绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用技术

本发明专利技术涉及一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对，所述引物对能够用于PCR扩增绵羊GHR基因NC_019473.1:g.31984400_31984422位23‑bp插入/缺失多态性位点。本发明专利技术能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型，检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔数的分子标记位点，从而加快建立产羔数性状优良的绵羊种群，提高良种选育速度。

【技术实现步骤摘要】
绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用
本专利技术属于生物技术与家畜育种
，尤其是一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用。
技术介绍
绵羊以其产肉、产奶和产绒性能深受消费者的喜爱，随着人们生活水平的提高，社会对羊肉、羊奶、羊绒等产品的需求越来越高。为了实现高产、优质和高效的绵羊育种目标，人们对绵羊的研究已在分子水平上，以DNA的多态性为标记对绵羊进行基因结构和功能的遗传分析和研究，通过筛查与绵羊产羔数性状密切相关的DNA标记位点并进行检测，并根据其基因多态性与产羔数性状的关联，从而可以加快建立优良产羔数性状绵羊种群，这类标记具有存在较为普遍、遗传稳定、准确度高等优点，因而被广泛应用于各个领域。分子标记辅助选择(MAS)作为分子遗传标记的常用方法，通过对目标基因所连锁的分子标记的基因型分析从而进行育种，使用这种方法可以大幅度地缩短育种年限，针对某一性状专一选择，从而能够有效地提高育种效率。近年来，随着测序技术的不断升级与测序成本的降低，插入/缺失(indel)突变作为一种重要的分子遗传标记而逐渐受到人们的重视。插入和缺失(InDels)构成自然突变库的重要组成部分，InDels是由于聚合酶滑移、转座子、不均等交叉等导致的在整个基因组中大量分布的结构，有时可能导致生物体功能的获得或丧失。InDels最常见的类别包括单碱基对插入和缺失，单体碱基对扩展和多碱基对扩展，然而在基因组中包含随机序列和转座子插入的InDel相对较少。由于可以简单地使用凝胶对InDels进行基因分型鉴定，使InDels更具价值。在以前的一些研究中，还发现InDels比微卫星标记更具多态性。如今，InDels已在多种应用中使用，包括种群遗传学、分类学诊断标记、遗传图谱构建和不同农作物中的关联图谱，在动物繁殖性状的选育方面的indel标记的研究和应用较少。在羊上已有的部分关于indels的报道显示：在生长方面，有报道在陕北白绒山羊KDM6A基因内含子区域存在一个16bp的indel可以显著地影响山羊的体高、胸深、体长等生长性状(Wang.etal.,2018)；在繁殖方面，有报道山羊CTNNB1存在一26bp的indel与山羊第一胎产羔数极显著相关(Zhang.etal.,2018)；还有chen等对山羊SPEF2三个indel位点进行了关联分析，发现SPEF12对山羊的产羔数有显著影响(chenetal.,2018)。这些研究都表明InDels对动物分子育种具有重要的意义和参考价值。生长激素受体(growthhormonereceptor,GHR)基因生长激素受体(growthhormonereceptor，GHR)是Ⅰ类细胞因子受体超家族(classⅠcytokinereceptorsuperfamily)中的一员，大多数哺乳动物GHR基因由10个外显子和9个内含子组成。生长激素具有能加快肌肉，骨骼生长、促进性腺的发育成熟、渗透压调节等作用，生长激素必须先于靶细胞膜上的GHR结合后将信息传入细胞内才能引发一系列生理效应。如果GHR不足或缺乏或变异，GH便无法发挥其作用，故GHR基因在动物的生长发育过程中起重要作用。生长激素受体在脑、肝脏、肾脏、性腺、肌肉、肠等多种组织中均有表达。此外，GHR基因表达受很多因素调控，如动物品种及动物年龄、生理状态和营养水平等。生长激素受体基因对动物个体的促生长作用是通过似胰岛素因子(IGF)完成的，IGF主要产生于肝脏细胞，并且只有当GH与肝细胞膜上的GHR结合时才大量产生。不少研究表明：肝脏是GHR基因的主要表达器官。SUNWei等(2012)揭示，GHR基因与湖羊生长早期肉质性状有关，可与IGF-Ⅰ基因一同作为湖羊生长早期肉质性状的候选基因。因此，研究GHR基因的突变对于快速培育产羊羔数性状优良的绵羊种群、达到更高的经济效应有重要意义。通过检索，尚未发现与本专利申请相关的公开专利文献。
技术实现思路
本专利技术目的在于克服现有技术中的不足之处，提供一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用，本专利技术能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型，检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔数的分子标记位点，从而加快建立产羔数性状优良的绵羊种群，提高良种选育速度。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对，所述引物对能够用于PCR扩增绵羊GHR基因NC_019473.1:g.31984400_31984422位23-bp插入/缺失多态性位点。而且，所述引物对为：上游引物：SEQNO.15'-GCTTCTTGCCCAACCCAATG-3'(20nt)；下游引物：SEQNO.25'-CTGGGCAGTGGAGGAGAAAG-3'(20nt)。如上所述的绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对在绵羊产羔数分子标记辅助选择育种方面中的应用。一种包含如上所述的引物对的绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测试剂盒。一种利用如上所述的引物对的绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测方法，步骤如下：以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊GHR基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。而且，所述PCR扩增采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸12～24s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸12～24s，25～30个循环；72℃延伸10min；或者，所述电泳时采用质量浓度为3.0～3.5％的琼脂糖凝胶。而且，根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型II表现为238bp一条带纹，插入/缺失基因型ID表现为238bp和261bp两条带纹，缺失/缺失基因型DD表现为261bp一条带纹。一种如上所述的绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测方法在绵羊产羔数分子标记辅助选择育种方面中的应用。而且，所述应用为：所述检测方法得到的插入/缺失多态性位点的基因型作为提高绵羊第1胎产羔数的DNA标记方面中的应用。本专利技术取得的优点和积极效果为：1、本专利技术方法根据绵羊GHR基因内含子区插入/缺失多态性位点(参考序列NC_019473.1:g.31984400_31984422)设计引物，以绵羊基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定，能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型。2、本专利技术方法对绵羊(例如，澳洲白绵羊)GHR基因插入/缺失多态性位点(参考序列NC_019473.1:g.31984400_31984422)进行基因型和基因频率分析，对该插入/缺失多态性位点与绵羊生产性状进行关联分析，结果表明本专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊产羔本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对能够用于PCR扩增绵羊GHR基因NC_019473.1:g.31984400_31984422位23-bp插入/缺失多态性位点。/n

【技术特征摘要】
1.一种绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对能够用于PCR扩增绵羊GHR基因NC_019473.1:g.31984400_31984422位23-bp插入/缺失多态性位点。


2.根据权利要求1所述的绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对为：
上游引物：SEQNO.1；
下游引物：SEQNO.2。


3.如权利要求1或2所述的绵羊GHR基因插入/缺失多态性检测用引物对在绵羊产羔数分子标记辅助选择育种方面中的应用。


4.一种包含如权利要求1或2所述的引物对的绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测试剂盒。


5.一种利用如权利要求1或2所述的引物对的绵羊GHR基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：步骤如下：
以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊GHR基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。


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【专利技术属性】
技术研发人员：张清峰，蓝康澍，潘传英，曹如，林春建，郝坤杰，韩旭飞，兰天鑫，
申请(专利权)人：天津奥群牧业有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12