一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其试剂盒及分析方法技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其试剂盒及分析方法。本发明专利技术的用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群至少由178个基因组成。本发明专利技术采用全转录组测序检测基因表达水平并用于分子分型，增加了检测的敏感度，提高了检测能力和效率，同时极大降低了检测成本。经实验验证，本发明专利技术试剂盒适用范围广、准确率高，有助于实现个性化用药。

【技术实现步骤摘要】
一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其试剂盒及分析方法
本专利技术属于生物
，具体涉及一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其试剂盒及分析方法。
技术介绍
淋巴瘤是发病率最高的血液系统恶性肿瘤，种类繁多，分型复杂。传统的淋巴瘤分类主要依据病理形态、细胞遗传学及单基因突变检测等方法，对淋巴瘤细胞来源及恶性程度进行判断，大体上可分为霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’slymphoma)和非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin’slymphoma，NHL)两大类，后者又可分为B细胞NHL和T细胞NHL等不同类别。弥漫大B细胞淋巴瘤(DiffuselargeBcelllymphoma，DLBCL)是最常见的侵袭性淋巴瘤，是一种高度异质性的侵袭性NHL。利妥昔单抗(Rituximab，R)联合CHOP方案(环磷酰胺，阿霉素，长春新碱及泼尼松)显著地改善了DLBCL患者的预后，但仍有30～40％的患者无法缓解或缓解后复发。传统方法上，对DLBCL的预后判断主要基于临床指标、免疫组化及细胞遗传学异常。临床指标上，以国际预后指数(Internationalprognosticindex，IPI)为基础的一系列评分体系，纳入年龄、疾病分期、乳酸脱氢酶、ECOG评分、结外累及等指标，将DLBCL患者分为不同的危险度，能够区分患者生存预后情况；病理诊断上，Hans分型可将DLBCL分为生发中心型(GerminalcenterB-cell，GCB)和非生发中心型(non-GCB)，BCL2/MYC双表达为表现的DLBCL具有相对更差的预后；细胞遗传学检测中，DLBCL患者BCL2/MYC/BCL6基因重排阳性提示不良预后。随着分子检测技术的不断发展，2000年AshA.Alizadeh等使用基因表达芯片测序分析，提出通过基因表达情况区分DLBCL分子亚型的概念，将DLBCL按照细胞来源区分为生发中心B细胞样(GCBlike)，活化B细胞样(ActivatedB-celllike，ABClike)及部分不能分型。在此基础上，大量研究表明，相对GCB亚型，在标准R-CHOP方案的治疗下，ABC亚型的DLBCL中位生存期更短，更易复发。通过基因表达谱检测对DLBCL进行细胞来源分析逐渐成为人们判断DLBCL患者预后的指标之一。2016年WHO淋巴瘤分型在2008年的版本基础上，将DLBCL(非特指型)进一步分为生发中心B细胞型(GCBtype)及活化B细胞型(ABCtype)，对DLBCL的诊断提出了新要求，基于基因表达水平的分子诊断成为DLBCL诊断的重要组成部分。此外，近年来出现了一些针对ABC型DLBCL的治疗方案。剂量调整(Dose-adjusted，DA-)EPOCH-R(利妥昔单抗，依托泊苷，环磷酰胺，阿霉素，长春新碱及泼尼松)方案及R-ACVBP(利妥昔单抗，阿霉素，环磷酰胺，长春新碱，博来霉素及泼尼松)方案均显示，相对R-CHOP方案可提高ABC亚型DLBCL患者预后，但毒副作用更大。ABC型DLBCL具有NF-κB激活的特征，硼替佐米作为一种蛋白酶体抑制剂，能够减少NF-κB抑制蛋白IκBα的降解，从而促进肿瘤细胞凋亡。在复发DLBCL患者中的小样本临床实验中，硼替佐米联合DA-EPOCH治疗对ABC型DLBCL的疗效优于GCB型DLBCL，来那度胺作为免疫调节剂，在体外条件下也可以抑制NF-κB通路，联合R-CHOP方案对DLBCL患者的治疗，可以改善non-GCB患者的预后。CD79B及MYD88突变多发生在ABC型DLBCL中。伊布替尼作为选择性小分子BTK抑制剂，在BCR通路激活的复发ABC亚型DLCL患者中能够明显改善预后。通过基因表达谱检测对DLBCL进行细胞来源分析也成为DLBCL患者治疗方案选择的指标之一。然而，当前的DLBCL细胞来源诊断仍存在一定的局限性。作为“金标准”的AshA.Alizadeh等使用基因表达芯片选择的基因数目有限，仍有一部分患者无法被诊断为ABC或GCB亚型；2014年DavidW.Scott等使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤组织，设计了包含20个基因的芯片Lymph2Cx，使用NanoString的方法检测用以区分DLBCL的细胞来源，但其基于西方人群获得的基因组和在区分我国DLBCL患者的应用中存在较高的无法分型比例。鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的首要专利技术目的在于提出一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群。本专利技术的第二专利技术目的在于提出该基因群的应用。本专利技术的第三专利技术目的在于提出一种试剂盒。本专利技术的第四专利技术目的在于提出一种分子分型数据的分析方法。为了完成本专利技术的目的，采用的技术方案为：本专利技术提出一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，所述用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群至少由178个基因组成，所述178个基因为：SACS-AS1基因、PIM1基因、CD44基因、CYB5R2基因、TMPRSS6基因、NAPSA基因、MYOCD基因、RAB29基因、ABHD17C基因、SLC2A13基因、SFTPB基因、CCND2基因、IL12A基因、ADTRP基因、TGIF1基因、FUT8基因、ENTPD1基因、IL17RB基因、SH3BP5基因、LIMD1基因、FOXP1基因、CDHR3基因、PNMA6A基因、EHHADH基因、DUSP15基因、BATF基因、ARID3A基因、PLBD1基因、EPHB1基因、RASGRP4基因、IGSF3基因、RUBCNL基因、FA2H基因、SLA基因、EPB41L5基因、ERCC6L2基因、TNFRSF13B基因、ISL2基因、IRF4基因、LINC01268基因、PIM2基因、FUT8-AS1基因、HACD1基因、PIGR基因、TAS1R1基因、HCK基因、ELL2基因、MTCL1基因、C1QB基因、JADE3基因、VSNL1基因、NRROS基因、CCR10基因、ACTG2基因、KCNA3基因、MOCOS基因、GTSF1L基因、FOXC1基因、DHRS9基因、ARNT2基因、AICDA基因、KISS1R基因、LILRA3基因、ARHGAP24基因、CLECL1基因、FAM129C基因、PSTPIP2基因、EPYC基因、VASH2基因、XK基因、ZNF385C基因、CACNA1D基因、SCN2A基因、CD163基因、ASPN基因、RNF183基因、FCGR3A基因、SPIC基因、DGKG基因、DPCR1基因、FAM149A基因、BSPRY基因、CHDH、基因TOX2基因、BCL2L14基因、MIR155HG基因、SPINK2基因、RGS8基因、LINC00487基因、PKHD1L1基因、KCNK12基因、ENPP3基因、MYBL1基因、ACTN2基因、S1PR2基因、CPA6基因、UMODL1基因、CCDC85A基因、S100Z基因、HOPX基因、IL22RA2基因、MAPK10基因、KANK1基因、NLRP11基因、E本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其特征在于，所述用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群至少由178个基因组成，所述178个基因为：/nSACS-AS1基因、PIM1基因、CD44基因、CYB5R2基因、TMPRSS6基因、NAPSA基因、MYOCD基因、RAB29基因、ABHD17C基因、SLC2A13基因、SFTPB基因、CCND2基因、IL12A基因、ADTRP基因、TGIF1基因、FUT8基因、ENTPD1基因、IL17RB基因、SH3BP5基因、LIMD1基因、FOXP1基因、CDHR3基因、PNMA6A基因、EHHADH基因、DUSP15基因、BATF基因、ARID3A基因、PLBD1基因、EPHB1基因、RASGRP4基因、IGSF3基因、RUBCNL基因、FA2H基因、SLA基因、EPB41L5基因、ERCC6L2基因、TNFRSF13B基因、ISL2基因、IRF4基因、LINC01268基因、PIM2基因、FUT8-AS1基因、HACD1基因、PIGR基因、TAS1R1基因、HCK基因、ELL2基因、MTCL1基因、C1QB基因、JADE3基因、VSNL1基因、NRROS基因、CCR10基因、ACTG2基因、KCNA3基因、MOCOS基因、GTSF1L基因、FOXC1基因、DHRS9基因、ARNT2基因、AICDA基因、KISS1R基因、LILRA3基因、ARHGAP24基因、CLECL1基因、FAM129C基因、PSTPIP2基因、EPYC基因、VASH2基因、XK基因、ZNF385C基因、CACNA1D基因、SCN2A基因、CD163基因、ASPN基因、RNF183基因、FCGR3A基因、SPIC基因、DGKG基因、DPCR1基因、FAM149A基因、BSPRY基因、CHDH、基因TOX2基因、BCL2L14基因、MIR155HG基因、SPINK2基因、RGS8基因、LINC00487基因、PKHD1L1基因、KCNK12基因、ENPP3基因、MYBL1基因、ACTN2基因、S1PR2基因、CPA6基因、UMODL1基因、CCDC85A基因、S100Z基因、HOPX基因、IL22RA2基因、MAPK10基因、KANK1基因、NLRP11基因、EEPD1基因、PDLIM3基因、CADPS基因、PDE8B基因、CSRNP3基因、USP2基因、HMCES基因、PCDHGA4基因、IZUMO4基因、RNF180基因、SLC30A4基因、MIR631基因、TMEM132B基因、ASB13基因、LINC01013基因、SHISA8基因、KCNH8基因、CLIP2基因、MAML3基因、SUGCT基因、DAPL1基因、BMP7基因、UCHL1基因、KCNN3基因、INHBA基因、AUTS2基因、TEX9基因、CGNL1基因、SNX22基因、TPM1基因、PMEPA1基因、COL4A4基因、SLC12A8基因、DEF8基因、TTC9基因、CRHBP基因、SSBP2基因、HEMGN基因、HIP1R基因、TIAM2基因、GDPD5基因、IRS1基因、ICOSLG基因、SLC1A1基因、ENPP1基因、STAG3基因、KIF5C基因、KCNJ1基因、TFPI2基因、ADRB1基因、SERPINA9基因、BTNL9基因、CDK14基因、GNG8基因、EYA4基因、SLC25A27基因、JUP基因、SYBU基因、SOX9基因、LINC00877基因、COL16A1基因、FHOD3基因、CUX2基因、MME基因、RGS7基因、STXBP6基因、COL12A1基因、VPREB3基因、BFSP2-AS1基因、CYP39A1基因、MAP2基因、PTPRD基因、MMP20基因和ANK3基因。/n...

【技术特征摘要】
1.一组用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群，其特征在于，所述用于评估弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型的基因群至少由178个基因组成，所述178个基因为：
SACS-AS1基因、PIM1基因、CD44基因、CYB5R2基因、TMPRSS6基因、NAPSA基因、MYOCD基因、RAB29基因、ABHD17C基因、SLC2A13基因、SFTPB基因、CCND2基因、IL12A基因、ADTRP基因、TGIF1基因、FUT8基因、ENTPD1基因、IL17RB基因、SH3BP5基因、LIMD1基因、FOXP1基因、CDHR3基因、PNMA6A基因、EHHADH基因、DUSP15基因、BATF基因、ARID3A基因、PLBD1基因、EPHB1基因、RASGRP4基因、IGSF3基因、RUBCNL基因、FA2H基因、SLA基因、EPB41L5基因、ERCC6L2基因、TNFRSF13B基因、ISL2基因、IRF4基因、LINC01268基因、PIM2基因、FUT8-AS1基因、HACD1基因、PIGR基因、TAS1R1基因、HCK基因、ELL2基因、MTCL1基因、C1QB基因、JADE3基因、VSNL1基因、NRROS基因、CCR10基因、ACTG2基因、KCNA3基因、MOCOS基因、GTSF1L基因、FOXC1基因、DHRS9基因、ARNT2基因、AICDA基因、KISS1R基因、LILRA3基因、ARHGAP24基因、CLECL1基因、FAM129C基因、PSTPIP2基因、EPYC基因、VASH2基因、XK基因、ZNF385C基因、CACNA1D基因、SCN2A基因、CD163基因、ASPN基因、RNF183基因、FCGR3A基因、SPIC基因、DGKG基因、DPCR1基因、FAM149A基因、BSPRY基因、CHDH、基因TOX2基因、BCL2L14基因、MIR155HG基因、SPINK2基因、RGS8基因、LINC00487基因、PKHD1L1基因、KCNK12基因、ENPP3基因、MYBL1基因、ACTN2基因、S1PR2基因、CPA6基因、UMODL1基因、CCDC85A基因、S100Z基因、HOPX基因、IL22RA2基因、MAPK10基因、KANK1基因、NLRP11基因、EEPD1基因、PDLIM3基因、CADPS基因、PDE8B基因、CSRNP3基因、USP2基因、HMCES基因、PCDHGA4基因、IZUMO4基因、RNF180基因、SLC30A4基因、MIR631基因、TMEM132B基因、ASB13基因、LINC01013基因、SHISA8基因、KCNH8基因、CLIP2基因、MAML3基因、SUGCT基因、DAPL1基因、BMP7基因、UCHL1基因、KCNN3基因、INHBA基因、AUTS2基因、TEX9基因、CGNL1基因、SNX22基因、TPM1基因、PMEPA1基因、COL4A4基因、SLC12A8基因、DEF8基因、TTC9基因、CRHBP基因、SSBP2基因、HEMGN基因、HIP1R基因、TIAM2基因、GDPD5基因、IRS1基因、ICOSLG基因、SLC1A1基因、ENPP1基因、STAG3基因、KIF5C基因、KCNJ1基因、TFPI2基因、ADRB1基因、SERPINA9基因、BTNL9基因、CDK14基因、GNG8基因、EYA4基因、SLC25A27基因、JUP基因、SYBU基因、SOX9基因、LINC00877基因、COL16A1基因、FHOD3基因、CUX2基因、MME基因、RGS7基因、STXBP6基因、COL12A1基因、VPREB3基因、BFSP2-AS1基因、CYP39A1基因、MAP2基因、PTPRD基因、MMP20基因和ANK3基因。


2.根据权利要求1所述的基因群，其特征在于，所述178个基因包括表达水平上调的基因和表达水平下调的基因，所述表达水平上调的基因为：SACS-AS1基因、PIM1基因、CD44基因、CYB5R2基因、TMPRSS6基因、NAPSA基因、MYOCD基因、RAB29基因、ABHD17C基因、SLC2A13基因、SFTPB基因、CCND2基因、IL12A基因、ADTRP基因、TGIF1基因、FUT8基因、ENTPD1基因、IL17RB基因、SH3BP5基因、LIMD1基因、FOXP1基因、CDHR3基因、PNMA6A基因、EHHADH基因、DUSP15基因、BATF基因、ARID3A基因、PLBD1基因、EPHB1基因、RASGRP4基因、IGSF3基因、RUBCNL基因、FA2H基因、SLA基因、EPB41L5基因、ERCC6L2基因、TNFRSF13B基因、ISL2基因、IRF4基因、LINC01268基因、PIM2基因、FUT8-AS1基因、HACD1基因、PIGR基因、TAS1R1基因、HCK基因、ELL2基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵维莅，熊慧，许彭鹏，俞浩，付迪，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属瑞金医院，上海源奇生物医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31