杂交捕获效率评估模型、其构建方法及应用技术

本发明专利技术提供了一种杂交捕获效率评估模型、其构建方法及应用。其中，构建评估模型的方法包括：对多个已知捕获效率的杂交捕获文库中的非目标捕获序列的模板进行定量，得到多个定量结果；根据多个定量结果与多个杂交捕获文库的已知捕获效率，建立定量结果与杂交捕获效率之间的关系模型，该关系模型即为杂交捕获效率评估模型。利用捕获后文库中非目标捕获序列的量来反向推导目标捕获序列的捕获效率的思想，建立已知捕获效率的杂交捕获文库中非目标捕获序列的模板量与测序获得的真实的目标捕获序列的捕获效率之间的关系模型，从而获得评估模型。该模型既可在捕获文库上机测序之前评估出该文库的捕获效率，也有助于研发文库杂交捕获相关试剂。

Evaluation model, construction method and application of hybrid capture efficiency

【技术实现步骤摘要】
杂交捕获效率评估模型、其构建方法及应用
本专利技术涉及高通量测序文库杂交捕获领域，具体而言，涉及一种杂交捕获效率评估模型、其构建方法及应用。
技术介绍
近些年，探针捕获法在医学检测领域得到了大范围的应用，但配套的杂交捕获试剂却一直被国外Agilent、IDT等公司垄断，国产杂交捕获试剂的研发尚处于起步阶段。在此类试剂的研发过程中，捕获效率是一个非常重要的评估指标。然而，现有技术中，对高通量测序的杂交捕获文库的捕获效率的评估，均是通过对杂交捕获后的文库进行二代测序，并利用所得到的测序数据进行生物信息学分析流程(数据拆分、质控)对目标区域reads数量进行统计，进而得出目标区域reads占总reads的比例，来计算得到捕获效率。该方法的主要缺点在于：(1)速度慢。常见的采用PE100或PE150策略的二代测序过程耗时约2～3天，生物信息分析流程(数据拆分、质控)需3-5h；(2)成本高。以目前二代测序单价最低的IlluminaNovaseq6000平台为例，1G数据的成本约60-70元人民币。目前，尚未发现在进行测序之前，就本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种构建杂交捕获效率评估模型的方法，其特征在于，所述方法包括：/n对多个已知捕获效率的杂交捕获文库中的非目标捕获序列的模板进行定量，得到多个定量结果；/n根据多个所述定量结果与多个所述杂交捕获文库的已知捕获效率，建立定量结果与杂交捕获效率之间的关系模型，所述关系模型即为杂交捕获效率评估模型。/n

【技术特征摘要】
1.一种构建杂交捕获效率评估模型的方法，其特征在于，所述方法包括：
对多个已知捕获效率的杂交捕获文库中的非目标捕获序列的模板进行定量，得到多个定量结果；
根据多个所述定量结果与多个所述杂交捕获文库的已知捕获效率，建立定量结果与杂交捕获效率之间的关系模型，所述关系模型即为杂交捕获效率评估模型。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在对多个已知捕获效率的杂交捕获文库中的非目标捕获序列的模板进行定量之前，所述方法还包括筛选所述非目标捕获序列。


3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，筛选所述非目标捕获序列包括：
A)选择多个候选非目标序列，对每个所述候选非目标序列进行如下步骤a)和b)，得到多个关系模型：
a)在多个所述已知捕获效率的杂交捕获文库中，对所述非目标序列的模板进行定量，得到多个定量结果；
b)根据多个所述定量结果与多个所述杂交捕获文库的已知捕获效率，建立定量结果与杂交捕获效率之间的关系模型；
B)选择多个所述关系模型中定量结果与杂交捕获效率之间相关性最强的一个所对应的所述候选非目标序列，作为所述非目标捕获序列。


4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其特征在于，采用PCR、qPCR或数字PCR的方法对所述非目标捕获序列的模板进行定量。


5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，
采用qPCR的方法对所述非目标捕获序列的模板进行定量，得到多个Ct值；
根据多个所述Ct值与多个所述杂交捕获文库的已知捕获效率，建立Ct值与杂交捕获效率之间的关系模型。
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【专利技术属性】
技术研发人员：赵静波，王晓璐，李伟伟，方楠，伍启熹，王建伟，刘倩，唐宇，
申请(专利权)人：北京优迅医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11