一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法技术

本发明专利技术公开了一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法，包括cfDNA提取、靶向捕获建库及测序；测序数据质控；测序数据双端矫正步骤，本发明专利技术采用双端测序方法，从正反两个方向对同一个DNA片段的两端同时进行测序，本发明专利技术对ctDNA高通量测序数据进行序列重叠区域碱基矫正，可以根据双端测序的重叠区域序列具有一致的特性来降低测序的错误率，有效提高ctDNA基因突变检测和分析的准确性，尤其是低丰度基因突变检测的准确性，降低假阳性率，提高ctDNA检测在临床治疗中的应用价值。

A method of double terminal correction for DNA sequencing data of circulating tumor

【技术实现步骤摘要】
一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法
本专利技术属于生物
，具体地说，涉及一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法。
技术介绍
近年来，肿瘤发病率和死亡率持续升高，且呈年轻化趋势，已成为严重威胁生命健康和引发高额社会负担的重要因素之一。中国肿瘤患者的5年生存率为40％左右，远远落后于发达国家的60％，可见中国肿瘤防治形势非常严峻，急需有效的方法提高癌症的防控、诊疗和治疗效率，提高患者生存率。已有研究表明，基因突变在肿瘤细胞生长和进展的调节中发挥重要作用。由于肿瘤的异质性和复杂的基因突变，传统的检测手段无法精确的检测癌症相关的基因突变。随着高通量测序技术和计算机技术的飞速发展，采用高通量测序技术，并结合优化的DNA分离提取技术、靶向捕获目标模板技术和生物信息分析技术，可实现对超低突变的准确检测和分析，为肿瘤精准医疗的临床广泛应用提供基础。循环肿瘤DNA(circulatingtumor，ctDNA)是一类来源于肿瘤细胞的DNA小片段，长度在170bp左右，由肿瘤细胞释放到外周血循环后发生裂解形成内源性单链或者双链本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法，其特征在于，包括如下步骤：/n1)cfDNA提取、靶向捕获建库及测序：/n使用磁珠法提取样本血浆中的cfDNA用于样本文库构建；在cfDNA分子两端加上测序接头，测序接头含有8bp的标签序列用于下机数据拆分，使用液相分子探针进行杂交捕获，捕获目标DNA片段，完成文库构建；利用高通量测序仪对构建好的文库进行测序，测序读长为150bp；/n2)测序数据质控：/n根据标签序列的不同将步骤1)测序后的不同样本的测序数据进行拆分，对拆分后的测序数据进行质控；/n3)测序数据双端矫正：/n对步骤2)质控合格样本进行双端数据矫正，具体方法如下；/na)将R2...

【技术特征摘要】
1.一种用于循环肿瘤DNA测序数据双端矫正的方法，其特征在于，包括如下步骤：
1)cfDNA提取、靶向捕获建库及测序：
使用磁珠法提取样本血浆中的cfDNA用于样本文库构建；在cfDNA分子两端加上测序接头，测序接头含有8bp的标签序列用于下机数据拆分，使用液相分子探针进行杂交捕获，捕获目标DNA片段，完成文库构建；利用高通量测序仪对构建好的文库进行测序，测序读长为150bp；
2)测序数据质控：
根据标签序列的不同将步骤1)测序后的不同样本的测序数据进行拆分，对拆分后的测序数据进行质控；
3)测序数据双端矫正：
对步骤2)质控合格样本进行双端数据矫正，具体方法如下；
a)将R2序列进行反向互补转换，用Kmer查找R1、R2相同起始位置，并判断是否存在overlap；所述的R2为反向测序序列，所述的Kmer为将测序序列逐bp的打断成长度为K的核苷酸片段，所述的R1为正向测序序列，所述的overlap为序列重叠区域；
b)如果存在overlap，判断最左端和最右端overlap位置即第一个相同Kmer和最后一个相同Kmer位置；
c)判断R1和R2的overlap长度是否一致，如果不一致两条片段都舍弃；
d)判断overlap长度，设定阈值为40bp，如果overlap长度小于阈值，不进行矫正；
e)对overlap区域错误碱基进行矫正，如果同一个片段overlap矫正数量大于5，舍弃该片段测序序列；
4)使用序列比对软件对步骤3)得到矫正后的测序数据与标准人类基因组进行序列比对，生成比对结果文件；
5)使用突变检测软件对步骤4)得到的结果文件进行基因突变检测分析；
6)使用注释软件对步骤5)的基因突变结果进行功能注释。


2.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：王军一，肖雯，叶可勇，闫楠，刘杰，
申请(专利权)人：杭州和壹基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33