拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用制造技术

本发明专利技术涉及拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用。提供一种微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，所述的微生物标志物为拟普雷沃菌属。

Application of Pseudoprevos in Identifying and/or Distinguishing Individuals of Different Races

The present invention relates to the application of Pseudoprevos in identifying and/or differentiating individuals of different races. An application of a microbial marker in identifying and/or differentiating individuals of different races is provided. The microbial marker is Pseudoprevos.

【技术实现步骤摘要】
拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用
本专利技术属于生物鉴别和/或区分领域，具体涉及拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用。
技术介绍
人体肠道中存在大量的共生菌群，其数量超过1000万亿个，大约是人体细胞总数的10倍。同时肠道内微生物基因的数量约为300万个，大约是人类基因组基因数量的100多倍，如此海量的基因能够帮助微生物适应多变的环境，形成了与人体密不可分的共生关系。不同遗传背景和生活习惯的居民其肠道菌群组成存在较大差异，例如拟杆菌属是西方居民肠道中相对含量最多且个体间差异最大的细菌属，韩国居民是栖粪杆菌属。目前我国不同种族肠道菌群结构差异对比的研究数据尚不足。拟普雷沃菌属属细菌拟杆菌门，厌氧，既往发现为机会致病菌。专利CN108148906A中公开了一种强直性脊柱炎肠道微生物标志物及其应用，所述的微生物标志由拟普雷沃菌属等组成。现有技术中并没有公开拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分人群种族中的应用。
技术实现思路
第一方面，本专利技术提供一种微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，所述的微生物标志物为拟普雷沃菌属。所述的拟普雷沃菌属包括坦纳拟普雷沃菌(Alloprevotellatannerae)。所述不同种族为藏族和汉族，优选为高原上的藏族和汉族。所述的高原为海拔2000m以上，具有低压、缺氧的条件。进一步优选的，所述的高原环境为海拔2700m以上，具有低压、缺氧的条件下。在本专利技术的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔3500m以上，具有低压、缺氧的条件下。在本专利技术的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔5500m以上，具有低压、缺氧的条件下。第二方面，本专利技术提供一种鉴别和/或区分不同种族个体的方法，所述的方法的步骤包括：(1)确定所述的个体的粪便或肠道内容物中的微生物标志物的丰度；(2)将微生物标志物的丰度值与阈值比较，得知个体的种族。优选的，所述的步骤(1)中利用测序法测定微生物标志物的丰度。更优选的，所述的步骤(1)中包括：1)收集待检测个体的粪便或肠道内容物，并提取粪便或肠道内容物中微生物的DNA；2)目的片段的扩增；3)测序；4)计算微生物标志物的丰度。所述的步骤1)中粪便或肠道内容物中微生物的DNA的提取方法选自：CTAB法、GITC法或利用商业化的试剂盒进行。优选的，利用CTAB法提取粪便或肠道内容物中微生物的DNA。具体的，将收集到的粪便或肠道内容物用CTAB、溶菌酶和裂解液处理后，用苯酚、氯仿和异戊醇处理使DNA游离及去除杂蛋白、利用异丙醇使DNA析出，用乙醇纯化DNA后得到粪便或肠道内容物中微生物的DNA。更具体的，收集待检测个体的粪便，吸取500-1000ulCTAB裂解液至EP管里，加入溶菌酶，将200-500ul左右的样品加入裂解液中，50-70℃水浴条件下反应，离心取上清，加苯酚(pH8.0)：氯仿：异戊醇(20-30：18-28：1)，颠倒混匀，10000-12000rpm离心10-15min。取上清，加氯仿：异戊醇(20-30:1)，颠倒混匀，10000-12000rpm离心10-15min。取上清，加入异丙醇，上下摇晃，-20℃沉淀。10000-12000rpm离心10-15min，将沉淀用乙醇洗涤2-5次，将沉淀晾干，加入水溶解沉淀，加RNaseA消化RNA后既得粪便或肠道内容物中微生物的DNA。所述的步骤2)中使用带Barcode的特异引物515F和806R对步骤(1)中获得的DNA进行扩增，所述的515F的序列为5’-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’(SEQIDNO：1)，所述的806R的序列为5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’(SEQIDNO：2)。所述的步骤3)中是利用高通量测序法对步骤(2)中获得的产物进行测序。所述的步骤4)中将测序得到的数据聚类成为OTUs(OperationalTaxonomicUnits)，对物种注释分析后，计算微生物标志物的丰度。具体的，所述的步骤4)中将步骤3)中测序得到的数据进行处理，利用Uparse软件(Uparsev7.0.1001，http://www.drive5.com/uparse/)对有效数据进行聚类成为OTUs(OperationalTaxonomicUnits)，用Mothur方法与SILVA(http://www.arb-silva.de/)的SSUrRNA数据库对OTUs序列进行物种注释分析，以(微生物标志物OTU值)/(检测样本检测到的所有菌属OTU值)表示微生物标志物相对丰度。所述的步骤(2)中将测得的微生物标志物的丰度与阈值比较，大于阈值为一个种族，小于阈值为另一个种族。所述的阈值是通过对已知种族的人群进行微生物标志物的丰度的检测后所建立的受试者工作特征曲线的约登指数为最大值时得到的微生物标志物的丰度。优选的，本专利技术提供一种鉴别和/或区分个体为藏族或汉族的方法，所述的方法的步骤包括：(1)确定所述的个体的粪便或肠道内容物中的拟普雷沃菌属的丰度；(2)将拟普雷沃菌属的丰度与阈值比较，所述的阈值为1.98×10-5，当个体的粪便或肠道内容物中的拟普雷沃菌属的丰度大于1.98×10-5，则该个体为藏族，当个体的粪便或肠道内容物中的拟普雷沃菌属的丰度小于1.98×10-5，则该个体为汉族。所述的步骤(1)中包括：1)收集待检测个体的粪便或肠道内容物，并提取粪便或肠道内容物中微生物的DNA；2)目的片段的扩增；3)测序；4)计算拟普雷沃菌属的丰度。所述的步骤1)中粪便或肠道内容物中微生物的DNA的提取方法选自：CTAB法、GITC法或利用商业化的试剂盒进行。优选的，利用CTAB法提取粪便或肠道内容物中微生物的DNA。具体的，将收集到的粪便或肠道内容物用CTAB、溶菌酶和裂解液处理后，用苯酚、氯仿和异戊醇处理使DNA游离及去除杂蛋白、利用异丙醇使DNA析出，用乙醇纯化DNA后得到粪便或肠道内容物中微生物的DNA。更具体的，收集待检测个体的粪便，吸取500-1000ulCTAB裂解液至EP管里，加入溶菌酶，将200-500ul左右的样品加入裂解液中，50-70℃水浴条件下反应，离心取上清，加苯酚(pH8.0)：氯仿：异戊醇(20-30：18-28：1)，颠倒混匀，10000-12000rpm离心10-15min。取上清，加氯仿：异戊醇(20-30:1)，颠倒混匀，10000-12000rpm离心10-15min。取上清，加入异丙醇，上下摇晃，-20℃沉淀。10000-12000rpm离心10-15min，将沉淀用乙醇洗涤2-5次，将沉淀晾干，加入水溶解沉淀，加RNaseA消化RNA后既得粪便或肠道内容物中微生物的DNA。所述的步骤2)中使用带Barcode的特异引物515F和806R对步骤(1)中获得的DNA进行扩增，所述的515F的序列为5’-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’(SEQIDNO：1)，所述的806R的序列为5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’(SEQIDNO：2)。所述的步骤3)中是利用高通量测序法对步骤(2)中获得的产物进行测序。所述的步骤4)中将测序得到的数据聚类成为OTUs(Operatio本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，所述的微生物标志物为拟普雷沃菌属。

【技术特征摘要】
1.一种微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，所述的微生物标志物为拟普雷沃菌属。2.根据权利要求1所述的微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，其特征在于，所述的拟普雷沃菌属包括坦纳拟普雷沃菌(Alloprevotellatannerae)。3.根据权利要求1所述的微生物标志物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，其特征在于，所述不同种族为藏族和汉族。4.一种鉴别和/或区分不同种族个体的方法，所述的方法的步骤包括：(1)确定所述的个体的粪便或肠道内容物中的微生物标志物的丰度；(2)将微生物标志物的丰度值与阈值比较，得知个体的种族；优选的，所述的步骤(1)中利用测序法测定微生物标志物的丰度。5.根据权利要求4所述的鉴别和/或区分不同种族个体的方法，其特征在于，所述的步骤(1)中包括：1)收集待检测个体的粪便或肠道内容物，并提取粪便或肠道内容物中微生物的DNA；2)目的片段的扩增；3)测序；4)计算微生物标志物的丰度。6.一种鉴别和/或区分个体为藏族或汉族的方法，所述的方法...

【专利技术属性】
技术研发人员：何昆仑，冯强，刘继轩，赵乐，兰翔，赵晓静，郝丽君，陈卉宁，史文杰，
申请(专利权)人：中国人民解放军总医院，
类型：发明
国别省市：北京,11