一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记R061007及应用制造技术

一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记R061007及应用。本发明专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体的，涉及一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，该分子标记含有Seq ID No.1所示序列。本发明专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻抗稻瘟病基因Pi2定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明专利技术公开的与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记、扩增引物可以对水稻抗稻瘟病基因Pi2进行良好分型，可以用于水稻抗稻瘟病的分子标记辅助育种，为实现水稻抗稻瘟病性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持，对于加快水稻品种的遗传选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。

A Molecular Marker R061007 Closely Linked to Rice Blast Resistance Gene Pi2 and Its Application

【技术实现步骤摘要】
一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记R061007及应用
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻抗稻瘟病基因Pi2定位或水稻遗传育种中的用途。
技术介绍
水稻(Oryzasativa)是我国最重要的粮食作物之一，全国水稻种植面积约占粮食作物面积的30％，产量接近粮食总产量的一半，稻谷是我国60％以上人口的主食。稻瘟病是水稻重要病害之一，可引起大幅度减产，严重时减产40％～50％，甚至颗粒无收。稻瘟病是真菌寄生引起，稻瘟病菌主要以分生孢子和菌丝在病稻或病谷上越冬。到第二年，当温度、湿度适宜稻瘟病菌生长时，病菌就会产生大量的分生孢子，青灰色霉即是病菌的分生孢子，病害的扩展靠分生孢子在空气中传播，当分生孢子接触寄主表皮上的机动细胞后，其尖端释放的粘胶及芽胞使孢子紧密地附着在寄主上，接着分生孢子便利用自身孢子的内源营养而萌发形成发芽管，发芽管又特异性分化产生具黑色素的附着胞，附着胞产生侵染栓穿透寄主组织的角质层和表皮细胞壁，继而在寄主细胞中生长，侵染邻近表皮细胞并深入叶肉细胞，稻瘟病菌侵染水稻5～7天后出现症状，完成侵染后，被侵染的细胞又产生新的菌丝和分生孢子梗，分生孢子梗又分化出分生孢子并从病斑中释放出来，依靠气流再次传播，形成重复侵染。稻瘟病在水稻的各个时期及各部位都有发生，四叶期至分蘖期和抽穗期最易感染稻瘟病，以叶瘟和穗瘟最为常见，危害也最大。为保证水稻高产、稳产，人们主要采用两种防治技术，一是用化学防治方法，二是培育和种植抗病品种。由于化学防治成本高且污染环境，因此培育和种植抗病品种成为水稻育种的主要目标。传统抗病育种是根据分离群体的表现和育种者的经验进行选择，通常受环境条件、显隐性关系、基因上位等因素的影响，费时、费力、不准确，从鉴定一个植物抗病种到培育出抗病良种需花费十多年时间，而病原菌一旦侵袭，其扩散速度要比育种速度快得多。近年来生物技术的发展，尤其是分子标记技术的应用给水稻遗传育种带来了巨大变化。分子标记辅助选择(MarkerAssistedSelection，MAS)为育种者提供了对目标性状进行选择的有效手段，它大大加速了育种进程，提高了育种选择效率，同时减少了盲目选择和人力、物力的大量浪费，展示出极其广阔的应用前景。分子标记辅助选择是借助与目标基因紧密连锁的分子标记鉴定群体中是否含有目标基因个体的技术。MAS技术可以大大缩短育种选育的周期，使育种家更快获得遗传稳定的目标单株。对于粒型性状这类的数量性状而言，利用分子标记能够在育种中对有利的基因和数量性状位点(quantitativetraitlocus,QTLs)进行动态跟踪，可以把这些有利的QTLs聚合到目标育种材料中，从而培育出性能更加优秀的新品种。因此，开展MAS的关键在于重要性状相关QTLs的定位及相关分子标记开发。自1923年Sasaki首次描述水稻抗稻瘟病基因以来，目前已有近百个水稻抗稻瘟病基因被鉴定。众多抗稻瘟病基因的遗传规律已基本清楚且已被初步定位。在已定位的抗稻瘟病基因中，超过半数的基因以基因簇的形式分布于水稻的不同染色体区域。随着分子生物学和信息生物学的发展，遗传连锁图谱的构建已成为基因定位、图位克隆以及基因组结构与功能研究的重要基础。许多研究学者试图通过正向遗传学的途径对其精细定位并分离克隆。而分子标记又是构建遗传连锁图谱的基础。因此，迫切需要发现与水稻抗稻瘟病基因紧密连锁的分子标记。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记。本专利技术的另一目的是提供一种可用于PCR扩增与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记的引物对，以及由该引物对扩增获得的分子标记。本专利技术的再一目的是提供上述分子标记在水稻抗稻瘟病基因Pi2定位、检测以及水稻辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。本专利技术的目的还包括提供一种包括上述分子标记的重组载体，以及含有该重组载体的重组细胞；提供一种包括使用上述分子标记的水稻抗稻瘟病基因Pi2的定位方法，和使用所述分子标记的水稻辅助育种方法。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：本专利技术公开了一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，所述分子标记含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SeqIDNo.1所示核苷酸序列。本专利技术还公开了一种扩增与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对扩增的目标序列包含SeqIDNo.1所示序列；在本专利技术的一个实施方案中，所述引物对的引物1含有SeqIDNo.2所示核苷酸序列，引物2含有SeqIDNo.3所示核苷酸序列。在本专利技术的另一实施方案中，所述引物1为SeqIDNo.2所示核苷酸序列，所述引物2为SeqIDNo.3所示核苷酸序列。本专利技术还公开了一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述引物对以抗稻瘟病病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。优选的由上述引物对扩增得到的分子标记含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列的DNA片段)为水稻基因组中SeqIDNo.1所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的SeqIDNo.1的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是水稻基因组中的序列，优选的，为水稻基因组中SeqIDNo.1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测抗白叶病的水稻基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有SeqIDNo.1所示的序列。SeqIDNo.1的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、小于800bp、或者小于500bp。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的SeqIDNo.1的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、终止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本专利技术中定义为一种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于SeqIDNo.1的一个位置上，以致该控制序列指导SeqIDNo.1编码的多肽的产生。本专利技术还公开了一种载体，其含有本专利技术的分子标记。所述载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达重组载体或者克隆重组载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以理解，根据不同的需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重组细胞。因此，本专利技术还公开了一种含有所述重组载体的重组细胞。本专利技术还公开了本专利技术的分子标记的制备方法，包括下述步骤：使用抗稻瘟病病的水稻基因组DNA作为模板，以上述引物对进行PCR扩增，得到的扩增产物即含有所述分子标记；优选地，还包括将PCR扩增产物进行纯化的步骤。对本领域技术人员而言，可以理解，也可以DNA化学合成的方法得到本专利技术的分子标记。本专利技术还公开了本专利技术的分子标记的检测方法，包括本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有Seq ID No.1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为Seq ID No.1所示核苷酸序列。

【技术特征摘要】
1.一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SeqIDNo.1所示核苷酸序列。2.一种可用于扩增与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记的引物对，其特征在于扩增的目标序列包含SeqIDNo.1所示序列；优选的，所述引物对的引物1包含SeqIDNo.2所示序列，引物2包含SeqIDNo.3所示序列；更优选的，引物1为SeqIDNo.2所示序列，引物2为SeqIDNo.3所示序列。3.一种与水稻抗稻瘟病基因Pi2紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记是由权利要求2所述的引物对以抗稻瘟病病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SeqIDNo.1所示...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯军亮，伏琦，张耕耘，李泽桦，杨麒生，喻涵，
申请(专利权)人：深圳市华大农业应用研究院，深圳华大生命科学研究院，中国农业科学院深圳生物育种创新研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44