The present invention discloses SSR primer pair and screening method and application of Rhododendron Yunjin based on transcriptome sequencing development. It belongs to the field of biotechnology. The primer is based on transcriptome sequencing and sequence analysis. On the basis of transcriptome sequencing, a large number of data are screened to obtain UniGene sequence rich in SSR loci and design primers for SSR markers, which overcomes the obstacles of low number of SSR molecular markers and low development efficiency in Rhododendron yunnanensis. The validity of SSR primers in Rhododendron yunnanensis population was validated, which laid a foundation for genetic research of Rhododendron yunnanensis such as genetic diversity, genetic linkage map structure, QTL mapping and molecular marker assisted breeding.
【技术实现步骤摘要】
基于转录组测序开发的云锦杜鹃SSR引物对及筛选方法与应用
本专利技术属于生物
,具体涉及基于转录组测序开发的云锦杜鹃SSR引物对及筛选方法与应用。
技术介绍
云锦杜鹃(RhododendronfortuneiLindl.)是一种主要生长在海拔600-2000m的常绿灌木或小乔木,中国特有的杜鹃属物种,云锦杜鹃是常绿杜鹃亚属的代表种和杜鹃属植物种间杂种的重要祖先亲本,山顶生态功能重要的维持者,在我国陕西、湖南、浙江、湖北、江西、广西、贵州、云南、福建等省份均有分布,花朵有香味,且抗性较强,具有较高的观赏价值和经济价值。关于云锦杜鹃的研究报道主要集中于区域性云锦杜鹃植物形态学特征、资源分布、资源评价、扦插繁殖技术、离体快繁技术、引种栽培等。云锦杜鹃SSR分子标记的开发可为云锦杜鹃种质资源评价、杂交育种、杜鹃花属植物亲缘关系、群体结构等分析提供参考。简单重复序列(Simplesequencerepeats,SSR)是指2-6个核苷酸基本单位重复多次的DNA序列,广泛分布在真核生物基因组、多态信息量高,共显性遗传、重复性好、特异性强,广泛应用于植物品种纯度鉴定、分子标记辅助育种、遗传图谱构建、功能基因定位、遗传多样性分析等研究中。SSR分子标记可分为基因组SSR(genomic-SSR)和转录组SSR(EST-SSR),genomic-SSR的开发需要经过基因组文库构建、探针杂交、测序等步骤,成本高且效率低,在非模式植物中难以大规模开展。目前,基于转录组数据开发的EST-SSR标记在豇豆、芝麻等多个植物内报道。此外,由于杜鹃花的基因组尚未测序或者测序数据尚未 ...
【技术保护点】
1.一种基于转录组测序开发的云锦杜鹃EST‑SSR引物对,其特征在于,在检测过程中使用25对引物,所述引物分别为:
【技术特征摘要】
1.一种基于转录组测序开发的云锦杜鹃EST-SSR引物对,其特征在于,在检测过程中使用25对引物,所述引物分别为:2.根据权利要求1所述的云锦杜鹃EST-SSR引物对,其特征在于,所述引物对退火温度为:3.权利要求1或2所述的云锦杜鹃EST-SSR引物对的下述A1-A6中的任一种用途:A1、所述EST-SSR引物对在构建云锦杜鹃遗传图谱中的应用;A2、所述EST-SSR引物对在云锦杜鹃种质鉴定中的应用;A3、所述EST-SSR引物对在云锦杜鹃育种中的应用;A4、所述EST-SSR引物对在云锦杜鹃遗传多样性分析中的应用;A5、所述EST-SSR引物对在云锦杜鹃亲缘关系分析中的应用;A6、所述EST-SSR引物对在云锦杜鹃分子标记辅助育种中的应用。4.一种鉴定云锦杜鹃亲缘关系和遗传特性的试剂盒,包括权利要求1或2所述的25对EST-SSR引物。5.一种基于转录组测序开发云锦杜鹃EST-SSR引物的方法,其特征在于,包括:(1)选取云锦杜鹃盛花期新鲜花瓣材料,获取后用锡箔纸包裹置于液氮中速冻并迅速转移至-70度冰箱保存;采用高盐Trizol试剂和RNA结合柱的方法提取总RNA;(2)利用链特异性转录组文库构建试剂盒对总RNA先进行mRNA磁珠富集;将富集到的mRNA进行双链cDNA合成、末端修复...
【专利技术属性】
技术研发人员:王书珍,金卫斌,张明菊,李志良,夏奥雷,张羽佳,黄诗颖,
申请(专利权)人:黄冈师范学院,
类型:发明
国别省市:湖北,42
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