用于预测肾癌术后复发转移的分子诊断模型制造技术

本发明专利技术公开了一种用于预测局限性肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点分子标记物及其应用。所述单核苷酸多态性变异位点分子标记物包括：rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520。通过检测上述六个单核苷酸多态性变异位点在局限性肾癌患者组织中的基因型状态，并通过相应的预测模型，达到预测患者术后复发转移风险的目的，提高了通过肾癌患者组织标本预测术后复发转移风险的准确性，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。

【技术实现步骤摘要】
用于预测肾癌术后复发转移的分子诊断模型
本专利技术涉及用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点分子标记物及其应用，涉及用于预测肾癌术后高复发转移风险人群的界定。
技术介绍
在全球范围内，每年约有300000人被诊断为肾癌，每年约有129000人死于肾癌[1,2]。肾癌的主要组织学亚型为透明细胞癌（clearcellrenalcellcarcinoma,ccRCC），ccRCC约占所有肾癌病例的80%，为方便叙述，以下简称肾癌[2]。手术切除是目前局限性肾癌（I-Ⅲ期）的主要治疗手段之一，约30%的局限性肾癌患者在外科手术切除后复发[3,4]。肾癌患者中存在肿瘤更具侵袭性的患者亚群，这些患者在手术后可以受益于辅助靶向治疗[5]。因此，局限性肾癌准确的复发转移风险评估是确定哪些患者需要辅助治疗的关键。目前，TNM分期和病理分级通常用于评估局限性肾癌患者术后的肿瘤复发转移风险。然而，相同TNM分期和病理分级的患者可能有不同的预后，因此，当前的分期系统的预测值亟待提高，这有望通过使用已验证的肿瘤相关分子标志物来实现。目前已有报道几种多基因分类器来预测肾癌的复发转移风险[6-8]，然而，迄今为止，在临床实践中仍然没有稳定可靠的分子标志物应用于预测肾癌术后复发转移风险评估。单核苷酸多态性（single-nucleotidepolymorphisms,SNP）指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的80%以上。随着全基因组技术的不断发展，对包括癌症在内的与疾病结果相关的单核苷酸多态性的研究越来越深入[9-12]。专利CN201680059656.8、CN201710872332.2和CN200680040739.9与肾癌预后相关的分子标志物（包括miRNA、lncRNA及蛋白等），但都是通过单个分子标记物进行检测。目前,还未见有基于利用单核苷酸多态性变异位点分类器对局限性肾癌患者进行术后复发转移风险预测的报道。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是克服单核苷酸多态性变异位点分子标记物在肾癌术后复发转移风险预测方面存在的缺陷和不足,提供一组用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点的分子标记物rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520，通过综合分析上述六个单核苷酸多态性变异位点在局限性肾癌患者组织中基因型表达状态,通过建立预后模型,达到预测患者术后复发转移风险的目的。本专利技术的目的是提供一种用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点的分子标记物。本专利技术的另一个目的是提供所述单核苷酸多态性变异位点的分子标记物的应用。本专利技术的上述目的是通过以下技术方案给予实现的:一组用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点的分子标记物,包括rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520。本专利技术还请求保护上述单核苷酸多态性变异位点分子标记物在制备预测肾癌术后复发转移风险的试剂盒或构建预测肾癌术后复发转移风险的模型中的应用。一种用于检测权利要求1所述单核苷酸多态性变异位点分子标记物的飞行时间质谱技术扩增及延伸引物组,其特征在于,包括分别检测rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520位点基因型状态的扩增引物及延伸引物,其序列依次如表1所示。本专利技术还提供一种用于预测肾癌术后复发转移风险的模型，其特征在于，所述模型为通过检测rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520的基因型状态来计算局限性肾癌组织样本的预后评分指数,预后评分指数=(0.1186×rs4479520)–(0.0074×rs4718593)+(0.0072×rs9618567)+(0.0633×rs7934644)–(0.2123×rs7739947)–(0.1466×rs17050001)–0.1650。本专利技术还提供一种用于预测肾癌术后复发转移风险的试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的飞行时间质谱技术扩增及延伸引物组。本专利技术还提供利用上述试剂盒进行局限性肾癌术后复发转移风险的方法为:S1.提取局限性肾癌组织样品DNA；S2.利用上述引物组对S1的样本DNA进行飞行时间质谱技术检测,确定单核苷酸多态性变异位点基因型状态。S3.根据预后风险模型-预后评分指数预后评分指数=(0.1186×rs4479520)–(0.0074×rs4718593)+(0.0072×rs9618567)+(0.0633×rs7934644)–(0.2123×rs7739947)–(0.1466×rs17050001)–0.1650计算出局限性肾癌组织样本的预后评分指数,以预测肾癌术后复发转移风险。与现有技术相比,本专利技术具有以下有益效果:本专利技术公开了一组用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点分子标记物,所述位点包括rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520。通过检测上述六个单核苷酸多态性变异位点在局限性肾癌患者组织中的基因型状态，并通过相应的预测模型，达到预测患者术后复发转移风险的目的，提高了通过肾癌患者组织标本预测术后复发转移风险的准确性，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。附图说明图1为本发现实施例1中单核苷酸多态性变异位点的筛选及预后风险模型的建立过程的曼哈顿图及LASSOcox图。图2为本专利技术实施例1中利用所述6个单核苷酸多态性位点对训练组评估六SNP分类器预测准确度的风险评分图、基因型热图、ROC曲线和KM曲线图。图3为本专利技术实施例1中在内部测试组、独立验证组及TCGA组验证预后风险模型的风险评分图、基因型热图、ROC曲线和KM曲线图。图4为本专利技术实施例1中分层分析的KM曲线图。具体实施方式以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本专利技术，但实施例并不对本专利技术做任何形式的限定。除非特别说明，本专利技术采用的试剂、方法和设备为本
常规试剂、方法和设备。实施例1用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性位点及预后风险模型建立1、单核苷酸多态性变异位点的筛选及预后风险模型的建立(1)TCGA数据库中73例局限性肾癌术后复发转移定义为复发组，41例随访超过7年无复发的定义为无复发组。申请提取TCGA数据库肾癌患者单核苷酸多态性芯片（AffymetrixSNP6.0）数据。应用卡方检验方法统计复发组及无复发组之间单核苷酸多态性基因型状态差异。筛选出44个与肿瘤复发密切相关单核苷酸多态性位点(p<0.000本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点分子标记物,其特征在于，包括rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520。/n

【技术特征摘要】
1.一组用于预测肾癌术后复发转移风险的单核苷酸多态性变异位点分子标记物,其特征在于，包括rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520。


2.权利要求1所述的单核苷酸多态性变异位点分子标记物在制备预测肾癌术后复发转移风险的试剂盒或构建预测肾癌术后复发转移风险的模型中的应用。


3.一种用于检测权利要求1所述单核苷酸多态性变异位点分子标记物的飞行时间质谱技术引物组,其特征在于,包括分别检测rs4718593、rs7934644、rs17050001、rs9618567、rs7739947和rs4479520位点基因型状态的扩增引物及延伸引物，其序列依次如...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗俊航，韦锦焕，
申请(专利权)人：罗俊航，韦锦焕，
类型：发明
国别省市：广东;44