离子交换色谱的应用和PCR引物的应用制造技术

本发明专利技术提供一种迅速、简便且高精度的癌预后判定方法。一种肾细胞癌患者的预后判定方法，包括以下工序：(1)将由受检者的肾脏组织制备的基因组DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；(2)将该被亚硫酸氢盐处理了的DNA通过PCR进行扩增的工序；(3)将得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；(4)获得在该色谱中得到的检测信号的保留时间的工序；(5)工序(4)的结果比成为基准的保留时间早的情况下，将受检者的肾细胞癌判定为预后不良的工序。

Application of ion exchange chromatography and PCR primers

【技术实现步骤摘要】
离子交换色谱的应用和PCR引物的应用本申请是申请号为201580010887.5、申请日为2015年3月2日、专利技术名称为“肾细胞癌的预后判定方法”的专利技术申请的分案申请。
本专利技术涉及利用了甲基化DNA的检测的肾细胞癌的预后判定方法。
技术介绍
近年来，人们清楚地意识到DNA的异常甲基化深度参与癌症化而受到关注。作为癌细胞的特征性的表观遗传异常，已知有部分基因启动子区域中的CpG岛的异常的DNA甲基化。CpG岛是介由磷酸二酯键(p)的胞嘧啶(C)-鸟嘌呤(G)的二碱基序列高频出现的区域，大多存在于基因上游的启动子区域。CpG岛的异常DNA甲基化通过抑癌基因的失活等来参与癌变。在大肠癌、胃癌等中，已经报道了与临床病理学因素相关的CpG岛的DNA甲基化亢进(非专利文献1～4)，这种类型的癌被称为CpG岛甲基化表型(CIMP)阳性癌。作为已经确立的甲基化DNA的解析方法，有利用了亚硫酸氢盐(重亚硫酸盐、酸式亚硫酸盐、bisulfite)反应的方法。该方法是在甲基化DNA的解析中最通用的方法。当用亚硫酸氢盐对单链DNA进行处理时本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种离子交换色谱的应用，用于制造实施含有肾细胞癌的组织的判定方法的设备，所述判定方法包括以下工序：/n(1)将由受检者的肾脏组织制备的基因组DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；/n(2)将工序(1)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；/n(3)将工序(2)中得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；/n(4)获得在该色谱中得到的检测信号的保留时间的工序；/n(5)在工序(4)的结果早于成为基准的保留时间的情况下，判定该组织为从预后不良的肾细胞癌患者得到的含有肾细胞癌的组织的工序。/n

【技术特征摘要】
20140228 JP 2014-039417;20140307 JP 2014-0449431.一种离子交换色谱的应用，用于制造实施含有肾细胞癌的组织的判定方法的设备，所述判定方法包括以下工序：
(1)将由受检者的肾脏组织制备的基因组DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2)将工序(1)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3)将工序(2)中得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；
(4)获得在该色谱中得到的检测信号的保留时间的工序；
(5)在工序(4)的结果早于成为基准的保留时间的情况下，判定该组织为从预后不良的肾细胞癌患者得到的含有肾细胞癌的组织的工序。


2.根据权利要求1所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有选自FAM150A、GRM6、ZNF540、ZFP42、ZNF154、RIMS4、PCDHAC1、KHDRBS2、ASCL2、KCNQ1、PRAC、WNT3A、TRH、FAM78A、ZNF671、SLC13A5以及NKX6-2中的至少一个基因的CpG岛。


3.根据权利要求1所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有FAM150A基因启动子区域。


4.根据权利要求1所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)的PCR中，使用由序列号51和52表示的PCR引物。


5.根据权利要求1～4中任一项所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(4)之前，进一步包括以下工序：
(1’)将与由所述受检者的肾脏组织制备的基因组DNA的PCR扩增区域相当的未甲基化的DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2’)将工序(1’)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3’)将工序(2’)中得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；
(3a)从工序(3)的色谱所得到的检测信号减去工序(3’)的色谱所得到的检测信号而得到差值数据的工序。


6.一种离子交换色谱的应用，用于制造实施肾细胞癌患者的预后判定方法的设备，所述预后判定方法包括以下工序：
(1)将由受检者的肾脏组织制备的基因组DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2)将被该亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3)将得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；
(4)获得在该色谱中得到的检测信号的保留时间的工序；
(5)在工序(4)的结果早于成为基准的保留时间的情况下，将该受检者的肾细胞癌判定为预后不良的工序。


7.根据权利要求6所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有选自FAM150A、GRM6、ZNF540、ZFP42、ZNF154、RIMS4、PCDHAC1、KHDRBS2、ASCL2、KCNQ1、PRAC、WNT3A、TRH、FAM78A、ZNF671、SLC13A5以及NKX6-2中的至少一个基因的CpG岛。


8.根据权利要求6所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有FAM150A基因启动子区域。


9.根据权利要求6所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(2)的PCR中，使用由序列号51和52表示的PCR引物。


10.根据权利要求6～9中任一项所述的离子交换色谱的应用，其中，在所述工序(4)之前，进一步包括以下工序：
(1’)将与由所述受检者的肾脏组织制备的基因组DNA的PCR扩增区域相当的未甲基化的DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2’)将工序(1’)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3’)将工序(2’)中得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；
(3a)从工序(3)的色谱所得到的检测信号减去工序(3’)的色谱所得到的检测信号而得到差值数据的工序。


11.一种用于扩增下述CpG岛的PCR引物的应用，该PCR引物用于制造实施含有肾细胞癌的组织的判定方法的设备，所述判定方法包括以下工序：
(1)将由受检者的肾脏组织制备的基因组DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2)将工序(1)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3)将工序(2)中得到的PCR扩增产物供给离子交换色谱的工序；
(4)获得在该色谱中得到的检测信号的保留时间的工序；
(5)在工序(4)的结果早于成为基准的保留时间的情况下，判定该组织为从预后不良的肾细胞癌患者得到的含有肾细胞癌的组织的工序；
在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有选自FAM150A、GRM6、ZNF540、ZFP42、ZNF154、RIMS4、PCDHAC1、KHDRBS2、ASCL2、KCNQ1、PRAC、WNT3A、TRH、FAM78A、ZNF671、SLC13A5以及NKX6-2中的至少一个基因的CpG岛。


12.根据权利要求11所述的PCR引物的应用，其中，在所述工序(2)中，被PCR扩增的DNA含有FAM150A基因启动子区域。


13.根据权利要求11所述的PCR引物的应用，其中，在所述工序(2)的PCR中，使用由序列号51和52表示的PCR引物。


14.根据权利要求11～13中任一项所述的PCR引物的应用，其中，在所述工序(4)之前，进一步包括以下工序：
(1’)将与由所述受检者的肾脏组织制备的基因组DNA的PCR扩增区域相当的未甲基化的DNA用亚硫酸氢盐进行处理的工序；
(2’)将工序(1’)中得到的被亚硫酸氢盐处理过的DNA通过PCR进行扩增的工序；
(3’)将工序(2’)中得到的PCR扩增产物供给离子交...

【专利技术属性】
技术研发人员：金井弥荣，新井惠吏，根本有理子，与谷卓也，
申请(专利权)人：国立研究开发法人国立癌研究中心，积水医疗株式会社，
类型：发明
国别省市：日本;JP