猪成年体重相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术提出了与猪成年体重相关的SNP标记，所述SNP标记选自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基G或A。由此，能够准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点，为猪成年体重相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。

SNP markers related to adult pig weight and their application

【技术实现步骤摘要】
猪成年体重相关的SNP标记及其应用
本专利技术涉及SNP标记及其应用。具体地，本专利技术涉及猪成年体重相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
家猪作为人类最早驯化的动物之一，是全球最大的肉类食品来源之一。我国作为猪肉的生产消费大国，随着人民生活水平的提高，对猪肉的需求量也日益增长，猪肉的产量也位居各个家畜之首。因此进行猪的遗传改良，提高生猪养殖效率是目前育种工作的一项刻不容缓的重大任务。在猪生产中，猪的成年体重是非常重要的经济性状，直接影响生猪养殖的经济效益，也是育种工作者最关心的性状。其中，生长速度、饲料转化效率、采食量和活体背膘厚这四个衡量标准对猪的成年体重也有重要影响。全基因组关联分析的概念是Risch在1996年首次提出的，他曾发现在复杂性状的遗传学研究中关联分析比连锁分析的效果更好、统计效力更高，于是提出全基因组关联分析的概念。全基因组关联分析是指在全基因组范围内寻找与目标性状显著相关的遗传变异。全基因关联分析的原理是连锁不平衡，即在全基因组范围内总会存在一个SNP与引起性状的致因突变存在连锁不平衡，通过检测该SNP就可以缩小或识别出影响性状的基因组位置。然而，目前针对猪成年体重的SNP标记仍有待研究。
技术实现思路
本专利技术旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此，本专利技术提出了与猪成年体重相关的SNP标记及其应用、预测猪成年体重的方法和系统以及猪选育系统。由此，能够准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点，为猪成年体重相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。其中，需要说明的是，SNP(singlenucleotidepolymorphism,SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。在本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一种与猪成年体重相关的SNP标记。根据本专利技术的实施例，所述SNP标记选自SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基G或A。申请人通过整合NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的包含404头猪的重测序数据，并将猪重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1Sscrofa11.1)上，获得SNP分型数据，再以成年体重作为表型，将其与基因型关联，具体参见图1。最终发现，rs332623095(参阅Ensembl)与猪成年体重具有显著相关性，其R为G或A的等位基因突变，产生了核苷酸多态性，当基因型为GG时，猪拥有较高的成年体重，例如成年体重大于200kg。该SNP位点上下游各50bp的核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1所示。由此，可以在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的成年体重，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。并且，能够根据实际育种需求对猪育种进行早期选择(例如选择成年体重较高的个体)，进一步有效提高育种的效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出猪优良品种。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。CTATGAAACATCTCTGGGATTTCGGATGACATCATCTTTCTACAGGAAGGRTTTGATTGCTTTGTGTCAGGCAATGGGAAGGGAGAGGGCATGAATTGATC(SEQIDNO：1)根据本专利技术的实施例，上述与猪成年体重相关的SNP标记还可以具有下列附加技术特征：根据本专利技术的实施例，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG的猪成年体重大于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA的猪成年体重。由此，进一步准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种。根据本专利技术的实施例，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG是所述猪成年体重大于200kg的指示，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA是所述猪成年体重不大于200kg的指示。由此，进一步准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种。在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了前面所述与猪成年体重相关的SNP标记在预测猪成年体重中的应用。由此，可以预测与猪成年体重相关性状，准确、高效地选育出猪优良品种。此外，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。需要说明的是，前面与猪成年体重相关的SNP标记所描述的特征和优点，同样适用于该应用，在此不再赘述。在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了一种预测猪成年体重的方法。根据本专利技术的实施例，所述方法包括：通过对待测猪进行前面所述的SNP标记的检测，预测所述待测猪的成年体重。如前所述，SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位碱基处的R为G或A的等位基因突变，产生了核苷酸多态性，该分子标记可以作为预测与猪成年体重性状相关的分子标记，第51位的基因型为GG时，则有利于猪拥有较高的成年体重，例如成年体重大于200kg。由此，可以在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的成年体重，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。并且，能够根据实际育种需求对猪育种进行早期选择(例如选择成年体重较高的个体)，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出猪优良品种。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。根据本专利技术的实施例，所述方法包括：提取所述待测猪的基因组DNA；将所述待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行测序，并基于测序结果确定所述猪成年体重；其中，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG的猪成年体重大于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA的猪成年体重。由此，能够准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种。根据本专利技术的实施例，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG是所述猪成年体重大于200kg的指示；所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA是所述猪成年体重不大于200kg的指示。由此，能够准确、高效地选育出成年体重较重的优良猪品种。需要说明的是，前面与猪成年体重相关的SNP标记所描述的特征和优点，同样本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪成年体重相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基G或A。/n

【技术特征摘要】
1.一种与猪成年体重相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基G或A。


2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG的猪成年体重大于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA的猪成年体重。


3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG是所述猪成年体重大于200kg的指示，
所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA是所述猪成年体重不大于200kg的指示。


4.权利要求1～3任一项所述与猪成年体重相关的SNP标记在预测猪成年体重中的应用。


5.一种预测猪成年体重的方法，其特征在于，包括：通过对待测猪进行权利要求1～3任一项所述的SNP标记的检测，预测所述待测猪的成年体重。


6.根据权利要求5所述方法，其特征在于，包括：
提取所述待测猪的基因组DNA；
将所述待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；
对所述PCR扩增产物进行测序，并基于测序结果确定所述猪成年体重；
其中，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG的猪成年体重大于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为AA的猪成年体重。


7.根据权利要求6所述方法，其特征在于，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的基因型为GG是所述猪成年体重大于20...

【专利技术属性】
技术研发人员：李新云，辛颖，赵书红，刘小磊，许静雅，施亮，刘连超，赵志超，刘向东，
申请(专利权)人：广西扬翔股份有限公司，华中农业大学，
类型：发明
国别省市：广西;45