The invention discloses a probe and a method for hybridizing and capturing gene duplication regions. Among them, the probe is a primer probe with a detection tag at the end of 3', which is located in the conservative region or the specific region beside the repeat region of the target gene. Using the principle of primer amplification extension, the technical scheme of the present invention uses primer extension to require the specificity of sequence, especially the 3'terminal sequence, to be greater than that of base complementary pairing sequence in hybridization capture, and uses the conservative region beside the target gene repeat region or the relative specific location within the repeat region as the 3' terminal with the highest primer specificity requirement. Primer probes with detection markers are used as capture probes, combining with the traditional liquid phase hybridization capture system, which can specifically improve the capture efficiency of gene duplication regions.
【技术实现步骤摘要】
对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法
本专利技术涉及生物
,具体而言,涉及一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法。
技术介绍
液相杂交捕获技术是根据碱基互补原则发展而来的,通过在溶液中目标DNA片段和已带有生物素标记的探针直接杂交,然后通过生物素亲和素的反应使目标DNA片段锚定在带有亲和素的磁珠上。磁珠由磁微粒与高纯度链霉亲和素共价结合而成,可用于捕获生物素标记的底物,生物素-链霉亲和素的相互作用很强,非特异性结合率很低,使得被捕获的底物可满足后续实验要求。通过清洗磁珠洗去非目标DNA,再通过洗脱磁珠获取目的区域DNA。人类基因组中存在着大量的重复序列,重复序列往往具有很高的拷贝数,在基因组杂交实验中会与目的片段发生竞争性杂交,导致真正的目的序列杂交效率降低。人Cot-1DNA是胎盘DNA,长度主要为50至300bp,富含重复的DNA序列,比如Alu和Kpn家族成员。因此在传统杂交过程中,往往通过加入HumanCot1DNA作为封闭剂用于封闭基因组中重复序列以提高捕获效率。但是部分重要癌症相关基因的区域内同样存在重复序列,虽然这些区域是我们希望进行捕获 ...
【技术保护点】
1.一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针,其特征在于,所述探针是以目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置作为3’末端的具有检测标记的引物探针;所述引物探针的5’端具有Illumina P5接头序列;所述检测标记为在所述引物探针的5’端加入的生物素修饰;所述引物探针的长度为63bp~73bp;所述引物探针能够匹配在目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置的长度为5bp~20bp。
【技术特征摘要】
1.一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针,其特征在于,所述探针是以目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置作为3’末端的具有检测标记的引物探针;所述引物探针的5’端具有IlluminaP5接头序列;所述检测标记为在所述引物探针的5’端加入的生物素修饰;所述引物探针的长度为63bp~73bp;所述引物探针能够匹配在目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置的长度为5bp~20bp。2.根据权利要求1所述的探针,其特征在于,所述引物探针能够匹配在目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置的长度为10bp。3.根据权利要求1所述的探...
【专利技术属性】
技术研发人员:梁永,王棪,李雷,成岗,李瑞强,
申请(专利权)人:天津诺禾医学检验所有限公司,
类型:发明
国别省市:天津,12
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