利用了RNA修饰的分析、诊断方法技术

本申请提供用于分析生物学状态或医学状态的新方法。本发明专利技术基于可以将RNA的修饰信息用于生物学状态或医学状态的分析中的发现，提供一种用于分析生物学状态或医学状态的新方法。本发明专利技术可以分析包括疾病在内的各种生物学状态或医学状态，可以充分预测早期癌症(例如胰腺癌、大肠癌、胃癌等)等。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】利用了RNA修饰的分析、诊断方法
本专利技术涉及生物学对象的特征分析方法及分类。更详细而言，本专利技术涉及基于RNA上的修饰信息的生物学对象的分类及特征分析方法。
技术介绍
核糖核酸(RNA)与脱氧核糖核酸(DNA)同样地为携带生物所具有的信息的分子。众所周知，DNA接受甲基化等修饰而控制其功能，近年来报道了在RNA上也发生修饰的例子。为了分析包括疾病在内的各种生物学状态，尝试将DNA变异、mRNA表达量、蛋白质表达量等信息与生物学状态建立关联，但是，即使使用这些信息也不能充分预测早期癌症等的情况也较多。现有技术文献非专利文献非专利文献1:PagliariniDJ,CellMetab.2016Jul12；24(1):13-4.doi:10.1016/j.cmet.2016.06.018.
技术实现思路
用于解决问题的方案本专利技术基于可以将RNA的修饰信息用于生物学状态或医学状态的分析中的发现，提供一种用于分析生物学状态或医学状态的新方法。因此，本专利技术提供以下方案。(诊断方法)(项目A1)一种对对象的状态进行分析的方法，其包括：取得对象中的至少一种RNA上的修饰信息＜RNAmod＞的取得步骤；和基于该修饰信息分析该对象的状态的步骤。(项目A2)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RNA包括微小RNA。(项目A3)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰包括甲基化。(项目A3-1)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰包括核苷上的甲基化。(项目A3-2)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰包括核酸碱基上的甲基化。(项目A4)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RNA上的修饰包括微小RNA的甲基化。(项目A4-1)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RNA上的修饰信息包括微小RNA的核苷上的甲基化。(项目A4-2)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RNA上的修饰信息包括微小RNA的核酸碱基上的甲基化。(项目A5)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰为m6A。(项目A6)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰信息包括修饰位置信息。(项目A7)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰信息包括经修饰的RNA的量的信息。(状态)(项目A8)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述状态为医学状态或生物学状态。(项目A9)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述状态为上述对象中的微生物(例如肠内细菌、表皮细菌)的状态。(项目A10)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述生物学状态为老化或细胞的分化状态。(项目A11)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述医学状态包括癌症、炎症性肠病或肠道免疫。(项目A12)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述癌症包括胰腺癌(例如早期胰腺癌)、肝癌、胆嚢癌、胆管癌、胃癌及结肠癌中的至少一种。(项目A13)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述状态为上述对象对药剂或处置的反应性。(药剂、处置)(项目A14)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述处置为放射线处置或手术。(项目A15)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述处置为利用重粒子射线(例如Carbon/HIMAC)或X射线的处置。(项目A16)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述药剂为抗癌剂、分子靶向药、抗体药物、生物制剂(例如核酸、蛋白质)、或抗生素。(项目A17)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述药剂为Lonsurf(TAS102)、吉西他滨、CDDP、5-FU、西妥昔单抗、核酸药物或组蛋白脱甲基化酶抑制剂。(项目A18)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述药剂为抗癌剂，上述反应性包括上述对象是否具有对该抗癌剂的抗性的反应性。(项目A19)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，基于上述反应性，示出用于处置上述对象的药剂和/或对上述对象的处置。(项目A20)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，基于关于多个药剂的上述反应性，从该多个药剂中示出用于处置上述状态的药剂。(项目A21)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述分析基于上述药剂的给药或上述处置的前后的、上述对象的上述修饰信息的比较。(周边信息)(项目A22)根据上述项目中任一项所述的方法，其包括还基于选自由下述信息组成的组中的至少一种信息分析上述对象的上述状态的步骤，所述信息为上述对象的年龄、性别、人种、血统信息、病史、治疗史、吸烟状态、饮酒状态、职业信息、生活环境信息、疾病标志物信息、核酸信息(包括上述对象中的细菌的核酸信息)、代谢物信息、蛋白质信息、肠内细菌信息、表皮细菌信息及这些中的任意者的组合。(项目A23)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述核酸信息选自由基因组信息、表观遗传信息、转录组的表达量信息、RIP测序信息、微小RNA的表达量信息及这些中的任意者的组合组成的组。(项目A24)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RIP测序信息包括抗药泵P-糖蛋白的RIP测序信息。(项目A25)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RIP测序信息包括上述对象的粪便的RIP测序信息。(项目A26)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述RIP测序信息包括上述对象的粪便中的大肠杆菌的RIP测序信息。(关于修饰信息的附加信息)(项目A27-1)根据上述项目中任一项所述的方法，其包括下述步骤：还基于耐受药剂或处置的抗性株、或该抗性株与该抗性株所来源的细胞株的组合中的上述RNA上的修饰信息分析上述对象的上述状态。(项目A27-2)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述药剂或处置包括利用Lonsurf(TAS102)、吉西他滨、CDDP、5-FU、西妥昔单抗、核酸药物、组蛋白脱甲基化酶抑制剂、或重粒子射线(例如Carbon/HIMAC)或X射线的处置。(项目A28)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，对至少2000种RNA上的修饰信息进行分析。(项目A29)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，包括基于多个上述修饰信息计算上述状态的概率的步骤。(项目A30)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述修饰信息包括包含相同序列的RNA上的多个修饰信息。(项目A31)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，包括还基于RNA的结构信息分析上述对象的上述状态的步骤。(项目A32-1)根据上述项目中任一项所述的方法，其中，包括还基于生物中的RNA的修饰信息分析上述对象的上述状态的步骤，所述生物被敲除了甲基化酶(例如Mettl3、Mettl14、Wtap)、脱甲基化酶(例如FTO、AlkBH5)及甲基化识别酶(本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种对对象的状态进行分析的方法，其包括：/n取得对象中的至少一种RNA上的修饰信息的取得步骤；和/n基于该修饰信息分析该对象的状态的步骤。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180222 JP 2018-0300991.一种对对象的状态进行分析的方法，其包括：
取得对象中的至少一种RNA上的修饰信息的取得步骤；和
基于该修饰信息分析该对象的状态的步骤。


2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述RNA包括微小RNA。


3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述修饰包括微小RNA的甲基化。


4.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，其中，所述修饰为m6A。


5.根据权利要求1～4中任一项所述的方法，其中，所述修饰信息包括修饰位置信息及经修饰的RNA的量的信息中的至少一种。


6.根据权利要求1～5中任一项所述的方法，其中，所述状态包括癌症。


7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述癌症包括胰腺癌(例如早期胰腺癌)、肝癌、胆嚢癌、胆管癌、胃癌及结肠癌中的至少一种。


8.根据权利要求1～7中任一项所述的方法，其中，所述状态包括反应性，所述反应...

【专利技术属性】
技术研发人员：石井秀始，今野雅允，森正树，
申请(专利权)人：国立大学法人大阪大学，
类型：发明
国别省市：日本;JP