检测抗生素耐受性幽门螺旋杆菌的方法技术

本公开提供了用于确定样品中是否存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌的方法和材料。所述方法可以包括从样品中获得阈值水平的幽门螺旋杆菌DNA、扩增幽门螺旋杆菌DNA的区域以产生幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝、对幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝进行测序、将幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的序列与参考序列进行比较、鉴定幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝中存在的突变、和确定具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目，其中当具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目大于预定的量时，则样品中存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测抗生素耐受性幽门螺旋杆菌的方法
本公开总体上提供了用于检测抗生素耐受性幽门螺旋杆菌(Helicobacterpylori；H.pylori)的方法和材料。
技术介绍
幽门螺旋杆菌是全球最普遍的人类病原体之一，估计感染全球50％的人口。幽门螺旋杆菌主要存在于胃中，在慢性胃炎、消化性溃疡、与粘膜相关的淋巴样组织(MALT)淋巴瘤、胃癌(gastriccarcinoma)和胃癌(gastriccancer)的发病机理中起重要作用。幽门螺旋杆菌在与肠道疾病无关的发病机理中也起着重要作用，包括：免疫性血小板减少性紫癜、难治性铁缺乏症贫血和B12缺乏症。幽门螺旋杆菌感染或发病用抗生素治疗。实际上，用于治疗幽门螺旋杆菌感染或发病的前线治疗通常包括三种抗生素治疗，包括施用质子泵抑制剂(PPI)和另外两种抗生素，例如克拉霉素和甲硝唑或阿莫西林。但是，只有当被靶向的幽门螺旋杆菌对克拉霉素没有耐受性或对甲硝唑或青霉素类药物(如阿莫西林)没有耐受性时，此类治疗才有效。可以使用其他抗生素，但在每种情况下，至关重要的是要知道感染患者的幽门螺旋杆菌菌株是否对任何本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于确定样品中是否存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌(H.pylori)的方法，所述方法包括:/na)从样品中获得阈值水平的幽门螺旋杆菌DNA；/nb)扩增幽门螺旋杆菌DNA的区域以产生幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝；/nc)对幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝进行测序；/nd)将幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的序列与参考序列进行比较；/ne)鉴定幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝中存在的突变；和/nf)确定具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目，/n其中当具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目大于预定的量时，则所述样品中存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171116 US 62/587,0971.一种用于确定样品中是否存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌(H.pylori)的方法，所述方法包括:
a)从样品中获得阈值水平的幽门螺旋杆菌DNA；
b)扩增幽门螺旋杆菌DNA的区域以产生幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝；
c)对幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝进行测序；
d)将幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的序列与参考序列进行比较；
e)鉴定幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝中存在的突变；和
f)确定具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目，
其中当具有突变的幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝的数目大于预定的量时，则所述样品中存在抗生素耐受性幽门螺旋杆菌。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品是排泄物样品。


3.根据权利要求2所述的方法，其中所述排泄物样品通过以下方法获得，所述方法包括：
a)将所述排泄物样品的第一部分暴露于抗幽门螺旋杆菌抗体；
b)从所述排泄物样品的第一部分中的排泄物材料中分离结合抗幽门螺旋杆菌抗体的幽门螺旋杆菌；
c)从分离自第一排泄物材料的幽门螺旋杆菌中提取幽门螺旋杆菌DNA；
d)将排泄物样品的第二部分暴露于结合幽门螺旋杆菌DNA的DNA探针；
e)从排泄物样品的第二部分中提取幽门螺旋杆菌DNA；和
f)合并从排泄物样品的第一部分获得的幽门螺旋杆菌DNA和从排泄物样品的第二部分获得的幽门螺旋杆菌DNA。


4.根据权利要求1所述的方法，其中通过下一代测序检测幽门螺旋杆菌DNA区域的多个拷贝中的突变。


5.根据权利要求1所述的方法，进一步包括提供扩增的幽门螺旋杆菌DNA区域的一个或多个参考序列的步骤。


6.根据权利要求1所述的方法，其中扩增和测序幽门螺旋杆菌DNA的一个或多个区域的步骤包括：
a)鉴定适于产生扩增子的PCR引物对，所述扩增子包含幽门螺旋杆菌DNA的一个或多个区域；
b)将包含一个或多个引物的PCR引物对分隔到单独的PCR引物对池中，所述引物对干扰另一PCR引物对产生扩增子，其中每个单独的PCR引物对池包含多个PCR引物对；
c)从每个单独的PCR引物对池和幽门螺旋杆菌DNA中产生扩增子；和
d)将从每个单独的PCR引物对池和幽门螺旋杆菌DNA中产生的所有扩增子组合到样品扩增子池中，向该样品扩增子池中的扩增子添加独特的索引序列，以产生索引样品扩增子池，任选地进一步将所述索引样品扩增子池与来自不同样品的一个或多个差异索引样品扩增子池进行组合，以及同时对所有索引样品扩增子进行测序。


7.根据权利要求6所述的方法，其进一步包括通过参照相应的野生型基因序列从样品中鉴定索引序列扩增子中突变的步骤。


8.根据权利要求1所述的方法，其中所述幽门螺旋杆菌DNA区域是选自以下的一个或多个幽门螺旋杆菌基因：23SrRNA、gyrA、rdxA、frxA、pbp1、16SrRNA和rpoB。
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【专利技术属性】
技术研发人员：H·张，Y·周，R·卡库图鲁，
申请(专利权)人：美国分子实验室公司，
类型：发明
国别省市：美国;US