一种自动化的检测报告生成方法技术

本发明专利技术公开了一种自动化的检测报告生成方法，其特征在于，包括如下步骤：用户访问服务器，登陆index.html界面；选择样本信息文件和/或检测结果文件；服务器main.go读取文件保存至服务器，设置参数，调用后台auto_med_report.py，读取文件信息，生成报告；所述服务器返回报告生成结果及报告路径至所述index.html界面，生成最终供下载分析的报告。使用本方法，报告人员仅需通过网页浏览器访问服务器，通过可视化网页界面，上传符合要求的相应文件，一次运行即可获得多个样本对应的最终检测报告，操作简单，极大提升了工作效率，避免了人工输入错误，缩短了项目周期。

An Automated Method for Generating Detection Report

【技术实现步骤摘要】
一种自动化的检测报告生成方法
本专利技术涉及基因测序领域，具体涉及一种自动化的检测报告生成方法。
技术介绍
早期的检测报告生成是由报告人员手动将受测者信息、检测结果及代谢能力风险填入报告模板中，效率较低，容易出错，增加了人力成本。本方法的主要用途是能够自动化、批量化地根据检测结果信息帮助报告使用者进行判断和建议，并整合样本信息，最终生成完整的检测报告。
技术实现思路
为了克服现有技术存在的上述缺陷，本专利技术的目的在于提供一种自动化的检测报告生成方法。为了实现本专利技术的目的，所采用的技术方案是：一种自动化的检测报告生成方法，包括如下步骤：用户访问服务器，登陆index.html界面；选择样本信息文件和/或检测结果文件；服务器main.go读取文件保存至服务器，设置参数，调用后台auto_med_report.py，读取文件信息，生成报告；所述服务器返回报告生成结果及报告路径至所述index.html界面，生成最终供下载分析的报告。一种自动化的检测报告生成方法，具体而言，包括如下步骤：登陆账号后，将目标数据上传服务器，以命令：cd/report进入报告路径；使用脚本：./med_auto_report_v1.6.py-iinput/Sample_info_2018.06.13.xlsx-rinput/folate_20180913.xlsx处理输入信息，输出报告；输出目录：/report/auto_report_out，生成报告文件夹并自动导出。在本专利技术的一个优选实施例中，所述选择样本信息文件和/或检测结果文件包括检测对象的叶酸水平数据和/或钙水平数据。在本专利技术的一个优选实施例中，所述的叶酸水平数据包括从“叶酸检测记录单-(日期).xlsx”中读取对应样本的MTHFR、MTRR、SLC19A1、MTHFR_S2四个检测位点的变异信息和/或判定结果。在本专利技术的一个优选实施例中，所述的钙水平数据包括从“孕妇钙检测记录单-(日期).xlsx”中读取对应样本的ESR1-S2、VDR-S3、VDR-S2、VDR-S1和ESR1-S1五个检测位点的变异信息和/或判定结果。本专利技术的有益效果在于：使用本方法，报告人员仅需通过网页浏览器访问服务器，通过可视化网页界面，上传符合要求的相应文件，一次运行即可获得多个样本对应的最终检测报告，操作简单，极大提升了工作效率，避免了人工输入错误，缩短了项目周期。附图说明图1为本专利技术的流程示意图。图2为实施例1、2的流程示意图。图3为本专利技术生成的钙检测报告中的样本信息和检测结果示意图。图4为本专利技术生成的钙检测报告中的报告解读示意图。图5为本专利技术的输入文件“样本信息登记表”示意图。图6为本专利技术的输入文件“孕妇钙检测记录单”示意图。图7为本专利技术的操作方法示意图。图8为本专利技术的运行结果示意图。具体实施方式以下通过实施例对本专利技术作进一步的说明，但这些实施例不得用于解释对本专利技术的限制。实施例1：实施例1是针对叶酸水平的实施例，具体如下：叶酸是具有相关生物活性的一类同效水溶性维生素，为细胞的生长、繁殖必需物质，参与体内很多重要的代谢反应，作为体内一碳单位的传递体，叶酸参与嘌呤、胸腺嘧啶、核苷酸等多种物质的合成和转化，同时影响磷脂、肌酸、神经介质的生成，促进神经细胞和脑细胞发育。孕妇体内低叶酸环境下，生育神经管缺陷的患儿的风险大大增加。参与叶酸代谢最重要的两个基因是亚甲基四氢叶酸还原酶基因(MTHFR)和甲硫氨酸合成酶还原酶基因(MTRR)。通过荧光PCR对孕妇的MTHFR、MTRR、SLC19A1、MTHFR_S2四个单核苷酸多态性位点进行检测，能够指导备孕夫妇或孕妇的叶酸补充计量，降低胎儿出生缺陷；对心脑血管等慢病具有预警作用，可提前敢于；指导个性化健康管理方案，调整饮食结构。早期的检测报告生成是由报告人员手动将受测者信息、检测结果及代谢能力风险填入报告模板中，效率较低，容易出错，增加了人力成本。本方法的主要用途是能够自动化、批量化地根据检测结果信息判断受检孕妇的叶酸代谢能力风险，提供孕期叶酸剂量补充建议，并整合样本信息，最终生成完整的检测报告。使用本方法，报告人员仅需通过网页浏览器访问服务器，通过可视化网页界面，上传符合要求的相应文件，一次运行即可获得多个样本对应的最终检测报告，操作简单，极大提升了工作效率，避免了人工输入错误，缩短了项目周期。参见图2，针对叶酸水平的自动化的检测报告生成方法流程如下：输入参数med_auto_report.py需要以下的输入参数。一般情况下，当用户通过访问服务器对应端口，使用index.html界面操作时，会由服务器端main.go程序自动设置相应输入参数并调用med_auto_report.py，无需手动设置调用，具体见表1。表1运行流程从“样本信息登记表(日期).xlsx”中读取各个样本信息，包括样本编号、来源、姓名、性别、年龄、样本类型、采样信息、检测信息等。根据样本信息，从“叶酸检测记录单-(日期).xlsx”中读取对应样本的MTHFR、MTRR、SLC19A1、MTHFR_S2四个检测位点的变异信息及判定结果。根据判定结果，计算对应的叶酸代谢风险程度及叶酸摄入建议。将以上信息，包括样本信息、变异位点信息、风险程度、以及摄入建议汇总，导入同路径下的folate_test_report_template.docx报告模板文件中。将每个样本的报告文件保存在./auto_report_out/对应路径下，将同一批样本报告打包，在./auto_report_out/对应路径下生成一个zip文件，供用户下载。输出文件表2实施例2：实施例2是针对钙水平的实施例，具体如下：钙是生物必需的元素。孕妇缺钙容易导致四肢无力、经常抽筋、麻木，牙齿松动，关节、骨盆疼痛，头晕等症状。若是过量补钙，又会严重影响铁、锌、镁、磷的吸收，严重的还会引起尿路结石、高钙血症、碱中毒。更有可能影响宝宝智力发育、骨骼发育，降低宝宝的免疫力，导致血管硬化、影响视力和心脏功能，增加宝宝今后患泌尿系统结石的风险。钙代谢的相关基因(VDR、ESR等)具有多态性，因此不同个体对于钙的吸收和代谢能力存在一定差异。通过对钙代谢相关基因进行检测，可以使受检者了解自身基因的整体情况，结合医生提供的专业意见，制定合理的补钙方案，使身体处于合理的状态，避免出现缺钙、过量补钙的情况。早期的检测报告生成是由报告人员手动将受测者信息、检测结果及代谢能力风险填入报告模板中，效率较低，容易出错，增加了人力成本。本方法的主要用途是能够自动化、批量化地根据检测结果信息判断受检孕妇的钙代谢能力风险，提供孕期钙剂量补充建议，并整合样本信息，最终生成完整的检测报告。使用本方法，报告人员仅需通过网页浏览器访问服务器，通过可视化网页界面，上传符合要求的相应文件，一次运行即可获得多个样本对应的最终检测报告，操作简单，极大提升了工作效率，避免了人工输入错误，缩短了项目周期。参见图2，针对钙水平的自动化的检测报告生成方法流程如下：输入参数med_auto_report.py需要以下的输入参数。一般情况下，当用户通过访问服务器对应端口，使用index.html界面操作时，会由服务器端main.go程序自动设置相应输入参数并调用med_auto_r本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种自动化的检测报告生成方法，其特征在于，包括如下步骤：用户访问服务器地址，自动登陆报告index.html图形界面；选择样本信息文件和/或检测结果文件，点击上传按钮；服务器main.go自动读取文件保存至服务器，自动设置参数，调用后台auto_med_report.py，读取文件信息，生成报告；所述服务器返回报告生成结果及报告路径至所述index.html界面，生成最终供下载分析的报告，点击链接即可下载报告。

【技术特征摘要】
1.一种自动化的检测报告生成方法，其特征在于，包括如下步骤：用户访问服务器地址，自动登陆报告index.html图形界面；选择样本信息文件和/或检测结果文件，点击上传按钮；服务器main.go自动读取文件保存至服务器，自动设置参数，调用后台auto_med_report.py，读取文件信息，生成报告；所述服务器返回报告生成结果及报告路径至所述index.html界面，生成最终供下载分析的报告，点击链接即可下载报告。2.如权利要求1所述的一种自动化的检测报告生成方法，其特征在于，包括如下步骤：登陆账号后，将目标数据上传服务器，以命令：cd/report进入报告路径；使用脚本：./med_auto_report_v1.6.py-iinput/Sample_info_2018.06.13.xlsx-rinput/folate_20180913.x...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁覃斯，刘冬雨，宋二玲，张宇清，孙子奎，
申请(专利权)人：上海派森诺医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31