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR组成的组的至少一种内源靶基因。
8.如权利要求6所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低ZC3H12A以及选自由以下组成的组的至少一种内源靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
9.如权利要求8所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低ZC3H12A和CBLB的表达和/或功能。
10.如权利要求8所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低ZC3H12A和BCOR的表达和/或功能。
11.如权利要求8所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低ZC3H12A和TNFAIP3的表达和/或功能。
12.如权利要求6所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低MAP4K1以及选自由以下组成的组的至少一种内源靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
13.如权利要求12所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低MAP4K1和CBLB的表达和/或功能。
14.如权利要求12所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低MAP4K1和BCOR的表达和/或功能。
15.如权利要求12所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低MAP4K1和TNFAPI3的表达和/或功能。
16.如权利要求6所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低NR4A3以及选自由以下组成的组的至少一种内源靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
17.如权利要求16所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低NR4A3和CBLB的表达和/或功能。
18.如权利要求16所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低NR4A3和BCOR的表达和/或功能。
19.如权利要求16所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统能够降低NR4A3和TNFAPI3的表达和/或功能。
20.如权利要求1-19中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含(i)一种或多种核酸分子；(ii)一种或多种酶蛋白；或(iii)一种或多种指导核酸分子和酶蛋白。
21.如权利要求20所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种核酸分子选自siRNA、shRNA、微小RNA(miR)、微小RNA拮抗剂或反义RNA。
22.如权利要求20所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含siRNA或shRNA核酸分子。
23.如权利要求22所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，并且其中所述siRNA或shRNA分子包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
24.如权利要求23所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述siRNA或shRNA包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
25.如权利要求22所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且其中所述siRNA或shRNA分子包含与由表6A和表6B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
26.如权利要求25所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述siRNA或shRNA包含与由选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
27.如权利要求22所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因是ZC3H12A，并且其中所述siRNA或shRNA分子包含与由表6C和表6D中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
28.如权利要求27所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述siRNA或shRNA包含与由选自由SEQIDNO:1065-1509组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
29.如权利要求22所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因是MAP4K1，并且其中所述siRNA或shRNA分子包含与由表6E和表6F中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
30.如权利要求29所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述siRNA或shRNA包含与由选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
31.如权利要求22所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因是NR4A3，并且其中所述siRNA或shRNA分子包含与由表6G和表6H中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
32.如权利要求31所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述siRNA或shRNA包含与由选自由SEQIDNO:1539-1566组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
33.如权利要求20所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含多种siRNA或shRNA分子并能够降低两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能。
34.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
35.如权利要求34所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表6A和表6B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
36.如权利要求34或35所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
37.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
38.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：ZC3H12A，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
39.如权利要求38所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表6C和表6D中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
40.如权利要求39所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:1065-1509组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
41.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：ZC3H12A，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
42.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是MAP4K1，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
43.如权利要求42所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表6E和表6F中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
44.如权利要求42或权利要求43所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
45.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是MAP4K1，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
46.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是NR4A3，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
47.如权利要求46所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表6G和表6H中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
48.如权利要求46或权利要求47所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:1539-1566组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸，并且所述多种siRNA或shRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的RNA序列结合的约19-30个核苷酸。
49.如权利要求33所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是NR4A3，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
50.如权利要求20所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含酶蛋白，并且其中所述酶蛋白已经被工程化以与所述内源基因中的一种或多种中的靶序列特异性结合。
51.如权利要求50所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述蛋白质是转录激活物样效应核酸酶(TALEN)、锌指核酸酶或大范围核酸酶。
52.如权利要求20所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含指导核酸分子和酶蛋白，其中所述核酸分子是指导RNA(gRNA)分子并且所述酶蛋白是Cas蛋白或Cas直系同源物。
53.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，并且其中所述gRNA分子包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
54.如权利要求53所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含与选自由SEQIDNO:154-813组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
55.如权利要求53所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
56.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且其中所述gRNA分子包含与由表6A和表6B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
57.如权利要求56所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含与选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
58.如权利要求56所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含由选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
59.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因选自由以下组成的组：ZC3H12A，并且其中所述gRNA分子包含与由表6C和表6D中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
60.如权利要求59所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含由选自由SEQIDNO:1065-1509组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
61.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因是MAP4K1，并且其中所述gRNA分子包含与由表6E和6F中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
62.如权利要求61所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含与选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
63.如权利要求61所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含由选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
64.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述一种或多种内源靶基因是NR4A3，并且其中所述gRNA分子包含与由表6G和6H中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
65.如权利要求64所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含与选自由SEQIDNO:1539-1566组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
66.如权利要求64所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述gRNA分子包含由选自由SEQIDNO：1539-1566组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
67.如权利要求52所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统包含多种gRNA分子并且能够降低两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能。
68.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
69.如权利要求68所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表6A和6B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
70.如权利要求69所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
71.如权利要求69所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:814-1064组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
72.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
73.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因一种选自由以下组成的组：ZC3H12A，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR
74.如权利要求73所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表6C和表6D中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
75.如权利要求74所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:1065-1509组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
76.如权利要求74所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:1065-1509组成的组的DNA序列编码的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的靶向结构域序列。
77.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是ZC3H12A，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
78.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是MAP4K1，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
79.如权利要求78所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表6E和表6F中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
80.如权利要求79所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
81.如权利要求79所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:510-1538组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的DNA序列编码的靶向结构域序列。
82.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是MAP4K1，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
83.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是NR4A3，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
84.如权利要求83所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表6G和表6H中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由表5A和表5B中所示的一组基因组坐标定义的核酸序列结合的靶向结构域序列。
85.如权利要求84所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:1539-1566组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含与由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的靶DNA序列结合的靶向结构域序列。
86.如权利要求84所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:1539-1566组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列，并且所述多种gRNA分子中的至少一种包含由选自由SEQIDNO:154-813组成的组的核酸序列编码的靶向结构域序列。
87.如权利要求67所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述内源靶基因中的至少一种是NR4A3，并且所述内源靶基因中的至少一种选自由以下组成的组：TNFAIP3、CBLB和BCOR。
88.如权利要求52-87中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中：
a.所述Cas蛋白是包含两个酶活性结构域的野生型Cas蛋白并且能够诱导双链DNA断裂；
b.所述Cas蛋白是包含一个酶活性结构域的Cas切口酶突变体并且能够诱导单链DNA断裂；或者
c.所述Cas蛋白是失活的Cas蛋白(dCas)并且与能够调节所述一种或多种内源靶基因的表达的异源蛋白相关联。
89.如权利要求52-88中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。
90.如权利要求88所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述异源蛋白选自由以下组成的组：MAX相互作用蛋白1(MXI1)、Krüppel相关盒(KRAB)结构域、甲基-CpG结合蛋白2(MECP2)和四个串联的mSin3结构域(SID4X)。
91.如权利要求50-90中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统将失活突变引入所述一种或多种内源靶基因中。
92.如权利要求91所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变包括在所述两种或更多种内源基因的基因组序列中缺失、取代或插入一个或多个核苷酸。
93.如权利要求92所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述缺失是所述两种或更多种内源靶基因的部分或完全缺失。
94.如权利要求92所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变是移码突变。
95.如权利要求91-94中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变降低所述两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能。
96.如权利要求1-95中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统通过微流体装置通过细胞膜的转染、转导、电穿孔或物理破坏引入所述免疫效应细胞中。
97.如权利要求96所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述基因调控系统以编码所述系统的一种或多种组分的多核苷酸、蛋白质或核糖核蛋白(RNP)复合物的形式引入。
98.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的选自由以下组成的组的一种或多种内源基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述免疫效应细胞的效应子功能。
99.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的选自以下的一种或多种内源基因的表达和/或功能：(a)由IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6和IKZF2组成的组；或(b)由CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR组成的组，
其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述免疫效应细胞的效应子功能。
100.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的选自以下的一种或多种内源基因的表达和/或功能：(a)由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组；(b)ZC3H12A；(c)MAP4K1；或(d)NR4A3，
其中所述降低的一种或多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
101.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的选自以下的两种或更多种靶基因的表达和/或功能：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的两种或更多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
102.如权利要求101所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的CBLB和BCOR的表达和/或功能。
103.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的两种或更多种靶基因的表达和/或功能，其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的两种或更多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
104.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的两种或更多种靶基因的表达和/或功能，其中至少一种靶基因是ZC3H12A，并且其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的两种或更多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
105.如权利要求104所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的ZC3H12A和CBLB的表达和/或功能。
106.如权利要求104所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的ZC3H12A和BCOR的表达和/或功能。
107.如权利要求104所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的ZC3H12A和TNFAIP3的表达和/或功能。
108.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的两种或更多种靶基因的表达和/或功能，其中至少一种靶基因是MAP4K1，并且其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的两种或更多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
109.如权利要求108所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的MAP4K1和CBLB的表达和/或功能。
110.如权利要求108所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的MAP4K1和BCOR的表达和/或功能。
111.如权利要求108所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的MAP4K1和TNFAIP3的表达和/或功能。
112.一种修饰的免疫效应细胞，其包含降低的两种或更多种靶基因的表达和/或功能，其中至少一种靶基因是NR4A3，并且其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR，其中所述降低的两种或更多种内源基因的表达和/或功能增强所述修饰的免疫效应细胞的效应子功能。
113.如权利要求112所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的NR4A3和CBLB的表达和/或功能。
114.如权利要求112所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的NR4A3和BCOR的表达和/或功能。
115.如权利要求112所述的修饰的免疫效应细胞，其包含降低的NR4A3和TNFAIP3的表达和/或功能。
116.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在选自由以下组成的组的一种或多种内源基因中的失活突变：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
117.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在选自以下的一种或多种内源基因中的失活突变：(a)由IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6和IKZF2组成的组；或(b)由CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR组成的组。
118.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在选自以下的一种或多种内源基因中的失活突变：(a)由BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS组成的组；(b)ZC3H12A；(c)MAP4K1；或(d)NR4A3。
119.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在选自以下的两种或更多种靶基因中的失活突变：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
120.如权利要求119所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述CBLB和BCOR基因中的失活突变。
121.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在两种或更多种靶基因中的失活突变，其中至少一种靶基因选自由以下组成的组：BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3和GNAS，并且至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
122.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在两种或更多种靶基因中的失活突变，其中至少一种靶基因是ZC3H12A，并且至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
123.如权利要求122所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述ZC3H12A和CBLB基因中的失活突变。
124.如权利要求122所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述ZC3H12A和BCOR基因中的失活突变。
125.如权利要求122所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述ZC3H12A和TNFAIP3基因中的失活突变。
126.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在两种或更多种靶基因中的失活突变，其中至少一种靶基因是MAP4K1，并且至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
127.如权利要求126所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述MAP4K1和CBLB基因中的失活突变。
128.如权利要求126所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述MAP4K1和BCOR基因中的失活突变。
129.如权利要求126所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述MAP4K1和TNFAIP3基因中的失活突变。
130.一种修饰的免疫效应细胞，其包含在两种或更多种靶基因中的失活突变，其中至少一种靶基因是NR4A3，并且至少一种靶基因选自由以下组成的组：IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1和BCOR。
131.如权利要求130所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述NR4A3和CBLB基因中的失活突变。
132.如权利要求130所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述NR4A3和BCOR基因中的失活突变。
133.如权利要求130所述的修饰的免疫效应细胞，其包含在所述NR4A3和TNFAIP3基因中的失活突变。
134.如权利要求116-133中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变包括在所述两种或更多种内源基因的基因组序列中缺失、取代或插入一个或多个核苷酸。
135.如权利要求134所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述缺失是所述两种或更多种内源靶基因的部分或完全缺失。
136.如权利要求134所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变是移码突变。
137.如权利要求116-136中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中所述失活突变降低所述两种或更多种内源靶基因的表达和/或功能。
138.如权利要求1-137中任一项所述的修饰的免疫效应细胞，其中与未修饰或对照免疫效应细胞相比，所述一种或多种内源靶基因的表达降低了至少50％、至少60％、至少70％、至少...
【专利技术属性】
技术研发人员：M·本森，J·莫金，G·V·克留科夫，S·M·申克，M·施拉巴赫，N·吐蕃，
申请(专利权)人：KSQ治疗公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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