用于鉴定嵌合产物的条形码化环状文库构建制造技术

本发明专利技术是构建用于单分子测序的文库的新型方法和用于其的组合物。所述方法利用使得能够以高灵敏度检测和测序嵌合靶分子的条形码。所述方法可用于检测基因融合，诸如癌症特征性的基因融合。

Construction of Bar Coded Ring Library for Identification of Chimeric Products

The invention is a novel method for constructing a library for single molecule sequencing and a combination thereof. The method utilizes bar codes that enable chimeric target molecules to be detected and sequenced with high sensitivity. The method can be used to detect gene fusion, such as cancer-specific gene fusion.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于鉴定嵌合产物的条形码化环状文库构建专利
本专利技术涉及核酸测序的领域。更具体地，本专利技术涉及产生用于核酸测序的条形码化模板文库的领域。专利技术背景当前一代的核酸测序方法利用靶分子的文库，由此对每个单独分子进行测序。文库中的每个分子包含待分析的靶序列，其与选择的测序方法和测序仪器所必需的人工序列缀合。人工序列通常包括条形码，用于独特地标记单独分子或分子组的短核苷酸序列。独特分子条形码具有多种用途。标记和追踪每个单独的核酸分子使得能够检测极端罕见的序列，例如，在患者血液中以痕量存在和用于癌症的非侵入性早期检测和精确监测的循环肿瘤DNA(ctDNA)(参见Newman,A.,等人,(2014)AnultrasensitivemethodforquantitatingcirculatingtumorDNAwithbroadpatientcoverage,NatureMedicinedoi:10.1038/nm.3519.)。单一靶分子的整个后代用相同的条形码标记并形成条形码化家族。因此，条形码可用于错误校正。没有被条形码化家族的所有成员共享的序列变化作为伪像而非真正的突变被丢弃。条本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.从包含多种靶分子的样品制备靶核酸分子的文库的方法，所述方法对于基本上每种靶分子包括：a.将单一衔接子连接至靶分子，形成环状分子，其中所述衔接子包含两个条形码，位于两个条形码之间的两个引物结合位点，其中退火至所述结合位点的引物彼此背离，和位于两个引物结合位点之间的至少一个修饰的核苷酸，其实现核酸聚合酶的链合成的终止；b.使与所述衔接子互补的正向引物退火至所述靶分子的一条链；c.将所述正向引物延伸直至所述修饰的核苷酸，由此产生第一链；d.使与所述衔接子互补的反向引物退火至所述第一链；e.延伸所述第一引物，由此产生第二链和包含第一链和第二链的双链分子，其中两个条形码侧接所述靶序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.10.31 US 62/4152451.从包含多种靶分子的样品制备靶核酸分子的文库的方法，所述方法对于基本上每种靶分子包括：a.将单一衔接子连接至靶分子，形成环状分子，其中所述衔接子包含两个条形码，位于两个条形码之间的两个引物结合位点，其中退火至所述结合位点的引物彼此背离，和位于两个引物结合位点之间的至少一个修饰的核苷酸，其实现核酸聚合酶的链合成的终止；b.使与所述衔接子互补的正向引物退火至所述靶分子的一条链；c.将所述正向引物延伸直至所述修饰的核苷酸，由此产生第一链；d.使与所述衔接子互补的反向引物退火至所述第一链；e.延伸所述第一引物，由此产生第二链和包含第一链和第二链的双链分子，其中两个条形码侧接所述靶序列。2.权利要求1的方法，其中所述正向引物和反向引物中的至少一个包含与所述衔接子不互补且包含额外引物结合位点的5'-襟翼序列。3.权利要求2的方法，其进一步包括以下步骤：使额外引物退火至与正向引物中的襟翼序列互补的序列且延伸所述额外引物，由此产生包含两个额外引物位点和侧接所述靶序列的两个条形码的双链分子。4.权利要求1的方法，其中步骤a.中的所述靶分子和所述衔接子是单链的。5.权利要求1的方法，其中步骤a.中的所述靶分子和所述衔接子是双链的，且所述环状分子在步骤b中的所述引物的退火前至少部分变性。6.权利要求1的方法，其中所述条形码是4-20个碱基长的核苷酸序列。7.权利要求1的方法，其中实现核酸聚合酶的链合成的终止的修饰的核苷酸选自无碱基核苷酸、具有蛋白侧基的核苷酸、合成核苷酸AraC(阿糖胞苷)或脱氧尿嘧啶、异鸟嘌呤、5-甲基异胞嘧啶、乙二醇间隔基、具有大体积类似物诸如荧光团的核苷酸或非天然碱基对(UBP)“d5SICS-dNaM”核酸类似物。8.权利要求1的方法，其中连接选自突出端连接、T-A连接、平末端连接和拓扑异构酶催化的连接。9.权利要求1的方法，其中所述衔接子在一个末端具有光可裂解接头。10.靶核酸分子的文库，其中每个分子是环状分子，其包含靶序列和连接所述靶序列的末端...

【专利技术属性】
技术研发人员：T盖托切，A理查森，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH