一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记及其用途制造技术

本发明专利技术公开了一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记及其用途，该SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列自5’端起第501位碱基是G或T。该SNP标记用于进行石斑鱼分子标记辅助育种。本发明专利技术还提供了用于检测该与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物和试剂盒，以及其用于石斑鱼选育用途。本发明专利技术也提供了使用该SNP标记、引物以及试剂盒检测石斑鱼氨耐受能力的方法。本发明专利技术能够快速、高效、准确地检测斜带石斑鱼氨耐受能力，进而能够有效用于斜带石斑鱼的分子标记辅助育种，从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育斜带石斑鱼优良品种。

A SNP Marker Related to Ammonia Tolerance of Epinephelus and Its Application

The present invention discloses an SNP marker related to ammonia tolerance of grouper and its use. The nucleotide sequence of the SNP marker is shown as SEQ ID NO.1, and the 501st base of the sequence is G or T from 5'end. The SNP marker was used for marker-assisted breeding of grouper. The present invention also provides a primer and a kit for detecting the SNP marker related to ammonia tolerance of grouper and its application in grouper breeding. The invention also provides a method for detecting ammonia tolerance of grouper by using the SNP marker, primer and kit. The invention can quickly, efficiently and accurately detect ammonia tolerance of grouper, and can be effectively used in molecular marker assisted breeding of grouper, thereby assisting in early breeding of grouper with short time, low cost and high accuracy.

【技术实现步骤摘要】
一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记及其用途
本专利技术涉及一种SNP标记及其用途，具体地，涉及一种与斜带石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记及其用途。
技术介绍
石斑鱼是名贵的海水经济鱼类。近十多年来，石斑鱼人工繁育技术已相对成熟，石斑鱼的养殖规模也逐渐扩大，石斑鱼产业的迅速发展，对于促进渔民增收，满足国民水产品需求，优化水产养殖业结构有重要意义。但是，种质退化，优良品种缺乏是石斑鱼产业可持续健康发展的主要瓶颈。因此，培育石斑鱼优良新品种已成为我国石斑鱼产业发展的关键。另一方面，高密度的养殖模式，比如工厂化循环水养殖，已成为石斑鱼养殖的主要方式。高密度养殖容易使水体的氨氮浓度处于高水平且不易去除，从而影响鱼体的生长和免疫能力。因此，以氨耐受能力为选育目标是石斑鱼优良新品种选育的重要方向。传统的鱼类选育方法完全依赖于表型，存在周期长和效率低等无法逾越的障碍。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为鱼类育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在鱼类育种中的作用将日益突出。在石斑鱼的育种中，人们希望通过对于目标性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。然而，现阶段能够有效用于石斑鱼育种的氨耐受能力相关的分子标记仍有待挖掘。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与石斑鱼氨耐受能力相关、能够有效用于石斑鱼选育的SNP标记，和用于检测前述SNP标记的引物对和试剂盒，前述SNP标记、引物对、试剂盒在斜带石斑鱼选育中的用途，以及检测斜带石斑鱼氨耐受能力的方法，可以解决现有技术中存在的问题。为了达到上述目的，本专利技术提供了一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，其中，该SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。该序列自5’端起第501位碱基是G或T。上述的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，其中，所述的SNP标记用于进行石斑鱼分子标记辅助育种。本专利技术还提供了一种用于检测上述的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其中，所述的引物是包含上游引物和下游引物的引物对。上述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其中，所述的上游引物序列为：5’-CGATGTAATCCAACATTTCCTGA-3’(SEQIDNO.2)；所述的下游引物序列为：5’-GATTACAGGGGAAAAACTGCAGAGC-3’(SEQIDNO.3)。上述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其中，所述的引物，在使用时通过其将待测石斑鱼的与氨耐受能力相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增，再通过测序实现对所述SNP标记的检测，确定待测石斑鱼的所述SNP标记位点的基因型，从而确定待测石斑鱼的氨耐受能力。上述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其中，所述的确定待测石斑鱼的所述SNP标记位点的基因型，是指确定所述SNP标记位点的碱基，从而确定待测石斑鱼的所述SNP标记位点的基因型为TT还是GT。上述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其中，所述的SNP标记位点处的基因型为杂合GT的石斑鱼的氨耐受能力显著高于该处基因型为纯合TT的石斑鱼，从而确定待测石斑鱼的氨耐受能力。本专利技术还提供了一种用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的试剂盒，其中，所述的试剂盒内包含上述的引物对。本专利技术还提供了一种上述的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记、用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物以及试剂盒的用途，其中，所述的SNP标记、引物以及试剂盒用于石斑鱼选育，在使用时通过检测确定待测石斑鱼的所述SNP标记的基因型，基于获得的基因型确定待测石斑鱼的氨耐受能力，从而辅助石斑鱼选育。本专利技术也提供了一种使用上述的SNP标记、引物以及试剂盒检测石斑鱼氨耐受能力的方法，其中，所述的方法是通过所述SNP标记、引物以及试剂盒，对待测石斑鱼进行PCR扩增、测序，检测确定待测石斑鱼的所述SNP标记的基因型，进而基于获得的基因型确定待测石斑鱼的氨耐受能力。本专利技术提供的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记及其用途具有以下优点：(1)本专利技术提供的SNP标记不受斜带石斑鱼的年龄、性别等限制，可用于斜带石斑鱼的早期选育，可显著促进斜带石斑鱼的育种进程。(2)检测斜带石斑鱼如SEQIDNO.1所示自5’端起第501位SNP位点的方法，准确可靠，操作方便。(3)斜带石斑鱼如SEQIDNO.1所示自5’端起第501位的SNP位点的检出，为斜带石斑鱼生长性状的标记辅助选择提供了科学依据。具体实施方式以下对本专利技术的具体实施方式作进一步地说明。本专利技术提供的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，该SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示(全长1001bp)，自5’端起第501位碱基以Y表示，Y代表G或T。SNP标记的核苷酸序列如下：TTATGTTATGTTACGTTGACACTTCTTGCTGATCTTGGACCTGAGCTGCAGTCCACTAAACACACACAGATAACACACATGCACCACACACCTTGTGTGAAGCAGAACAAGCTGTGAACTCGACTTTATTATAAAGATTCAATTGATCATCTTTTCTTTCGTCATTTCCACAACTATGGGCAGAAGACACACACACACACACACACACACACAGCTTGGTTTGCCTCTTTCAGGCCTCACAATAGGTGTGAGGATGAAGTGTTTTCAAACTTAGTCCTTGTGGAGTTAATAACCACTACCTGCCTAACTCCTATCTTGATTTTTTTGGCCTGTTCAACTGCAGTGGAAACAAGAGGGGCTTTCCAATTGGCAAGATGATTCACTCGCTGTGAACAAAAAAAAAATAGAAGTGGAATTGTAAGACAGTTTTTGACTAAGATGGATGCACACACAACAGTTTGTGTCTCAGTAGGATACCGATGTAATCCAACATTTCCTGAYGCTCTGCAGTTTTTCCCCTGTAATCTATTAAAAACTACAGTAGCATTCATATGGAGTTGTGCATCTGGCCACCAGACGAATGTGAAGGCCTTGGTATGTTCAGCTGAAGTTTAAACTTTCTGATGTCAAATTGGAGGGGGAGCCTTATCCGACAATTTCTGTAACTGCACACATTTCAAAATGACAGTGAAAGCTCTCTTTTCAGATAAAAGCAGAAAGATACCTTTACTATATTTCCACATACCATTGTTAGCCTTAAGGTGTGTAATCTATTATTTTCTTGACAAAGAGGAAAAACATACTTGATTCTGGAATTATTTCACTTGTTCCTCATTTTGCTGAAATTGACCTTTCTGATCCTGTTTCTCTTTGCTTTTGAGAATTTCAGATGAACAAACTGAGGCTGTAGTG本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，其特征在于，该SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

【技术特征摘要】
1.一种与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，其特征在于，该SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。2.如权利要求1所述的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记用于进行石斑鱼分子标记辅助育种。3.一种用于检测如权利要求1所述的与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其特征在于，所述的引物是包含上游引物和下游引物的引物对。4.如权利要求3所述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其特征在于，所述的上游引物序列为：5’-CGATGTAATCCAACATTTCCTGA-3’；所述的下游引物序列为：5’-GATTACAGGGGAAAAACTGCAGAGC-3’。5.如权利要求3所述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其特征在于，所述的引物，在使用时通过其将待测石斑鱼的与氨耐受能力相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增，再通过测序实现对所述SNP标记的检测，确定待测石斑鱼的所述SNP标记位点的基因型，从而确定待测石斑鱼的氨耐受能力。6.如权利要求5所述的用于检测与石斑鱼氨耐受能力相关的SNP标记的引物，其特征在于，所述的确定待测石斑鱼的所述SNP标记位点的...

【专利技术属性】
技术研发人员：游欣欣，许腾飞，阮志强，石琼，徐军民，
申请(专利权)人：深圳华大海洋科技有限公司，深圳市华大海洋研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44