【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测C1orf43核酸的组合物和方法本公开涉及可用于检测C1orf43核酸的寡聚物、组合物、试剂盒和方法。序列表本申请与电子格式的序列表一同提交。序列表以创建于2018年11月2日的标题为“2018-11-02_01159-0030-00PCT_Seq_List_ST25.txt”的文件的形式提供，文件大小为24,734字节。电子格式的序列表中的信息通过引用整体并入本文。
技术实现思路
基于核酸的测试是用于检测病理或病理前状态(诸如感染、遗传异常和异常表达)的日益重要的方法。许多测试使用一种或多种目标核酸的扩增作为主要机制，其中扩增产物(“扩增子”)的存在与否指示给定状态的存在与否。这样的测试的准确性可能取决于可靠的对照，特别是在没有观察到目标产物的情况下。可靠的对照可以确立直到且包括扩增和检测步骤的步骤都没有错误地被执行，减少了假阴性结果的可能性。理想地，对照将验证给定过程中尽可能多的步骤。例如，对照扩增子的检测通常表明至少扩增和检测步骤没有错误地被执行，并且用于扩增和检测的试剂没有受到损害。当从样品本身获得用于对照扩增子的模板核酸时，对照扩增子的存在进一步表明样品收集和分离没有错误地被执行。还希望对照可以广泛适用，以降低识别和验证针对单个测试的不同对照的需求。例如，广泛适用的对照可以使用模板核酸，模板核酸以足够的量存在于许多细胞类型中，且基因型或表达水平几乎没有变化。此外，希望用于扩增对照的试剂以良好的敏感性和特异性鲁棒地执行，从而可以有把握地解释对照扩增子的存在与否。如本文所述，已...
【技术保护点】
1.一种包含至少第一和第二扩增寡聚物的寡聚物的组合，其中所述第一和第二扩增寡聚物分别是反向和正向扩增寡聚物；每个包含至少10个核苷酸；并被配置为分别与SEQ IDNO:39的序列中的第一和第二位点特异性杂交并从其产生扩增子。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171117 US 62/588,1301.一种包含至少第一和第二扩增寡聚物的寡聚物的组合，其中所述第一和第二扩增寡聚物分别是反向和正向扩增寡聚物；每个包含至少10个核苷酸；并被配置为分别与SEQIDNO:39的序列中的第一和第二位点特异性杂交并从其产生扩增子。
2.一种检测样品中C1orf43核酸的存在与否的方法，其包含：
使所述样品与包含至少第一和第二扩增寡聚物的寡聚物的组合接触，
执行在C1orf43核酸的存在下产生至少第一扩增子的核酸扩增反应，
以及检测所述第一扩增子的存在与否，
其中：
所述第一扩增子通过在所述C1orf43核酸的存在下所述第一和第二扩增寡聚物的延伸而产生；并且其中所述第一和第二扩增寡聚物分别是反向和正向扩增寡聚物；每个包含至少10个核苷酸；并被配置为分别与SEQIDNO:39的序列中的第一和第二位点特异性杂交。
3.权利要求1所述的组合或权利要求2所述的方法，其中至少一种所述扩增寡聚物是启动子-引物。
4.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物是启动子-引物。
5.权利要求3-4中任一项所述的组合或方法，其中所述启动子-引物包含位于目标杂交序列的5'的T7启动子。
6.权利要求5所述的组合或方法，其中所述T7启动子包含SEQIDNO:58的序列。
7.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物配置为产生包含SEQIDNO:40的序列的至少30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140或144个核苷酸的扩增子。
8.权利要求7所述的组合或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物配置为产生包含SEQIDNO:41的序列的扩增子。
9.权利要求7所述的组合或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物配置为产生包含SEQIDNO:42的序列的扩增子。
10.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物配置为与SEQIDNO:52的互补序列中的第一位点特异性杂交。
11.权利要求10所述的组合或方法，其中所述第一位点包含SEQIDNO:53的序列。
12.权利要求10所述的组合或方法，其中所述第一位点包含SEQIDNO:54的序列。
13.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:27的序列，任选地具有至多两个错配。
14.权利要求1-12中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:29的序列，任选地具有至多两个错配。
15.权利要求1-12中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:31的序列，任选地具有至多两个错配。
16.权利要求1-12中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:33的序列，任选地具有至多两个错配。
17.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:27、29、31或33的序列。
18.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含SEQIDNO:26、28、30或32的序列。
19.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物配置为与SEQIDNO:46的互补序列中的第二位点特异性杂交。
20.权利要求19所述的组合或方法，其中所述第二位点包含SEQIDNO:47的序列。
21.权利要求19所述的组合或方法，其中所述第二位点包含SEQIDNO:48的序列。
22.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:34的序列，任选地具有至多两个错配。
23.权利要求1-21中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:35的序列，任选地具有至多两个错配。
24.权利要求1-21中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:36的序列，任选地具有至多两个错配。
25.权利要求1-21中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:37的序列，任选地具有至多两个错配。
26.权利要求1-21中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:38的序列，任选地具有至多两个错配。
27.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:34、35、36、37或38的序列。
28.前述权利要求中任一项所述的组合或方法，其中所述组合还包含至少一种探针寡聚物，所述探针寡聚物包含至少10个核苷酸并且配置为与由所述第一和第二扩增寡聚物产生的扩增子特异性杂交。
29.权利要求28所述的组合或方法，其中所述探针寡聚物配置为与具有SEQIDNO:43的序列的核酸中的检测位点特异性杂交。
30.一种探针寡聚物，其包含至少10个核苷酸并且配置为与具有SEQIDNO:43的序列的核酸中的检测位点特异性杂交。
31.权利要求28-30中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物配置为与SEQIDNO:44的序列中的检测位点特异性杂交。
32.权利要求28-30中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物配置为与具有SEQIDNO:45的序列的核酸中的检测位点特异性杂交。
33.权利要求28-30中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物配置为与具有SEQIDNO:49的序列的核酸中的检测位点特异性杂交。
34.权利要求33所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:50的序列。
35.权利要求33所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:51的序列。
36.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:15的序列，具有至多两个错配。
37.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:17的序列，具有至多两个错配。
38.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:19的序列，具有至多两个错配。
39.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:21的序列，具有至多两个错配。
40.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:23的序列，具有至多两个错配。
41.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含EQIDNO:25的序列，具有至多两个错配。
42.权利要求28-41中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:15、17、19、21、23或25的序列。
43.权利要求28-41中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含SEQIDNO:14、16、18、20、22或24的序列。
44.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:59的序列，具有至多两个错配。
45.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:60的序列，具有至多两个错配。
46.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:64的序列，具有至多两个错配。
47.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:66的序列，具有至多两个错配。
48.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:67的序列，具有至多两个错配。
49.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:68的序列，具有至多两个错配。
50.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:69的序列，具有至多两个错配。
51.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:70的序列，具有至多两个错配。
52.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:71的序列，具有至多两个错配。
53.权利要求28-35中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:72的序列，具有至多两个错配。
54.一种包含目标杂交序列的探针寡聚物，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:61、62、63或65中任一个的序列，具有至多两个错配。
55.权利要求28或54中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:61的序列，具有至多两个错配。
56.权利要求28或54中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:62的序列，具有至多两个错配。
57.权利要求28或54中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:63的序列，具有至多两个错配。
58.权利要求28或54中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:65的序列，具有至多两个错配。
59.权利要求28-35或44-58中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含目标杂交序列，所述目标杂交序列包含SEQIDNO:59-72中任一个的序列。
60.权利要求28-59中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物在其骨架中包含2’-O-甲基-核糖。
61.权利要求60所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物中的至少一半、至少90％或所有糖为2’-O-甲基-核糖。
62.权利要求1-27中任一项所述的组合或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物中的一个或多个包含非核苷酸可检测标记。
63.权利要求28-61中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中至少一种探针寡聚物包含非核苷酸可检测标记。
64.权利要求62-63中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述非核苷酸可检测标记是荧光标记。
65.权利要求63或64所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述探针寡聚物包含猝灭剂。
66.权利要求65所述的组合、方法或探针寡聚物，其中所述非核苷酸可检测标记是荧光标记，并且当所述探针是游离的时比当所述探针退火成目标核苷酸时所述猝灭剂在更大程度上吸收荧光。
67.权利要求64-66中任一项所述的组合、方法或探针寡聚物，...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·M·米克，P·M·达尔比，J·A·杰克逊，D·K·哥米妮，
申请(专利权)人：简·探针公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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