通用早期癌症诊断制造技术

本发明专利技术公开了用于定量DNA甲基化的方法，其可用于筛查疾病(例如癌症)、诊断疾病(例如癌症类型)、监测疾病的进展、以及监测对治疗的反应。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通用早期癌症诊断相关申请本申请要求于2017年9月19日提交的美国临时申请No.62/560,660、于2017年5月26日提交的美国临时申请No.62/511,648和于2017年5月12日提交的美国临时申请No.62/505,647的权益。上述申请的全部示教通过引用并入本文。政府支持本专利技术是在国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的拨款No.CA193461、HG006193、GM099117和DA036898下由政府支持完成的。政府拥有本专利技术的某些权利。专利技术背景DNA甲基化在过去的二十年中已用于癌症检测，但是目前的方法依赖于特定基因或基因组套(genepanels)的平均甲基化，这对于无创癌症诊断既缺乏灵敏度也缺乏特异性。在哺乳动物中，规范的体细胞DNA甲基化全景是在胚体的特化上建立的，并随后在许多癌症类型中被破坏。然而，指导这种基因组尺度转化的潜在机制仍然难以捉摸，对于其系统性获取或潜在开发实用性尚无明确的模型。
技术实现思路
本文公开了用于定量DNA甲基化的方法本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测样品中的循环肿瘤DNA(ctDNA)的方法，所述方法包括：获得样品的甲基化序列，在所述甲基化序列上鉴定至少一个CpG岛(CGI)，计算所鉴定的CpG岛的一致甲基化读段的比例(PMR)，以及将所述PMR与正常组织或上胚层的对照本底进行比较，其中当所述样品的PMR大于所述对照本底时，则检测到所述样品中ctDNA的存在。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170512 US 62/505,647;20170526 US 62/511,648;20171.一种检测样品中的循环肿瘤DNA(ctDNA)的方法，所述方法包括：获得样品的甲基化序列，在所述甲基化序列上鉴定至少一个CpG岛(CGI)，计算所鉴定的CpG岛的一致甲基化读段的比例(PMR)，以及将所述PMR与正常组织或上胚层的对照本底进行比较，其中当所述样品的PMR大于所述对照本底时，则检测到所述样品中ctDNA的存在。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品选自血浆、尿液、大便、月经液或淋巴液。


3.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品包含无细胞的DNA。


4.根据权利要求1所述的方法，其中在所述样品中检测到0.01％至1％ctDNA。


5.根据权利要求1所述的方法，其中在所述样品中检测到0.01％ctDNA。


6.根据权利要求1所述的方法，其中以大于80％的灵敏度检测到所述样品中ctDNA的存在。


7.根据权利要求1所述的方法，其中以大于75％的特异性检测到所述样品中ctDNA的存在。


8.根据权利要求1所述的方法，其中以100％的灵敏度和95％的特异性检测到所述样品中ctDNA的存在。


9.根据权利要求1所述的方法，其中ctDNA的存在指示癌症的存在。


10.根据权利要求10所述的方法，其中所述样品从被诊断为癌症、患有癌症、有发生癌症的风险、或疑似患有癌症的个体获得。


11.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症选自膀胱尿路上皮癌、乳腺浸润癌、结肠腺癌、结直肠腺癌、食道癌、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、前列腺腺癌、胃和食道癌、甲状腺癌、子宫体内膜癌和慢性淋巴细胞性白血病。


12.根据权利要求1所述的方法，其中ctDNA的存在指示肿瘤的存在。


13.一种筛查癌症的方法，所述方法包括使用样品的一致甲基化读段的比例(PMR)来检测所述样品中的ctDNA，其中ctDNA的存在指示所述对象患有癌症。


14.一种治疗有癌症治疗需要的对象的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚历山大·迈斯纳，扎卡里·D·史密斯，弗兰齐斯卡·米绍尔，史建涛，
申请(专利权)人：哈佛学院校长同事会，丹娜法伯癌症研究所公司，
类型：发明
国别省市：美国;US