计算肿瘤空间和标记间异质性的方法技术

本公开文本主要涉及用于确定全玻片图像中所识别的不同细胞簇之间的一系列生物标记的导出的表达得分之间的差异性的自动化系统和方法。在一些实施方案中，导出的表达得分之间的差异性可以是导出的标记间异质性度量。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】计算肿瘤空间和标记间异质性的方法
技术介绍
数字病理学涉及将整个组织病理学或细胞病理学玻片扫描成可在计算机屏幕上解释的数字图像。这些图像随后将由成像算法处理或由病理学家解释。为了检查组织切片(实际上是透明的)，使用选择性结合细胞成分的有色组织化学染色剂制备组织切片。临床医生或计算机辅助诊断(CAD)算法使用颜色增强或染色的细胞结构来识别疾病的形态学标记，并相应地进行治疗。观察该测定可以实现多种过程，包括疾病诊断、对治疗反应的评估、以及研发抗击疾病的新药物。免疫组织化学(IHC)玻片染色可以用于识别组织切片的细胞中的蛋白质，并且因此广泛地用于对诸如生物组织中的癌性细胞和免疫细胞等不同类型的细胞的研究中。因此，可以在研究中使用IHC染色以理解癌组织中免疫细胞(诸如，T细胞或B细胞)的差异表达的生物标记的分布和位置以用于免疫应答研究。例如，肿瘤经常包含免疫细胞的浸润液，该浸润液可以防止肿瘤的发展或有利于肿瘤的向外生长。原位杂交(ISH)可用于寻找遗传异常或病状的存在，例如在显微镜下观察时在形态学上表现为恶性的细胞中特异性地致癌基因扩增。原位杂交(ISH)使用与靶基本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种计算具有多种染色剂的生物样品的标记间异质性得分的方法，所述方法包括：/n(i)从具有第一染色剂的第一图像中提取特征，所提取的特征用于对所述第一图像内的细胞进行分类；/n(ii)基于所述细胞分类识别所述第一图像内的一个或多个细胞簇，所述细胞簇通过使用图论法来识别；/n(iii)将所述第一图像和至少一个附加图像配准到公共坐标系，使得所述第一图像中的所识别的一个或多个簇被映射到所述至少一个附加图像以提供映射簇，其中所述至少一个附加图像包括不同的染色剂；/n(iv)对所述至少一个附加图像中的细胞进行检测和分类；/n(v)导出所述第一图像中的每个簇中以及所述至少一个附加图像中的每个映射簇中每种染...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171205 US 62/594,7831.一种计算具有多种染色剂的生物样品的标记间异质性得分的方法，所述方法包括：
(i)从具有第一染色剂的第一图像中提取特征，所提取的特征用于对所述第一图像内的细胞进行分类；
(ii)基于所述细胞分类识别所述第一图像内的一个或多个细胞簇，所述细胞簇通过使用图论法来识别；
(iii)将所述第一图像和至少一个附加图像配准到公共坐标系，使得所述第一图像中的所识别的一个或多个簇被映射到所述至少一个附加图像以提供映射簇，其中所述至少一个附加图像包括不同的染色剂；
(iv)对所述至少一个附加图像中的细胞进行检测和分类；
(v)导出所述第一图像中的每个簇中以及所述至少一个附加图像中的每个映射簇中每种染色剂的表达得分；以及
(vi)基于所导出的表达得分计算一个或多个标记间异质性得分。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述图论法包括：(i)构造空间邻接矩阵；以及(ii)使用社团网络算法识别相干的细胞簇。


3.根据权利要求1或2中的一项所述的方法，其中所述空间邻接矩阵的所述构造包括：(i)将每个细胞定义为图中的节点/顶点；(ii)识别彼此间隔开预定距离的细胞节点；(iii)将两个连接节点之间的链路定义为边；以及(iv)使用连接边信息为所有节点/顶点构建所述邻接矩阵。


4.根据权利要求3所述的方法，其中所述预定距离约50微米。


5.根据权利要求1至4中的一项所述的方法，其中相干的细胞簇的所述识别包括(i)计算细胞网络中所有现有边的介数；(ii)去除具有最高介数的边；(iii)重新计算受所述移除影响的所有边的介数；以及(iv)重复步骤(ii)和(iii)，直到没有边残留。

【专利技术属性】
技术研发人员：M·巴恩斯，S·楚卡，A·萨卡尔，
申请(专利权)人：文塔纳医疗系统公司，
类型：发明
国别省市：美国;US