一种无创产前检测胎儿是否患有遗传疾病的方法技术

本公开涉及一种检测胎儿特异性DNA甲基化模式的试剂在制备用于检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂或试剂盒中的用途。本公开还涉及一种无创产前检测胎儿是否患有遗传疾病的方法，用于前述方法的检测试剂盒，相关检测方法以及检测系统，和检测系统对应的可读存储介质，以及检测设备。本公开提供的检测试剂盒，相关检测方法以及检测系统和检测系统对应的可读存储介质，以及检测设备能够更加准确、更加高效、更加简便的非侵入性诊断胎儿遗传疾病，特别是α‑地中海贫血。

A noninvasive prenatal test for fetal genetic disease

【技术实现步骤摘要】
一种无创产前检测胎儿是否患有遗传疾病的方法
本公开涉及可用于非侵入式产前诊断及筛查的一系列人类基因组位点上的甲基化修饰及其组合。更具体地，本公开涉及一系列具有胎盘组织特异性的人类基因组位点甲基化修饰组合，可用于胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的非侵入式产前诊断及筛查，例如可用于非入侵式诊断及筛查α地中海贫血病。本公开还涉及基于该系列基因组位点甲基化修饰进行α地中海贫血病非侵入式产前诊断及筛查的实验方法，以及相关的高通量测序试剂盒。
技术介绍
α-地中海贫血(α-Thalassaemia，简称α-地贫)是由于α-珠蛋白基因突变或缺失导致血红蛋白α肽链合成减少或抑制引起的遗传性贫血症。α-地贫多发生于热带和亚热带地区，例如东南亚、印度次大陆和中国南方。在世界范围内，α-地贫是最常见的单基因遗传疾病之一，α-地贫基因的携带率达5％。在中国大陆，α-地贫基因的携带率为7.88％，广西省高达14.13％。α-地贫的临床表现与α-珠蛋白基因数量直接相关，当α-珠蛋白基因全部缺失(--/--，重型α-地贫)时，患者在胎儿时期发病，表现为重度本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测胎儿特异性DNA甲基化模式的试剂在制备用于检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂或试剂盒中的用途，所述胎儿特异性DNA甲基化模式为DNA单分子甲基化状态；其中，所述DNA单分子甲基化状态的甲基化位点选自编码α-珠蛋白基因的区域；优选的，所述胎儿遗传疾病为α-地中海贫血。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测胎儿特异性DNA甲基化模式的试剂在制备用于检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂或试剂盒中的用途，所述胎儿特异性DNA甲基化模式为DNA单分子甲基化状态；其中，所述DNA单分子甲基化状态的甲基化位点选自编码α-珠蛋白基因的区域；优选的，所述胎儿遗传疾病为α-地中海贫血。


2.根据权利要求1所述的用途，其中，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体190000-250000碱基对之间的区域；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：202146,202148,202161,202170,202178,202310,202425,205180,205229,205234,205245,209848,209885,209922,209959,209990,209995,210027,210032,210063,210068,210210,210215,210247,210252,210278,210284,210289,210320,210357,210362,210393,210398,210575,210617,210648,210653,210690,210721,210726,210763,210800,210821,210832,210834,210837,210868,210873,210964,210974,213104,213116,213178,213185,213194,213200,216200,216231,216243,216483,216503,216505,221552,221560,221645,221665,221709,221740,221748,221767,221800,221810,229406,229454,229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合。


3.根据权利要求1所述的用途，其中，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499或上述碱基对的组合。


4.根据权利要求1所述的用途，其中，所述检测胎儿特异性DNA甲基化模式的试剂选自DNA甲基化状态显示剂和/或检测来自孕妇的生物样本中胎儿特异性甲基化模式DNA的存在的试剂；优选的，所述检测所述来自孕妇的生物样本中胎儿特异性甲基化模式DNA的存在的试剂选自富集特征游离DNA所需的试剂。


5.根据权利要求4所述的用途，其中，所述DNA甲基化状态显示剂选自识别甲基化DNA的抗体或结合蛋白、亚硫酸氢盐、具有DNA催化氧化作用的酶类、具有DNA脱氨基作用的酶类或甲基化敏感酶，或其组合；优选的，所述甲基化敏感酶选自甲基化敏感的限制性内切酶，更优选的，所述甲基化敏感的限制性内切酶选自HpaII或BstUI，或其组合。


6.根据权利要求4所述的用途，其中，所述富集特征游离DNA所需的试剂选自液相杂交探针捕获法所需的试剂、聚合酶链式反应扩增法所需的试剂、锚定核酸扩增法所需的试剂、用于边合成边测序检测的试剂，或用于单分子测序的试剂，或其组合。


7.根据权利要求4所述的试剂盒，其中，所述样本选自全血、外周血、血浆、血清、尿液、唾液、汗液，胎盘、胎盘绒毛、羊水或脐血，或其组合。


8.根据权利要求1所述的用途，其中，所述检测为产前检测；优选的，所述产前检测为无创产前检测。


9.一种试剂盒，其用于检测来自孕妇的生物样本中胎儿特异性DNA甲基化模式的存在或不存在，所述试剂盒包含：
(a)检测所述生物样本中胎儿特异性DNA甲基化模式的存在的试剂；
可选的，所述试剂盒还包含：
(b)DNA甲基化状态显示剂；
其中，当(a)中的试剂不依赖于(b)中DNA甲基化状态显示剂时，试剂盒中不包含(b)；
优选的，所述胎儿特异性DNA甲基化模式为胎儿特异性DNA单分子甲基化状态。


10.根据权利要求9所述的试剂盒，其用于检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度；优选的，所述遗传疾病为α-地中海贫血。


11.根据权利要求9所述的试剂盒，其中，所述胎儿特异性DNA单分子甲基化状态的甲基化位点选自编码α-珠蛋白基因的区域；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体190000-250000碱基对之间的区域；更优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：202146,202148,202161,202170,202178,202310,202425,205180,205229,205234,205245,209848,209885,209922,209959,209990,209995,210027,210032,210063,210068,210210,210215,210247,210252,210278,210284,210289,210320,210357,210362,210393,210398,210575,210617,210648,210653,210690,210721,210726,210763,210800,210821,210832,210834,210837,210868,210873,210964,210974,213104,213116,213178,213185,213194,213200,216200,216231,216243,216483,216503,216505,221552,221560,221645,221665,221709,221740,221748,221767,221800,221810,229406,229454,229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合。


12.根据权利要求9所述的试剂盒，其中，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499或上述碱基对的组合。


13.根据权利要求9所述的试剂盒，其中，所述样本选自全血、外周血、血浆、血清、尿液、唾液、汗液，胎盘、胎盘绒毛、羊水或脐血，或其组合。


14.根据权利要求9所述的试剂盒，其中，所述DNA甲基化状态显示剂选自识别甲基化DNA的抗体或结合蛋白、亚硫酸氢盐、具有DNA催化氧化作用的酶类、具有DNA脱氨基作用的酶类或甲基化敏感酶，或其组合；优选的，所述甲基化敏感酶选自甲基化敏感的限制性内切酶，更优选的，所述甲基化敏感的限制性内切酶选自HpaII或BstUI，或其组合。


15.根据权利要求9所述的试剂盒，其中，所述富集特征游离DNA所需的试剂选自液相杂交探针捕获法所需的试剂、聚合酶链式反应扩增法所需的试剂、锚定核酸扩增法所需的试剂、用于边合成边测序检测的试剂、或用于单分子测序的试剂，或其组合。


16.一种试剂盒，其用于检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度，所述试剂盒包含：
(a)检测所述生物样本中胎儿特异性DNA甲基化模式的存在的试剂；
可选的，所述试剂盒还包含：
(b)DNA甲基化状态显示剂；
其中，当(a)中的试剂不依赖于(b)中DNA甲基化状态显示剂时，试剂盒中不包含(b)；
优选的，所述胎儿特异性DNA甲基化模式为胎儿特异性DNA单分子甲基化状态。


17.根据权利要求16所述的试剂盒，其通过检测来自孕妇的生物样本中胎儿特异性DNA甲基化模式，进而检测胎儿是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度；优选的，所述遗传疾病为α-地中海贫血。


18.根据权利要求16所述的试剂盒，其中，所述单分子甲基化状态的甲基化位点选自编码α-珠蛋白基因的区域；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体190000-250000碱基对之间的区域；更优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：202146,202148,202161,202170,202178,202310,202425,205180,205229,205234,205245,209848,209885,209922,209959,209990,209995,210027,210032,210063,210068,210210,210215,210247,210252,210278,210284,210289,210320,210357,210362,210393,210398,210575,210617,210648,210653,210690,210721,210726,210763,210800,210821,210832,210834,210837,210868,210873,210964,210974,213104,213116,213178,213185,213194,213200,216200,216231,216243,216483,216503,216505,221552,221560,221645,221665,221709,221740,221748,221767,221800,221810,229406,229454,229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合。


19.根据权利要求16所述的试剂盒，其中，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499,229527,229535或上述碱基对中的任意两者或多于任意两者的碱基对的组合；优选的，所述编码α-珠蛋白基因的区域至少包含选自人类第16号染色体如下位置中的任意一个碱基对：229484,229499或上述碱基对的组合。


20.根据权利要求16所述的试剂盒，其中，所述样本选自全血、外周血、血浆、血清、尿液、唾液、汗液，胎盘、胎盘绒毛、羊水或脐血，或其组合。


21.根据权利要求16所述的试剂盒，其中，所述DNA甲基化状态显示剂选自识别甲基化DNA的抗体或结合蛋白、亚硫酸氢盐、具有DNA催化氧化作用的酶类、具有DNA脱氨基作用的酶类或甲基化敏感酶，或其组合；优选的，所述甲基化敏感酶选自甲基化敏感的限制性内切酶，更优选的，所述甲基化敏感的限制性内切酶选自HpaII或BstUI，或其组合。


22.根据权利要求16所述的试剂盒，其中，所述富集特征游离DNA所需的试剂选自液相杂交探针捕获法所需的试剂、...

【专利技术属性】
技术研发人员：张翼，刘九思，常璐媛，
申请(专利权)人：贵阳优乐复生医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：贵州;52