与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939制造技术

与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939。本发明专利技术提供了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO：1所示序列。本发明专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明专利技术的分子标记将基因组DNA序列与水稻稻瘟病抗性基因Pigm联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁。本发明专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。

Molecular Marker R060939 Closely Linked to Pigm, a Rice Blast Resistance Gene

Molecular marker R060939 closely linked to Pigm, a blast resistance gene in rice. The present invention provides a molecular marker closely linked to the rice blast resistance gene Pigm, which contains the sequence shown in SEQ ID NO:1. The invention also relates to a primer for amplifying the molecular marker, the use of the molecular marker and primer in mapping the rice blast resistance gene Pigm or rice genetic breeding, and a rice breeding method. The molecular marker of the invention links the genomic DNA sequence with the rice blast resistance gene Pigm, which is beneficial to the establishment of the rice molecular marker assisted breeding system, and is closely linked with the rice blast resistance gene Pigm. The molecular marker and the molecular marker amplification primer of the invention can be used in rice breeding practice, resources and variety identification simply, quickly and with high throughput.

【技术实现步骤摘要】
与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或水稻遗传育种中的用途。
技术介绍
水稻稻瘟病(RiceBlast)是水稻的重要病害之一,该病害可引起水稻产量大幅度减产，严重时减产40％～50％，甚至绝收。稻瘟病的防治对于我国粮食安全的保障起着至关重要的作用。目前种植抗病品种是防治该病害最经济有效的措施，但生产上的抗病品种较少且许多抗病品种在推广种植3～5年后就丧失了抗稻瘟病抗性。因此，培育出具有持久广谱抗稻瘟病的水稻是确保水稻安全生产的重要手段。传统抗病育种是根据分离群体的表现和育种者的经验进行选择，通常受环境条件、显隐性关系、基因上位等因素的影响，费时、费力、不准确，具体地，针对抗稻瘟病育种，在常规育种实践中，一般通过田间稻瘟病病菌接种实验或者在稻瘟病易发区来鉴定材料的稻瘟病抗性，通过实验，根据植株菌斑面积和发病叶片数等信息来判定苗子的稻瘟病抗性级别，进行分级，从而选择具有稻瘟病抗性的材料。总之，从鉴定一个植物抗病种到培育出抗病良种需花费十多年时间，而病原菌一旦侵袭，其扩散速度要比育种速度快得多。近年来生物技术的发展，尤其是分子标记技术的应用给水稻遗传育种带来了巨大变化。分子标记辅助选择为育种者提供了对目标性状进行选择的有效手段，它大大加速了育种进程，提高了育种选择效率，同时减少了盲目选择和人力、物力的大量浪费，展示出极其广阔的应用前景。目前，虽然已经定位了一些水稻稻瘟病的抗性基因和抗病位点，如Pi-a、Pii、Pik，Pigm等，但由于水稻抗稻瘟病的遗传机制较复杂，仍然缺乏足够数量的与抗稻瘟病性相关的QTLs及分子标记。随着基因组学和生物信息的发展，通过基因组测序，开发与抗稻瘟病基因尤其是具有广谱持久的抗性且对中国大多数稻瘟病生理小种具有抗性的Pigm基因紧密连锁的分子标记，将为水稻的遗传研究及育种开辟新的思路和方法。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记。本专利技术的另一目的是提供一种可用于PCR扩增与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记的引物对，以及由该引物对扩增获得的分子标记。本专利技术的再一目的是提供上述分子标记在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位、检测以及水稻辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。本专利技术的目的还包括提供一种包括上述分子标记的重组载体，以及含有该重组载体的重组细胞；提供一种包括使用上述分子标记的水稻稻瘟病抗性基因Pigm的定位方法，和使用所述分子标记的水稻辅助育种方法。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：本专利技术公开了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，所述分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQIDNO：1所示核苷酸序列。其中，需要说明的是，专利技术人针对Pigm基因具有广谱持久抗性的特点，利用分子标记技术，开发出了上述与Pigm基因连锁的标记。专利技术人发现，该分子标记与Pi2、Pi9、Pigm、Pi50、Piz、Piz-t等稻瘟病抗性基因均紧密连锁，其将在培育水稻抗稻瘟病新品种中发挥重要的作用。利用该标记可以迅速将具有广谱性的抗稻瘟病基因实现聚合，用于抗病育种时能够培育出持久广谱抗性品种。本专利技术还公开了一种扩增与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对扩增的目标序列包含SEQIDNO：1所示序列；在本专利技术的一个实施方案中，所述引物对的引物1含有SEQIDNO：2所示核苷酸序列，引物2含有SEQIDNO：3所示核苷酸序列。在本专利技术的另一实施方案中，所述引物1为SEQIDNO：2所示核苷酸序列，所述引物2为SEQIDNO：3所示核苷酸序列。本专利技术还公开了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述引物对以抗稻瘟病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。优选的由上述引物对扩增得到的分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段)为水稻基因组中SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的SEQIDNO：1的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是水稻基因组中的序列，优选的，为水稻基因组中SEQIDNO：1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测抗白叶病的水稻基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有SEQIDNO：1所示的序列。SEQIDNO：1的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、小于800bp、或者小于500bp。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的SEQIDNO：1的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、终止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本专利技术中定义为一种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于SEQIDNO：1的一个位置上，以致该控制序列指导SEQIDNO：1编码的多肽的产生。本专利技术还公开了一种载体，其含有本专利技术的分子标记。所述载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达重组载体或者克隆重组载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以理解，根据不同的需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重组细胞。因此，本专利技术还公开了一种含有所述重组载体的重组细胞。本专利技术还公开了本专利技术的分子标记的制备方法，包括下述步骤：使用抗稻瘟病的水稻基因组DNA作为模板，以上述引物对进行PCR扩增，得到的扩增产物即含有所述分子标记；优选地，还包括将PCR扩增产物进行纯化的步骤。对本领域技术人员而言，可以理解，也可以DNA化学合成的方法得到本专利技术的分子标记。本专利技术还公开了本专利技术的分子标记的检测方法，包括步骤：根据上述分子标记的核苷酸序列设计引物，以被检测水稻基因组DNA为模板进行扩增，并判断扩增产物中是否存在该分子标记。优选的，所述引物为上述分别含有SEQIDNO：2和SEQIDNO：3的引物对。例如，可以以被检测水稻的基因组DNA为模板，以上述引物(SEQIDNO：2和SEQIDNO：3)进行PCR扩增，得到扩增产物。可以将得到的扩增产物进行测序或者凝胶电泳。本专利技术还公开所述分子标记或者所述分子标记引物对在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或检测中的用途。本专利技术还公开了一种水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位的方法，所述方法包括使用本专利技术的分子标记或分子标记引物对的步骤。本专利技术还公开了所述的分子标记或者所述分子标记引物对在水稻辅助育种中的用途。本专利技术还公开了一种水稻辅助育种方法，所述方法包括检测本专利技术的分子标记或用本专利技术的分子标记引物对进行检测的步骤。本专利技术的分子标记可用于今后的分子标记辅助育种本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SEQ ID NO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列。

【技术特征摘要】
1.一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQIDNO：1所示核苷酸序列。2.一种可用于扩增与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记的引物对，其特征在于扩增的目标序列包含SEQIDNO：1所示序列；优选的，所述引物对的引物1包含SEQIDNO：2所示序列，引物2包含SEQIDNO：3所示序列；更优选的，引物1为SEQIDNO：2所示序列，引物2为SEQIDNO：3所示序列。3.一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记是由权利要求2所述的引物对以抗稻瘟病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQIDNO：1所示...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯军亮，伏琦，董扬，李泽桦，李勇，杨麒生，喻涵，
申请(专利权)人：中国农业科学院深圳生物育种创新研究院，深圳市华大农业应用研究院，深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44