基于捕获测序的大片段重排检测的捕获探针、试剂盒和检测方法技术

本发明专利技术公开了一种基于捕获测序的大片段重排(LGR)检测方法。本发明专利技术的捕获探针包括外显子探针和单核苷酸多态性位点(SNP)探针。外显子探针包括针对基因每一个外显子及外显子两端60bp区域的至少3个探针，能够对外显子及两端60bp区域2X全覆盖。SNP探针包括针对基因内含子区域以及基因的上下游各5000bp范围内人群发生频率介于30％‑70％的SNP位点。同时，本发明专利技术还提供一种由序列深度算法模块、等位基因不平衡算法模块和非一致序列算法模块整合而成的算法，用于对NGS测序数据进行大片段重排的分析。本发明专利技术能够有效检测LGR，降低对核酸样本的纯度要求、减少单碱基变异引起的假阳性，对外显子扩增也具有较强的检测性能。

【技术实现步骤摘要】
基于捕获测序的大片段重排检测的捕获探针、试剂盒和检测方法
本专利技术涉及一种基于捕获测序的大片段重排检测的捕获探针、试剂盒和检测方法。
技术介绍
大片段重排(largegenomicrearrangement,LGR)，是指基因组中出现的大片段DNA断裂重组现象，会导致重排区域基因的功能变化，包括外显子的缺失(deletion)和扩增(duplication)。LGR是一类重要的致病性突变，其准确检测对于临床实践至关重要。目前在临床实践中，多重连接依赖探针扩增技术(multipleligation-dependentprobeamplification,MLPA)是应用最广泛的检测BRCA1/2大片段基因组重排的方法。MLPA有三个主要弊端：1.对于核酸样本的纯度要求较高：酒精，金属离子，苯酚和Trizol都会影响MLPA的检测性能；2.当探针结合位点DNA序列发生单碱基变异(SNV)时，容易产生假阳性。因此临床上检测到单外显子缺失(Exondeletion)，需要进一步确认是否是由SNV引起的假阳性；3.MLPA对duplic本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组捕获探针，适用于大片段重排检测，其特征在于，包括针对基因每一个外显子及所述外显子两端60bp区域的探针，和针对单核苷酸多态性(SNP)位点的探针。/n

【技术特征摘要】
1.一组捕获探针，适用于大片段重排检测，其特征在于，包括针对基因每一个外显子及所述外显子两端60bp区域的探针，和针对单核苷酸多态性(SNP)位点的探针。


2.如权利要求1所述的捕获探针，其特征在于，所述捕获探针能够对每一个外显子及外显子两端60bp区域2X全覆盖，所述外显子及其两端60bp的区域至少有3条不同探针覆盖。


3.如权利要求1所述的捕获探针，其特征在于，所述SNP位点为基因内含子区域以及基因的上下游各5000bp范围内的SNP位点。


4.如权利要求3所述的捕获探针，其特征在于，所述SNP位点的人群发生频率介于30％-70％。


5.如权利要求1-4任一项所述的捕获探针，其特征在于，所述基因为BRCA1/2。


6.如权利要求5所述的捕获探针，其特征在于，其中所述捕获探针为SEQIDNO:1～584所示的探针的混合物。


7.一种基于下一代测序平台检测大片段重排的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1-6中任意一项所述的捕获探针。


8.一种权利要求1-6中任一项所述捕获探针在制备按照如下方法检测大片段重排的试剂盒中...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨波，黄克非，刘艳波，
申请(专利权)人：上海思路迪医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31