猪生长速度相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术提出了与猪生长速度相关的SNP标记，所述SNP标记选自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基C或T。由此，能够准确、高效地选育出生长速度较快的优良猪品种，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点，为猪生长速度相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。

SNP markers related to pig growth rate and their application

【技术实现步骤摘要】
猪生长速度相关的SNP标记及其应用
本专利技术涉及SNP标记及其应用。具体地，本专利技术涉及猪生长速度相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
家猪是人类最早驯化的家养动物之一，家猪作为人类肉食消费的主要畜种，猪肉产量也是位列各个家畜之首。我国人口众多，对猪肉的需求量极大，进行猪的遗传改良，提高生猪养殖效率是目前育种工作的一项刻不容缓的重大任务。随着科技的发展，生猪养殖在遗传育种、营养调控以及疾病防控等方面均取得了显著突破，商品猪的生长速度、瘦肉率以及料肉均有了巨大的提升。在猪生产中，生长性状是非常重要的经济性状，直接影响生猪养殖的经济效益，也是育种工作者最关心的性状。其中，生长性状主要分为4个度量标准：生长速度、饲料转化效率、采食量和活体背膘厚。生长速度通常用平均日增重表示，即指在一定时间内生长育肥猪平均每天增加的体重，一般是计算某段时间内体重增量除以饲养天数。100KG体重日龄也是生长速度的关键指标，即在出生后达到体重100KG的日龄。目前，通常用来测定生长性状的指标包括平均日增重、100KG日龄、饲料转化效率和剩余采食量。校正100KG日增重这个性状是根据下列公式计算得到的，是目前国内生猪养殖最常用的测定生长速度的指标之一。校正1OOKG日增重＝100KG/校正100KG日龄猪生长性状是由多基因控制的复杂性状，采用常规的遗传手段难以精确的鉴定其主效基因，而基于高密SNP芯片或测序的全基因组关联分析为复杂疾病或数量性状候选基因定位提供了有效的技术手段。全基因组关联分析的概念是Risch在1996年首次提出的，他曾发现在复杂性状的遗传学研究中关联分析比连锁分析的效果更好、统计效力更高，于是提出全基因组关联分析的概念。全基因组关联分析是指在全基因组范围内寻找与目标性状显著相关的遗传变异。全基因关联分析的原理是连锁不平衡，即在全基因组范围内总会存在一个SNP与引起性状的致因突变存在连锁不平衡，通过检测该SNP就可以缩小或识别出影响性状的基因组位置。自2005年发表的第一篇关于视网膜黄斑变性的全基因组关联分析以来，GWAS方法已经成为复杂疾病和数量性状研究的重要方法之一。全基因关联分析时常用的模型有一般线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)、逻辑回归模型(LR)和贝叶斯模型(Bayesian)等。近年来，对于猪生长性状的全基因组关联分析也越来越多，但大多研究的样本含量比较小且在单一品种内开展，这种情况下得到的研究结果容易被质疑且很难得到广谱的控制生长性状的候选基因。因此，目前针对猪生长速度的SNP标记仍有待研究。
技术实现思路
本专利技术旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题。为此，本专利技术提出了与猪生长速度相关的SNP标记及其应用、预测猪生长速度的方法和系统以及猪选育系统。由此，能够准确、高效地选育出生长速度较快的优良猪品种，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点，为猪生长速度相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。其中，需要说明的是，SNP(singlenucleotidepolymorphism,SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。在本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一种与猪生长速度相关的SNP标记。根据本专利技术的实施例，所述SNP标记选自SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基C或T。申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl，得到WU_10.2_10_25384240上下游50bp的核苷酸序列，其序列如表SEQIDNO:1所示，其第51碱基处的R为一个C或T的等位基因突变，该突变使SEQIDNO:1序列产生了核苷酸多态性。该分子标记可以作为检测与猪生长性状相关的分子标记，且当SEQIDNO:1上的第51位核苷酸为T时，则猪具有更快的生长速度。由此，可以在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的生长速度，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。并且，能够根据实际育种需求对猪育种进行早期选择(例如选择生长速度较快的个体)，进一步有效提高育种的效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出猪优良品种。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。ATGGCGCAACGCTGGAAGGGACAGAAAAACAGCGGAGGACAACACTGGAAR(C/T)GGAAAAGGCATCCGGGAGGTTGGGATACTGATCTGAACCTAAGAGAGAAT(SEQIDNO:1)根据本专利技术的实施例，上述与猪生长速度相关的SNP标记还可以具有下列附加技术特征：根据本专利技术的实施例，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的核苷酸为碱基T的猪生长速度快于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的核苷酸为碱基C的猪生长速度。由此，进一步准确、高效地选育出生长速度较快的优良猪品种。根据本专利技术的实施例，所述生长速度为校正100KG日增重。本专利技术中以校正100KG日增重作为评价生长速度的指标，当校正100KG日增重值较大，则表明猪生长速度较快，相反地，当校正100KG日增重值较小，则表明猪生长速度较慢。在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了前面所述与猪生长速度相关的SNP标记在预测猪生长速度中的应用。由此，可以预测与猪生长速度相关性状，准确、高效地选育出猪优良品种。此外，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。需要说明的是，前面针对与猪生长速度相关的SNP标记、用于检测SNP标记的引物组和试剂盒所描述的特征和优点，同样适用于该应用，在此不再赘述。在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了一种预测猪生长速度的方法。根据本专利技术的实施例，所述方法包括：通过对待测猪进行前面所述的SNP标记的检测，预测所述待测猪的生长速度。如前所述，SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位碱基处的R为T或C的等位基因突变，产生了核苷酸多态性，该分子标记可以作为预测与猪生长速度性状相关的分子标记，第51位的基因型为T时，则猪拥有较快的生长速度。由此，可以在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的生长速度，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。并且，能够根据实际育种需求对猪育种进行早期选择(例如选择生长速度较快的个体)，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出猪优良品种。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪生长速度相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基C或T。/n

【技术特征摘要】
1.一种与猪生长速度相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，为碱基C或T。


2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的核苷酸为碱基T的猪生长速度快于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的核苷酸为碱基C的猪生长速度。


3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述生长速度为校正100KG日增重。


4.权利要求1～3任一项所述与猪生长速度相关的SNP标记在预测猪生长速度中的应用。


5.一种预测猪生长速度的方法，其特征在于，包括：通过对待测猪进行权利要求1～3任一项所述的SNP标记的检测，预测所述待测猪的生长速度。


6.根据权利要求5所述方法，其特征在于，包括：
提取所述待测猪的基因组DNA；
将所述待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；
对所述PCR扩增产物进行测序，并基于测序结果确定所述猪的生长速度；
其中，所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的核苷酸为碱基T的猪生长速度快于所述SEQIDNO：1所示的核苷酸序列的第51位的...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，辛颖，李新云，刘小磊，许静雅，刘连超，张从林，赵志超，刘向东，
申请(专利权)人：广西扬翔股份有限公司，华中农业大学，
类型：发明
国别省市：广西;45