绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用技术

本发明专利技术涉及一种检测绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的方法，步骤如下：以待测绵羊全基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因下游区域插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定待测绵羊个体在所述插入/缺失多态性位点的基因型。本发明专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔性状的分子遗传标记，从而加快建立具有优良产羔性状的绵羊种群，提高良种选育速度。

Detection of insertion / deletion polymorphism of igf2bp1 gene in sheep: primer pair, kit, method and Application

【技术实现步骤摘要】
绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用
本专利技术属于生物技术与家畜育种
，尤其是一种绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用。
技术介绍
随着经济的发展和人民生活水平的体高，人们更加倾向于具有高营养、高质量的肉质食物。绵羊作为一种重要的肉用食物的来源，其肉质鲜美、高蛋白、低脂肪等特点愈来愈被受人们欢迎。因此，为了提高绵羊的繁殖率和数量，最重要的就是要选育出能够多产的优良绵羊品种。现如今，尽管动物的遗传育种仍然以传统育种方法为主，然而随着各物种的遗传图谱的进一步完善和基因组的测序工作的完成以及分子生物学的飞速发展，分子育种方式将会和传统育种方法相结合，共同解决动物的遗传育种问题。其中，通过对相关基因的多态性研究而筛选出一种有效的遗传标记来辅助选择育种的方法逐渐得到人们的广泛认可。尽管现如今，动物的遗传选育仍是以基于数量遗传学为主的杂交育种，然而随着测序技术的不断完善与发展，一种新的分子育种方式——标记辅助选择(Marker-assistedSelection，MAS)技术涌现出来。该技术可以通过对某一个遗传标记进行分子水平上的检测而快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，大大缩短了育种年限并且极大地提高了选育的准确度。随着测序技术的出现，人们发现了两种新的遗传标记，即单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(InDel)，由于其通常存在两个等位基因，因而也称为双等位基因遗传标记。由于DNA片段的插入或缺失，InDel遗传标记表现出其DNA片段长度多态性，且广泛分布于整个基因组中，其突变频率仅次于SNP。InDel遗传标记数量众多，具有STR和SNP遗传标记的特点，已在遗传学、分类诊断以及遗传图谱构建等领域得到广泛应用。随着全基因组学的深入研究，已经有大量的InDel位点被发现，其为理论研究和遗传选育应用研究提供了大量的生物信息。其作为遗传标记，多集中在人类和各种农作物(如水稻和玉米等)的基因组研究中，然而对家畜的功能性基因，尤其是与反刍动物生长、繁殖性状相关的选育方面的InDel标记的研究和应用甚少。因此，在培育产羔性状优良的绵羊育种目标上，通过对在DNA水平上筛查与绵羊产羔性状密切相关的DNA标记进行基因多态性的检测，以及基因多态性与产羔性状的关联分析，从而利用MAS加快建立具有优良产羔性状的绵羊种群。作为IGF2的结合蛋白基因之一(IGF2BPs)，绵羊IGF2BP1基因位于11号染色体上，具有15个外显子和14个内含子，长度约为39.9kb，其可以编码三种蛋白亚型。该IGF2BP1基因(又称IMP1、CRD-BP)是IGF2BP家族的重要一员，其编码一种RNA结合蛋白，对于IGF2BP1的结构研究发现，其含有六个典型的RNA结合域，包括四个KH(K同源)结构域和两个RRMs(RNA识别基序)。其IGF2BP1可通过KH结构域，结合经m6A修饰的IGF2、PTEN、ACTB、MAPK4、MKI67、c-MYC和CD44等的mRNA分子而维持其稳定性，进而影响细胞的生长和增殖。此外，已有研究发现诸多miRNA和lncRNA也可以通过结合IGF2BP1来间接调控靶mRNA分子的稳定性、翻译能力和分布区域。IGF2BP1广泛表达于胎儿组织和16种以上的肿瘤组织中，但仅在少数正常成人组织中表达。由于其不仅能够影响细胞的生长和增殖，而且还能促进胚胎的发育，因而在对人类以及动物的早期胚胎发育过程的机制研究也具有重要的意义。然而，目前尚未发现关于IGF2BP1基因InDel位点与绵羊产羔性状存在显著相关的公开专利文献报道。
技术实现思路
本专利技术目的在于克服现有技术中的不足之处，提供一种绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用，本专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔性状的分子遗传标记，从而加快建立具有优良产羔性状的绵羊种群，提高良种选育速度。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一种绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对，所述检测引物对能够通过PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。而且，所述插入/缺失多态性位点为绵羊IGF2BP1基因NC_019468.1:g.37056439&37056440位5-bp插入/缺失多态性位点。而且，所述引物对为：上游引物：SEQNO.1；下游引物：SEQNO.2。如上所述的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对在绵羊分子标记辅助选择育种方面中的应用。利用如上所述的检测引物对的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的专用检测试剂盒。而且，所述试剂盒能够以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。一种利用如上所述的检测引物对检测绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的方法，步骤如下：以待测绵羊全基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因下游区域插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定待测绵羊个体在所述插入/缺失多态性位点的基因型。而且，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸12s，14个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸12s，34个循环；72℃延伸10min；或者，所述电泳时采用质量浓度为3.0％的琼脂糖凝胶。而且，根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型II表现为107bp一条带纹，插入/缺失基因型ID表现为107bp和102bp两条带纹，缺失/缺失基因型DD表现为102bp一条带纹；其中，所述插入/缺失多态性位点的插入/缺失ID基因型能够作为提高绵羊在第二胎产羔性状的DNA标记。如上所述的检测绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的方法在绵羊分子标记辅助选择育种方面中的应用。本专利技术取得的优点和积极效果为：1、本专利技术根据绵羊IGF2BP1基因下游区域插入/缺失多态性位点(参考序列NC_019468.1:g.37056439&37056440)设计引物，以绵羊基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定，能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型。2、本专利技术对绵羊(例如，澳洲白绵羊)IGF2BP1基因插入/缺失多态性位点(参考序列NC_019468.1:g.37056439&37056440)进行基因型的鉴定和基因频率的分析，对该插入/缺失多态性位点的基因型与绵羊产羔性状进行关联分析，结果表明本专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔性状的分子遗传标记，从而加快建立具有优良产羔性状的绵羊种群本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对，其特征在于：所述检测引物对能够通过PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。/n

【技术特征摘要】
1.一种绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对，其特征在于：所述检测引物对能够通过PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。


2.根据权利要求1所述的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对，其特征在于：所述插入/缺失多态性位点为绵羊IGF2BP1基因NC_019468.1:g.37056439&37056440位5-bp插入/缺失多态性位点。


3.根据权利要求1或2所述的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对，其特征在于：所述引物对为：
上游引物：SEQNO.1；
下游引物：SEQNO.2。


4.如权利要求1至3任一项所述的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的检测引物对在绵羊分子标记辅助选择育种方面中的应用。


5.利用如权利要求1至3任一项所述的检测引物对的绵羊IGF2BP1基因插入/缺失多态性的专用检测试剂盒。


6.根据权利要求5所述的专用检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒能够以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。


7.一种利用如权利要求1至3任一项所...

【专利技术属性】
技术研发人员：张清峰，潘传英，刘洪飞，白洋洋，林春建，佐建明，卢小芳，蓝贤勇，
申请(专利权)人：天津奥群牧业有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12