用于预测晚期肾癌应用TKI类药物敏感性的分子诊断模型制造技术

本发明专利技术公开了一种用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物及其应用。所述DNA甲基化位点分子标记物包括：cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855。通过检测上述5个DNA甲基化位点在转移性肾癌患者组织中的甲基化水平，并通过相应的预测模型，达到预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的目的，提高了转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物人群界定的准确性，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。

【技术实现步骤摘要】
用于预测晚期肾癌应用TKI类药物敏感性的分子诊断模型
本专利技术涉及用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物及其应用，涉及用于预测转移性肾癌患者术后对TKI类靶向药物敏感人群的界定。
技术介绍
在全球范围内，每年约有300000人被诊断为肾癌，每年约有129000人死于肾癌[1,2]。肾癌的主要组织学亚型为透明细胞癌(clearcellrenalcellcarcinoma,ccRCC)，ccRCC约占所有肾癌病例的80％，为方便叙述，以下简称肾癌[1]。大约20％-30％的肾癌患者在确诊时肿瘤已发生远处转移而不能接受手术根治[3]。此类转移性肾癌患者的预后差，中位生存期仅为6-12个月，5年生存率小于10％，局限性肾癌患者术后仍有20％-40％的患者出现远处转移[3,4]。近年来，美国食品药品管理局(FDA)先后审批通过了一系列TKI类靶向药物，如舒尼替尼、索拉菲尼及帕唑帕尼等。这些药物当前已广泛用于转移性肾癌的一线和二线治疗。其疗效一直是人们关注的焦点，但研究发现不同的个体对药物的反应存在较大差异[5-7]。近年来，多项研究利用分子标记物，对病人进行个体化治疗，回顾性和前瞻性研究已经报道了TKI类靶向药物治疗获益的预后和预测指标，包括血清标志物[8,9]、肿瘤组织内标志物[10-12]和基因变异标记物[13-15]，然而至今仍没有用于晚期转移性肾癌患者接受TKI类靶向药物治疗是否获益的预后/预测指标应用于临床。DNA甲基化(DNAmethylation)为DNA化学修饰的一种形式，在不改变DNA序列的前提下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团，引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。DNA甲基化是癌症发生发展的关键因素之一，其作为诊断和预后的生物标记物迅速引起了临床的关注[16-18]。随着全基因组技术的不断发展，对包括肾癌在内的人类癌症相关的DNA甲基化的认识逐渐深入[19-21]。我们前期通过DNA甲基化芯片筛选发现5个DNA甲基化位点分子标记物cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855与肾癌患者总体生存密切相关[22]。本专利技术进一步应用该5个DNA甲基化分子标记物构建新的分子预测模型，用于转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的评估。专利CN200680012835.2探索MTOR抑制剂疗法的敏感性的生物标记物，但局限于MTOR抑制剂，而且局限于单个分子标记物，其检测方法受蛋白、mRNA稳定性的影响大等问题。目前，还未见有基于多个DNA甲基化位点模型对转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性预测的报道。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是克服临床晚期转移性肾癌应用TKI类靶向药物敏感性预测方面存在的缺陷和不足，提供一组用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855，通过综合分析上述5个DNA甲基化位点在转移性肾癌患者组织中甲基化水平，通过建立分子预后模型，达到预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的目的。本专利技术的目的是提供一种用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点的分子标记物。本专利技术的另一个目的是提供所述DNA甲基化位点的分子标记物的应用。本专利技术的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点的分子标记物，包括cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855。本专利技术还请求保护上述DNA甲基化位点分子标记物在制备预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的试剂盒或构建预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的模型中的应用。一种用于检测权利要求1所述DNA甲基化位点分子标记物的焦磷酸测序技术扩增及延伸引物组，其特征在于，包括分别检测cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855位点甲基化水平的扩增引物及延伸引物，其序列依次如表1所示。本专利技术还提供一种用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的模型，其特征在于，所述模型为通过检测cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855这5个DNA甲基化位点的甲基化水平来计算转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的预后评分指数，预后评分指数＝(–0.745×cg00396667)+(0.068×cg18815943)+(70.421×cg03890877)+(–0.608×cg07611000)+(–10.236×cg14391855)。本专利技术还提供一种用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的焦磷酸测序扩增及测序引物组。本专利技术还提供利用上述试剂盒进行转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的方法为：S1、提取肾癌组织样品DNA；S2、利用上述引物组对S1的样本DNA进行焦磷酸测序检测，确定DNA甲基化位点甲基化水平；S3、根据转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性预后评分指数＝(–0.745×cg00396667)+(0.068×cg18815943)+(70.421×cg03890877)+(–0.608×cg07611000)+(–10.236×cg14391855)计算出晚期转移性组织样本的预后评分指数，以预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术公开了一组用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物，所述位点包括cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855。通过检测上述5个DNA甲基化位点在转移性肾癌患者组织中的甲基化水平，并通过相应的预测模型，达到预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的目的，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。表1：5个DNA甲基化位点焦磷酸测序扩增引物及测序引物附图说明图1为本专利技术实施例1中利用所述5个DNA甲基化位点分子模型评估TCGA组应用TKI类靶向药物的转移性肾癌患者总生存时间的KM曲线图。图2为本专利技术实施例1中利用所述5个DNA甲基化位点分子模型评估中山大学组应用TKI类靶向药物的转移性肾癌患者总生存时间的KM曲线图。具体实施方式以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本专利技术，但实施例并不对本专利技术做任何形式的限定。除非特别说明，本专利技术采用的试剂、方法和本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物，其特征在于，包括cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855。/n

【技术特征摘要】
1.一组用于预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的DNA甲基化位点分子标记物，其特征在于，包括cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855。


2.权利要求1所述的DNA甲基化位点分子标记物在制备预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的试剂盒或构建预测转移性肾癌患者应用TKI类靶向药物敏感性的模型中的应用。


3.一种用于检测权利要求1所述DNA甲基化位点分子标记物的焦磷酸测序引物组，其特征在于，包括分别检测cg00396667、cg18815943、cg03890877、cg07611000和cg14391855位点甲基化水平的扩增引物及延伸引物，其序列依...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗俊航，韦锦焕，
申请(专利权)人：罗俊航，韦锦焕，
类型：发明
国别省市：广东;44