与猪总产仔数性状相关的分子标记及其组合应用制造技术

本发明专利技术提供了一组与猪总产仔数性状相关的分子标记及其组合应用，所述分子标记组合包括rs318687930、rs346259996和rs332860516处的SNP位点。通过检测猪rs318687930、rs346259996和rs332860516处基因型，根据基因型能够预测猪总产仔数的高低，利于提高优秀母猪的选种效率，加快高总产仔数猪的育种过程。

Molecular markers related to the traits of total litter size and their combined application

【技术实现步骤摘要】
与猪总产仔数性状相关的分子标记及其组合应用
本专利技术涉及猪育种领域，具体涉及用来提高猪繁殖效率的与猪总产仔数性状相关的SNP分子标记及其组合应用。
技术介绍
母猪的繁殖性能在很大程度上影响着现代化规模养猪的生产能力和效益，因此成为评价养猪业经济效益的一个重要指标，但是，母猪繁殖能力受到多种因素的调控和影响，包括遗传因素、营养水平、饲养管理和环境状况等。就遗传因素而言，母猪的繁殖性状属于低遗传力性状，例如产仔数的遗传力仅在0.11左右，难以实现早期选育。而单核苷酸多态性(SNP)作为一种广泛存在于动植物基因组中的基因遗传变异，其多态性具有准确性高、稳定性强以及可实现早期选择的优点，使得我们可以利用它在筛选繁殖性能优秀的母猪时进行早期选留。猪的繁殖性状属于数量性状，受多个基因控制，随着猪全基因组测序以及基因组图谱绘制的完成，为SNP的检测提供了强有力的工具，将其作为遗传标记应用于优秀母猪的选育，对复杂性状的遗传变异具有较大的研究意义。Luman募集因子(LumanRecrutingFactor，LRF)是近年来发现的一个转录因子，因其C端区域能够与Luman亮氨酸拉链区域相结合，促进Luman降解而得名，而Luman是CREB家族中的成员CREB3，因此LRF又叫做CREBRF。目前对CREBRF的研究实验主要集中在小鼠上，前人研究表明，CREBRF在小鼠生殖系统中呈现时空表达特征，CREBRF基因敲除雌性小鼠在哺乳期存在严重的母性行为缺失，乳腺发育缺陷以及显著的糖皮质激素受体(GR)信号增强。母鼠因缺少照顾幼崽的本能，导致80％的幼崽在出生后24h内死亡，初产的CREBRF基因敲除母鼠也显示出更多的与照顾幼鼠无关的活动；在机体内质网应激反应中，CREBRF能够募集Luman进入CREBRF的核小体，以阻止Luman的活化作用，加速Luman的降解，对ER-stress(endoplasmicreticulumstress，内质网应激反应)与UPR(UnfoldedProteinResponse，未折叠蛋白反应)起到负反馈调节作用，进而可能在ERS(endoplasmicreticulumstress，内质网应激反应)诱导的颗粒细胞凋亡中具有负反馈调节作用。基于前期的研究和相关报道，我们可以看出CREBRF基因在机体代谢以及哺乳动物繁殖过程中的生物学功能在猪上几乎没有报道，其在母猪繁殖性能方面的调控作用以及分子机制还有待揭示。为此，本专利技术的目的在于明确与母猪繁殖效率特别是总产仔数相关的基因，提供与母猪的总产仔数相关的SNP分子标记及其单倍型；同时提供一种高繁殖效率猪的选育方法，利用该SNP分子标记及其单倍型选育种猪，实现我国猪育种理论和技术水平的提升。
技术实现思路
针对上述问题，本专利技术人进行了锐意研究，对CREBRF基因的多态性与重要的繁殖性状进行了关联分析，首次在该猪基因中找到了与总产仔数相关的SNP分子标记及其单倍型，以应用于优秀母猪的筛选育种，提高优秀母猪的选种效率，从而完成本专利技术。本专利技术的目的在于提供以下方面：(1)一种与猪总产仔数相关的遗传标记组合，所述遗传标记组合包括以下SNP位点：位于猪16号染色体的51174074位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs318687930；位于猪16号染色体的51182920位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs346259996；位于猪16号染色体的51206449位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs332860516。(2)一种用于检测上述(1)所述的遗传标记组合的试剂盒，所述试剂盒包括扩增引物P1和P2以及延伸引物P3、P4和P5；核苷酸序列分别如SEQIDNO.1至SEQIDNO.5所示。(3)一种鉴定或辅助鉴定猪总产仔数性状的方法，所述方法包括检测猪rs318687930、rs346259996和rs332860516处基因型，根据基因型预测猪总产仔数的高低。(4)一种高总产仔数猪的育种方法，所述方法包括选择rs318687930处基因型为AA、rs346259996处基因型为AA并且rs332860516处基因型为AA的猪作为亲本进行育种的步骤。(5)上述(1)所述的遗传标记组合物在鉴定或辅助鉴定猪总产仔数方面的用途，或者在选育高总产仔数猪方面的用途。上述(2)中涉及的扩增引物或延伸引物在鉴定或辅助鉴定猪总产仔数方面的用途，或者在选育高总产仔数猪方面的用途。上述(2)所述的试剂盒在鉴定或辅助鉴定猪总产仔数方面的用途，或者在选育高总产仔数猪方面的用途。根据本专利技术提供的与猪总产仔数性状相关的SNP分子标记及其组合应用，具有以下有益效果：本专利技术人在众多基因中选择特定的CREBRF基因进行猪繁殖性状关联性分析，首次发现该基因中特定SNP分子标记及其单倍型与总产仔数存在相关性，可有效用于鉴定或辅助鉴定高总产仔数母猪，加快高总产仔数母猪的筛选育种过程。附图说明图1示出包含rs318687930处的基因片段的多态性位点信息峰图；图2示出包含rs346259996处的基因片段的多态性位点信的峰图；图3示出包含rs332860516处的基因片段的多态性位点信的峰图。具体实施方式下面通过对本专利技术进行详细说明，本专利技术的特点和优点将随着这些说明而变得更为清楚、明确。在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。本专利技术的目的在于提供一组与母猪的繁殖性状特别是总产仔性状相关的SNP分子标记及其单倍型，以应用于优秀母猪的筛选育种。其中，单倍型指的是同一条染色体或线粒体上，紧密连锁的多个等位基因的线性组合，每一种组合方式即为一种单倍型，单倍型是具有统计学关联性的遗传标记，可由多个SNP位点组成，能够很好的反应多个位点之间联合的信息；同时，由于某一性状往往不是由单个SNP位点引起的，而是由若干个SNP位点联合作用导致的，因此，在性状关联分析中，基于多个位点SNPs的研究往往比基于单个SNP位点的研究更有成效。本专利技术在众多待筛选的基因中选择特定的基因即CREBRF基因，进而确定该基因上的SNP分子标记及其基因型，极大提高了对于相关SNP分子标记及其基因型确定的成功率。本专利技术提供了CREBRF基因中与猪总产仔数相关的SNP分子标记及其基因型，所述SNP分子标记分别位于猪16号染色体的51174074位，16号染色体的51182920位，以及16号染色体的51206449位；Ensembl参考SNP编号分别为rs318687930、rs346259996和rs332860516。本专利技术中，总产仔数是指：母猪在繁殖年限期间所有胎次产仔数的平均每胎产仔数。应当指出的是，以上SNP位点是根据Ensembl的SNP数据库的命名方式来表示的，该方式是以rs加数位阿拉伯数字来表示一本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪总产仔数性状相关的遗传标记组合，其特征在于，所述遗传标记组合包括以下SNP位点：/n位于猪16号染色体的51174074位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs318687930；/n位于猪16号染色体的51182920位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs346259996；/n位于猪16号染色体的51206449位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs332860516。/n

【技术特征摘要】
1.一种与猪总产仔数性状相关的遗传标记组合，其特征在于，所述遗传标记组合包括以下SNP位点：
位于猪16号染色体的51174074位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs318687930；
位于猪16号染色体的51182920位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs346259996；
位于猪16号染色体的51206449位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs332860516。


2.根据权利要求1所述的遗传标记组合，其特征在于，所述遗传标记组合由以下SNP位点组成：
位于猪16号染色体的51174074位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs318687930；
位于猪16号染色体的51182920位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs346259996；
位于猪16号染色体的51206449位的SNP位点，Ensembl参考SNP编号为rs332860516。


3.根据权利要求1所述的遗传标记组合，其特征在于，rs318687930处基因型为AA、rs346259996处基因型为AA并且rs332860516处基因型为AA的猪相较于其他基因型组合的猪具有更高的总产仔数。


4.根据权利要求1所述的遗传标记组合，其特征在于，用以检测所述SNP位点基因型的方法中涉及PCR扩增反应，PCR扩增反应中扩增引物P1和P2的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示；
用以检测所述SNP位点基因型的方法中涉及单碱基延伸反应，rs318687930处的延伸引物P3的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；rs346259996处的延伸引物P4的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示；rs332860516处的延伸引物P5的核苷酸序列如SEQIDNO...

【专利技术属性】
技术研发人员：周荣，李奎，杨亚岚，杨兵，牟玉莲，张艳敏，李瑞强，葛长利，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11