用于检测粪便样品中的幽门螺杆菌水平的方法技术

本公开提供了用于检测样品中的幽门螺杆菌水平的方法和材料。菌水平的方法和材料。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测粪便样品中的幽门螺杆菌水平的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2019年5月23日提交的美国专利申请第62/852,016号的权益和优先权，所述美国专利申请以全文引用的方式并入本文中。


[0003]本公开总体上涉及用于检测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori，H.pylori)的方法和材料。
[0004]序列表
[0005]本申请包含已经以ASCII格式电子提交的序列表，并且特此以全文引用的方式并入。创建于2020年5月26日的所述ASCII副本命名为“116110
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5004
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WO_ST25_Sequence_Listing”，并且大小为4千字节。

技术介绍

[0006]幽门螺杆菌是全球最普遍的人类病原体之一，估计世界上50％的人口受到感染。幽门螺杆菌主要存在于胃中，并且在慢性胃炎、消化性溃疡、粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤、胃癌(gastric carcinoma和gastric cancer)的发病机理中起重要作用。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种确定粪便样品中的幽门螺杆菌(H.pylori)水平的方法，所述方法包括：从受试者获得所述粪便样品；从所述粪便样品中提取幽门螺杆菌DNA和拟杆菌属(Bacteroides)DNA；扩增一个或多个幽门螺杆菌DNA片段和一个或多个拟杆菌属DNA片段；检测所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的量和所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的量；将所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的所述量与所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的所述量进行比较，以确定所述粪便样品中的所述幽门螺杆菌水平。2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括确定所述粪便样品是否呈幽门螺杆菌阳性、幽门螺杆菌弱阳性或幽门螺杆菌阴性。3.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括如果检测到所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的约5个或更多个拷贝的阈值水平，并且检测到所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的约100个拷贝的水平，则确定所述粪便样品呈幽门螺杆菌阳性。4.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括如果检测到所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的2
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5个拷贝的阈值水平，并且检测到所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的约100个拷贝的水平，则确定所述粪便样品呈幽门螺杆菌弱阳性。5.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括如果检测到所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的少于2个拷贝的阈值水平，并且检测到所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的约100个拷贝的水平，则确定所述粪便样品呈幽门螺杆菌阴性。6.根据权利要求1所述的方法，其中通过定量PCR扩增所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段和所述一个或多个拟杆菌属DNA片段，并且其中在定量PCR反应期间，使用探针序列检测所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的所述量和所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的所述量。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述定量PCR是多重的。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段是保守的DNA片段。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段包括幽门螺杆菌23S rRNA基因、幽门螺杆菌16S rRNA基因或幽门螺杆菌脲酶A基因。10.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括扩增幽门螺杆菌23S rRNA基因、幽门螺杆菌16S rRNA基因和幽门螺杆菌脲酶A基因中的每一个。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述拟杆菌属DNA片段包括来自脆弱拟杆菌、产黑色素拟杆菌、口腔拟杆菌或其组合的DNA片段中的一个或多个DNA片段。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个拟杆菌属DNA片段来自存在于人中的拟杆菌属物种，而不管其年龄和病状如何。13.根据权利要求1所述的方法，其中通过定量PCR扩增所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段和所述一个或多个拟杆菌属DNA片段包括：选择用于产生包括所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的扩增子的PCR引物对；选择用于产生包括所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的扩增子的PCR引物对；以及将包括对另一个PCR引物对的扩增子产生有干扰的一个或多个引物的PCR引物对分离
到分开的PCR引物对池中，其中所述分开的PCR引物对池中的每一个含有多个PCR引物对。14.根据权利要求1所述的方法，其中通过定量PCR扩增所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段进一步包括：选自以下的一个或多个PCR引物对：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8，和选自以下的一个或多个探针序列：SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:9。15.根据权利要求1所述的方法，其中通过定量PCR扩增所述一个或多个拟杆菌属DNA片段进一步包括：包含SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11的一个或多个PCR引物对，和包含SEQ ID NO:12的一个或多个探针序列。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述粪便样品介于约0.5克与约1.0克之间。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA提取包括在裂解缓冲液中对所述粪便样品进行珠粒均质化，其中所述裂解缓冲液包括能够破坏细菌细胞壁、消化蛋白质、使蛋白质变性、使脂肪分散、使多糖沉淀或其组合的成分。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述DNA提取包括：将均质化的裂解的粪便样品上样到包括过滤器和二氧化硅膜的过滤柱上，其中所述过滤柱容纳在具有封闭底部和开放顶部的用于收纳所述过滤柱的收集小瓶内；迫使所述均质化的裂解的粪便样品中的可溶内含物通过所述二氧化硅膜；以及从所述二氧化硅膜上洗脱所述DNA。19.一种用于确...

【专利技术属性】
技术研发人员：Y，
申请(专利权)人：美国分子实验室公司，
类型：发明
国别省市：