用于冷冻电子显微镜的气相样品制备制造技术

技术编号:23351961 阅读:42 留言:0更新日期:2020-02-15 06:57
本发明专利技术提供在基体上可控地形成无定形冰和其他无定形固体的层的方法,还提供利用真空下无定形的冰和其他固体形成的冷冻电子显微镜(cryo‑EM)样品制备方法和系统。无定形固体层的形成可独立于待使用电子显微镜分析的样品分子的沉积,并允许产生均匀厚的层。任选地,质谱仪器用于产生和纯化沉积于所产生的无定形固体层上的分子。本文所述的技术和系统可实现接近理想的cryo‑EM样品制备,从而大幅提高cryo‑EM蛋白成像的分辨率、灵敏度、范围和通量,因此极大地影响结构生物学领域。

Gas phase sample preparation for frozen electron microscope

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于冷冻电子显微镜的气相样品制备关于联邦政府赞助的研究或开发的声明本专利技术是在美国国立卫生研究院授予的GM118110的政府支持下完成的。政府拥有本专利技术的某些权利。相关申请的交叉引用本申请要求2017年7月7日提交的美国临时专利申请编号62/529,778的优先权,在不与本公开内容相抵触的程度上通过引证将其纳入本文。专利技术背景X射线晶体学传统上是为生物学研究提供结构分析的标准,虽然X射线晶体学仍提供高分辨率的结构信息,但是该技术具有一些缺点。其局限之一为X射线晶体学需要大量的样品。这使得X射线晶体学在难以产生大量、高纯度目标分子的情况下并不实用。单颗粒冷冻电子显微镜(cryo-EM)正在成为对真核细胞、蛋白质(>150kDa)和大分子复合物(例如脂质体、细胞器和病毒)结构研究的有力替代方法(Stark等人,Microscopy,2016,65(1):23-34))。冷冻电子显微镜是独特的,提供非晶体样品的3D结构信息,同时也常常需要比X射线晶体学更少的样品量。随着新型电子检测器的发展和软件图像重建的进步,冷冻电子显微镜已接近原子级分辨率,使得许多新的生物学发现成为可能。这项技术引起了人们相当大的兴趣,但它仍然存在许多局限性,包括仍然比理论上可行的低四倍的分辨率(Glaeser,R.M.,NatureMethods,2016,13(1):28-32)。大多数局限是由于样品制备导致,样品制备通常需要纯化和玻璃化。将样品包裹于玻璃态冰(即无定形冰)中有助于保护样品免受电子显微镜带来的辐射损伤。理想的样品玻璃化包括使用无定形冰层,其厚度刚好足以容纳感兴趣的颗粒。然而,实际上,样品玻璃化的过程远非理想。典型的样品制备技术包括蛋白质分析物于水中的溶解,然后将其移液至亲水性EM网格上。用滤纸将网格吸干(除去>99.99%的样品),然后将其插入冷冻剂浴中,从而将剩余的水/样品玻璃化。从电子显微镜结构中获得正确的3D数据的关键部分为,所述颗粒必须全部具有相同的结构构象,但必须在无定形冰中随机取向。正确的3D分析通过大量图像的重建来完成,因此需要以相同结构构象随机取向的大量颗粒。遗憾的是,当前现有的样品制备技术赋予了优选的颗粒取向(很大程度上是由于颗粒向空气/水交界面的迁移),并且颗粒经常在空气-水交界面处变形/拉伸,从而破坏了所需的结构异质性。样品对EM网格基体的吸收也会产生类似的变形。在许多情况下,成像的结构异质性在自然界中是不存在的,并且在没有分离多个构象的方法的情况下,常常无法使用冷冻电子显微镜来获得3D信息(Glaeser,R.M.,NatureMethods,2016,13(1):28-32;和Yu等人,J.Structuralbiology,2014,187:1-9)。理想地玻璃化的样品的另一个要求为具有高密度的位于冷冻电子显微镜网格孔内的随机取向的相同分子。这提出了一个重要的问题,因为传统的制备技术每个网格孔仅产生非常少的颗粒。有几个因素导致此问题。首先是大部分样品在吸干过程期间被去除。高度浓缩的样品可以帮助弥补这一问题。但是,即使在最高浓度下,每个网格孔内观察到的颗粒也非常少,因为它们优先吸附到EM网格,从而较少地占用孔。第二,常规方法中的冰的形成导致网格中孔中心的冰比边缘附近的冰更薄,从而迫使颗粒移至外边缘。该方法还可赋予优选的取向,尤其是如果分子在一个维度上比另一个维度更厚的话。在每个孔仅有很少的分析物颗粒的情况下,必须延长数据采集时间,并且数据文件变得非常大(即大于5Tb),因为必须对许多EM网格进行成像以产生足够的信号用于分析。除了限制可被分析的蛋白质的范围和类型外,常规方法还给分析数据所需的计算资源带来了很大压力(Cheng等人,Cell,2015,161(3):438-449)。出于这些原因,期望获得改进的冷冻电子显微镜样品制备方法和系统,以便改进冷冻电子显微镜的适用性和准确性。
技术实现思路
本专利技术提供了用于在基体上可控地形成无定形冰和其他冷冻无定形固体的层的新方法,并且还提供了利用真空玻璃化的冷冻电子显微镜样品制备方法和系统。在本专利技术的某些方面,无定形固体层的形成与待分析样品的沉积无关,因此允许均匀地厚的层的产生。此外,可以在形成过程中监测无定形固体层的形成,并且固体层中的任何缺陷均可以使用离子研磨或相关技术来校正。在某些方面,本专利技术还能够提供冷冻电子显微镜样品制备,从而导致提高的图像分辨率、减少的图像采集时间和提高的灵敏度。本专利技术的某些方面还包括使用质谱纯化气相中的分析物颗粒(包括但不限于蛋白质、蛋白质复合物和细胞)以用于随后的玻璃化。以此方式制备的样品可使用冷冻转移样品支架从质谱中提取,并可以直接放入电子显微镜中成像。该方法的一种实施方式使用修改的允许分析物离子气相纯化的质谱。所述离子将通过冷却的样品探针,在其中沉积于EM样品支架上并玻璃化。无定形固体,或非结晶固体,是指缺乏晶体的长程分子有序特征的固体。例如,使用本文描述的方法和系统形成的冰优选为玻璃态冰(本文中也称为无定形冰)。常见的H2O冰为六边形的晶体材料,其中分子规则地排列成六边形的晶格。相反,玻璃态冰缺乏规则有序的分子排列。可用于本专利技术的玻璃态冰和其他无定形固体通过液相的快速冷却(因此分子没有足够的时间形成晶格)或通过在非常低的温度下压缩普通冰(或普通固体形式)来制备。本专利技术的一个实施方案提供了一种制备用于冷冻电子显微镜(cryo-EM)样品的方法,所述方法包括以下步骤:形成原子或分子的蒸汽流,并将所述蒸汽流导向基体表面,从而使原子或分子在真空下撞击于基体表面上。基体表面处于-100℃或更低的温度(任选地为-150℃或更低、-175℃或更低,或-195℃或更低的温度)。结果,无定形固体层形成于基体表面上。所述方法还包括形成含有带电或不带电的待使用EM的分析物颗粒的分析物束(analytebeam);以及使无定形固体层与分析物束接触。将被分析物颗粒嵌在沉积的无定形固体层之上或之内,从而形成适合用于EM分析的样品。如本文所述实施方案中所使用的,“在真空下”是指压力为10-4Torr或更少、压力为10-5Torr或更少,或压力为10-6Torr或更少。在实施方案中,蒸汽流的原子或分子接触基体表面,并且使无定形固体层与分析物束接触的步骤在等于或小于10-4Torr、10-5Torr,或10-6Torr的压力下进行。取决于用于将分子沉积于冰层上的沉积方法,形成分析物束的分析物颗粒可为带电或不带电的颗粒。优选地,当沉积于诸如膜、薄膜或EM网格之类的基体上时,分析物颗粒和制备无定形固体层的分子基本上是随机取向的。分析物束可为离子束、分子束、或颗粒束。在一个实施方案中,分析物颗粒是使用技术形成的离子,所述技术包括但不限于电喷雾电离和激光解吸(例如基质辅助激光解吸/电离(MALDI))。优选地,在非变性电喷雾条件(nativeelectrosprayconditions)下将分析物颗粒电离,以免扰乱颗粒的结构构象。在另一个实施方案中,使用任选地分离或纯化分析物离子的质谱形成分析物离子。或本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种制备用于冷冻电子显微镜(cryo-EM)的样品的方法,包括以下步骤:/na)形成原子或分子的蒸汽流;/nb)引导蒸汽流朝向基体表面,使原子或分子在真空下撞击基体表面,其中基体表面处于-100℃或更低的温度,从而在基体表面上形成原子或分子的无定形固体层,其中无定形固体层具有2微米或更小的厚度;/nc)形成含有带电或不带电分析物颗粒的分析物束;和/nd)使无定形固体层与分析物束接触,从而将分析物颗粒嵌在沉积的无定形固体层之上或之内。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170707 US 62/529,7781.一种制备用于冷冻电子显微镜(cryo-EM)的样品的方法,包括以下步骤:
a)形成原子或分子的蒸汽流;
b)引导蒸汽流朝向基体表面,使原子或分子在真空下撞击基体表面,其中基体表面处于-100℃或更低的温度,从而在基体表面上形成原子或分子的无定形固体层,其中无定形固体层具有2微米或更小的厚度;
c)形成含有带电或不带电分析物颗粒的分析物束;和
d)使无定形固体层与分析物束接触,从而将分析物颗粒嵌在沉积的无定形固体层之上或之内。


2.根据权利要求1所述的方法,还包括在所述分析物颗粒已被嵌在无定形固体层上之后使无定形固体层与来自蒸汽流的原子或分子额外接触。


3.根据权利要求1所述的方法,还包括在使基体表面与来自蒸汽流的原子或分子接触的同时使基体表面与分析物束接触。


4.根据权利要求1-3所述的方法,其中蒸汽流包含能够形成无定形固体的分子或原子,所述分子或原子包含环己醇、甲醇、乙醇、异戊烷、水、O2、Si、SiO2、S、C、Ge、Fe、Co和Bi中的一种或多种。


5.根据权利要求1-4所述的方法,其中蒸汽流包含水分子。


6.根据权利要求1-5所述的方法,其中蒸汽流包含带电分子。


7.根据权利要求1-6所述的方法,其中基体为电子显微镜(EM)网格,其包含跨越EM网格的顶部或底部表面的连续的薄膜或隔膜。


8.根据权利要求1-7所述的方法,其中蒸汽流的原子或分子在等于或小于10-4Torr的压力下接触基体表面。


9.根据权利要求1-7所述的方法,其中所述使无定形固体层与分析物束接触的步骤在10-4Torr的压力下进行。


10.根据权利要求1-9所述的方法,还包括使用冷冻电子显微镜分析无定形固体层之上或之内的所述分析物颗粒的步骤。


11.根据权利要求1-10所述的方法,其中分析物束为离子束。


12.根据权利要求11所述的方法,其中离子束是使用电喷雾电离或激光解吸而产生的。


13.根据权利要求11所述的方法,其中分析物颗粒在非变性电喷雾条件下被离子化,以便不扰乱颗粒的结构构象。


14.根据权利要求1-10所述的方法,其中分析物束为分子束。


15.根据权利要求14所述的方法,其中分析物分子束通过生成含有分析物颗粒的溶液的气溶胶并将所述气溶胶引入真空系统中而产生。


16.根据权利要求1-10所述的方法,其中分析物束为颗粒束。


17.根据权利要求1-16所述的方法,其中分析物束的特征在于强度选自每秒每1μm20.025至25个颗粒的范围。


18.根据权利要求1-17所述的方法,其中分析物束的特征在于至少90%的纯度。


19.根据权利要求1-18所述的方法,其中分析物束的特征在于至少90%的构象纯度。


20.根据权利要求1-19所述的方法,其中分析物束的特征在于斑点尺寸选自800μm2至3.8E7μm2的范围。


21.根据权利要求1-20所述的方法,其中沉积的分析物颗粒在无定形固体层内至少基本上随机取向。


22.根据权利要求1-21所述的方法,其中分析物颗粒为通过非共价相互作用而复合在一起的分子实体、单个分子或多个分子。


23.根据权利要求1-22所述的方法,其中分析物颗粒为蛋白质分子、多蛋白质复合物、蛋白质/核酸复合物、核酸分子、病毒颗粒、微生物、亚细胞组分或全细胞。


24.根据权利要求1-23所述的方法,其中蒸汽流是使用克努森型渗出池、分子束剂量计或基质与分析物向系统的共渗入而生成的。


25.根据权利要求1-24所述的方法,其中蒸汽流的特征在于强度选自每秒每μm24.8E9至2.8E11个分子的范围。


26.根据权利要求1-25所述的方法,其中蒸汽流的特征在于至少90%的纯度。


27.根据权利要求1-26所述的方法,其中蒸汽流的特征在于斑点尺寸选自800μm2至3.8E7μm2的范围。


28.根据权利要求1-27所述的方法,其中所述蒸汽流包含在7mm2面积上具有98%以内均匀度的分子通量。


29.根据权利要求1-28所述的方法,其中所述蒸汽流颗粒的入射轨迹为垂直于所述基体表面的1度以内。


30.根据权利要求1-29所述的方法,还包含在接触基体表面之前,使蒸汽流的原子或颗粒从一个或多个反射表面反射。


31.根据权利要求1-30所述的方法,其中基体表面处于-175℃或更低的温度。


32.根据权利要求1-31所述的方法,其中无定形固体层具有小于或等于1%的结晶度。


33.根据权利要求1-32所述的方法,其中无定形固体层具有至少95%的纯度。


34.根据权利要求1-33所述的方法,还包括研磨或刻蚀无定形固体层的表面以去除层中的变形。


35.根据权利要求1-34所述的方法,还包括实时监测无定形固体层的形成。


36.根据权利要求35所述的方法,其中监测步骤使用微尺或可见光或红外线检测池来完成。


37.根据权利要求1-36所述的方法,还包括使用质谱分离分析物颗粒并使用所述分离的分析物颗粒形成分析物束的步骤。


38.一种制备用于冷冻电子显微镜(cryo-EM)样品的方法,包括以下步骤:
a)形成水分子的分子束;
b)在真空下使基体表面与分子水束接触,其中基体表面处于-100℃或更低的温度,从而在基体表面上形成无定形冰层,其中沉积的冰层具有2微米...

【专利技术属性】
技术研发人员:J·库恩M·韦斯特法尔
申请(专利权)人:威斯康星校友研究基金会
类型:发明
国别省市:美国;US

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