用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒，包括捕获探针，所述捕获探针由17个主要探针和对照探针组成，17个主要探针是针对HBZ/HBZP1/HBA2/HBA1/HBQ1/HS‑40基因区域设计的，所述捕获探针对目标区域进行捕获，测序，通过数据分析估算HBA1基因和HBA2基因外显子1和外显子3的拷贝数，并对缺失类型进行基因分型。经实验验证，本发明专利技术试剂盒能准确检测捕获α地中海贫血相关基因拷贝数并进行缺失类型分型，检测灵敏度为100％，特异性为99.89％，精度为96.55％，准确性为99.90％。解决了现有方法错误率较高、稳定性不好、通量较小、特异性差，尤其是对HBA1和HBA2基因的高度同源性欠缺考虑等问题，还用于解决HBA1和HBA2基因高度同源性以及缺失类型种类多且难以区分等问题。

A Kit for Detecting Copy Number of Alpha Thalassemia Related Genes

The invention discloses a detection kit for capturing copies of alpha-thalassemia-related genes, including a capture probe, which consists of 17 main probes and control probes. The 17 main probes are designed for the HBZ/HBZP1/HBA2/HBA1/HBQ1/HS_40 gene region. The capture probe captures the target region, sequences and estimates the HBA1 gene region through data analysis. The number of copies of exon 1 and exon 3 of HBA2 gene and the deletion types were genotyped. The experimental results show that the kit can accurately detect the number of copies of genes related to capturing alpha-thalassemia and classify the deletion types. The sensitivity, specificity, accuracy and accuracy of the kit are 100%, 99.89%, 96.55% and 99.90%, respectively. It solves the problems of high error rate, poor stability, low throughput and poor specificity of existing methods, especially the lack of consideration of high homology between HBA1 and HBA2 genes. It also solves the problems of high homology between HBA1 and HBA2 genes, as well as many types of deletion and difficult to distinguish.

【技术实现步骤摘要】
用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒
本专利技术属于体外诊断领域，具体涉及用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒。
技术介绍
地中海贫血是严重威胁人类健康的致死致残的常染色体隐性遗传性血液病。全球约2％的人为地中海贫血基因的携带者，在我国南方高发病地区的人群携带率为3％-24％。地中海贫血是由于珠蛋白基因发生缺陷，导致肽链合成减少或缺失的遗传性溶血性血红蛋白病。临床上地中海贫血又分为轻型(地中海贫血携带者)，中间型和重型。临床上表现出特殊的地中海贫血面容—头颅增大、颧骨突出、眼距增宽、鼻梁低平，根据病情的轻重表现为小细胞低色素，溶血性贫血伴黄疸，疲乏无力，肝脾肿大，不定期或定期输血，水肿胎或过多铁沉积导致心力衰竭致死。α-地中海贫血主要由α-珠蛋白基因发生缺失所引起，并且缺失范围具有很大的异质性，可以是仅涉及HBA1和HBA2基因附近的几千个碱基对的缺失，更多的是包含2个HBA1和HBA2基因在内的涉及几万到几十万碱基对的缺失，甚至整个α珠蛋白基因簇的丢失。此外，还有只包含α基因上游调控区的片段的缺失。目前全球已鉴定的α地中海贫血缺失超过20种，不同种族的α-珠蛋白基因本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒，其特征在于：包括捕获探针，所述捕获探针由17个主要探针和对照探针组成；17个主要探针见表1：表1

【技术特征摘要】
2019.01.21 CN 20191005193211.一种用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒，其特征在于：包括捕获探针，所述捕获探针由17个主要探针和对照探针组成；17个主要探针见表1：表1所述捕获探针对目标区域进行捕获，测序，通过数据分析估算HBA1基因和HBA2基因外显子1和外显子3的拷贝数，并对缺失类型进行基因分型。2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述主要探针为针对α珠蛋白基因簇上X、Y、Z同源盒之间的非同源区设计，并且包含所有用于估算拷贝数的特征位点；此外充分考虑HBA1基因和HBA2基因的高度同源性，其中针对HBA1基因和/HBA2基因区间所设计的捕获探针至少包含一个能够区分HBA1基因和HBA2基因的差异位点。3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述特征位点通过训练集经过如下步骤筛选；包括：(1)挑选能够区分HBA1基因以及HBA2基因的差异位点；(2)挑选HBA1基因以及HBA2基因上其它位点，即除HBA1和HBA2基因差异位点外的其它位点，所挑选位点避开多态位点、常见SNP变异位点；(3)挑选HBZ、HBQ1、HBZP1基因外显子区域上的位点，所挑选位点均匀分布各基因外显子区域，并避开高度同源区、回文序列区域、多态位点、常见SNP变异位点；(4)根据训练集进一步筛选步骤(1)(2)(3)所选位点，其中所选位点在训练集中经过两步标准化之后的覆盖深度的标准差小于0.18；将经过该四步筛选得到的位点定义为特征位点，所选77个特征位点，如下所示：染色体chr16，坐标203900，核苷酸A染色体chr16，坐标203950，核苷酸G染色体chr16，坐标204000，核苷酸A染色体chr16，坐标204050，核苷酸G染色体chr16，坐标204400，核苷酸C染色体chr16，坐标214480，核苷酸G染色体chr16，坐标214500，核苷酸A染色体chr16，坐标214505，核苷酸A染色体chr16，坐标214600，核苷酸G染色体chr16，坐标214605，核苷酸T染色体chr16，坐标219818，核苷酸T染色体chr16，坐标219853，核苷酸C染色体chr16，坐标219922，核苷酸G染色体chr16，坐标221062，核苷酸C染色体chr16，坐标221082，核苷酸A染色体chr16，坐标221108，核苷酸C染色体chr16，坐标221128，核苷酸C染色体chr16，坐标223383，核苷酸C染色体chr16，坐标223447，核苷酸C染色体chr16，坐标223614，核苷酸G染色体chr16，坐标223618，核苷酸T染色体chr16，坐标223620，核苷酸C染色体chr16，坐标223622，核苷酸T染色体chr16，坐标223625，核苷酸T染色体chr16，坐标223631，核苷酸C染色体chr16，坐标223632，核苷酸T染色体chr16，坐标223643，核苷酸A染色体chr16，坐标223644，核苷酸C染色体chr16，坐标223646，核苷酸G染色体chr16，坐标223648，核苷酸C染色体chr16，坐标223661，核苷酸C染色体chr16，坐标223663，核苷酸T染色体chr16，坐标223670，核苷酸G染色体chr16，坐标223673，核苷酸C染色体chr16，坐标223678，核苷酸T染色体chr16，坐标225100，核苷酸A染色体chr16，坐标225120，核苷酸G染色体chr16，坐标225141，核苷酸G染色体chr16，坐标225161，核苷酸C染色体chr16，坐标225181，核苷酸C染色体chr16，坐标225735，核苷酸T染色体chr16，坐标225745，核苷酸C染色体chr16，坐标225755，核苷酸A染色体chr16，坐标225765，核苷酸G染色体chr16，坐标225780，核苷酸T染色体chr16，坐标226043，核苷酸T染色体chr16，坐标226220，核苷酸C染色体chr16，坐标226221，核苷酸C染色体chr16，坐标226673，核苷酸C染色体chr16，坐标227187，核苷酸C染色体chr16，坐标227250，核苷酸C染色体chr16，坐标227253，核苷酸G染色体chr16，坐标227258，核苷酸C染色体chr16，坐标227425，核苷酸G染色体chr16，坐标227429，核苷酸T染色体chr16，坐标227431，核苷酸C染色体chr16，坐标227433，核苷酸T染色体chr16，坐标227436，核苷酸T染色体chr16，坐标227442，核苷酸T染色体chr16，坐标227443，核苷酸T染色体chr16，坐标227454，核苷酸C染色体chr16，坐标227455，核苷酸C染色体chr16，坐标227457，核苷酸G染色体chr16，坐标227459，核苷酸C染色体chr16，坐标227472，核苷酸C染色体chr16，坐标227474，核苷酸T染色体chr16，坐标227481，核苷酸G染色体chr16，坐标227484，核苷酸C染色体chr16，坐标227487，核苷酸C染色体chr16，坐标227488，核苷酸C染色体chr16，坐标227490，核苷酸T染色体chr16，坐标230700，核苷酸C染色体chr16，坐标230750，核苷酸A染色体chr16，坐标231000，核苷酸T染色体chr16，坐标231050，核苷酸T染色体ch...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶程晨，孟鑫，蔡秋娴，旷婷，
申请(专利权)人：明码上海生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31