用于检测酒精代谢基因多态性的引物组、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种酒精代谢基因多态性检测引物组，包括：(1)针对ADH1B基因(rs1229984，c.143G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.1所示的上游引物、SEQ ID No.2所示的下游引物和SEQ ID No.3所示的探针；(2)针对ALDH2基因(rs671，c.1510G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.4所示的上游引物、SEQ ID No.5所示的下游引物和SEQ ID No.6所示的探针；(3)针对GABRA2基因(rs279845，c.255+4909A>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.7所示的上游引物、SEQ ID No.8所示的下游引物和SEQ ID No.9所示的探针。本发明专利技术还公开了检测引物组的用途及一种酒精代谢基因多态性检测试剂盒。本发明专利技术提供的检测引物可在单管PCR体系中同时完成三个位点的基因分型，操作简单方便，特异性强，灵敏度高，准确性高，结果易于判读。

Primers, Kits and Applications for Detecting Polymorphisms of Alcohol Metabolism Genes

The invention discloses a primer group for polymorphism detection of alcohol metabolism gene, including: (1) detection primers for polymorphism loci of ADH1B gene (rs1229984, c.143G>A): upstream primers as shown in SEQ ID No.1, downstream primers as shown in SEQ ID No.2 and probes as shown in SEQ ID No.3; (2) detection primers for polymorphism loci of ALDH2 gene (rs671, c.1510G>A): such as SEQ ID No.4. The upstream primers shown, the downstream primers shown in SEQ ID No.5 and the probes shown in SEQ ID No.6; (3) the detection primers for the polymorphic loci of GABRA2 gene (rs279845, c.255+4909A>T): the upstream primers shown in SEQ ID No.7, the downstream primers shown in SEQ ID No.8 and the probes shown in SEQ ID No.9. The invention also discloses the use of detection primers and a polymorphism detection kit for alcohol metabolism genes. The detection primer provided by the invention can simultaneously complete the genotyping of three loci in a single-tube PCR system. The operation is simple and convenient, the specificity is strong, the sensitivity is high, the accuracy is high, and the result is easy to interpret.

【技术实现步骤摘要】
用于检测酒精代谢基因多态性的引物组、试剂盒及其应用
本专利技术涉及基因分型
，尤其是一种用于检测酒精代谢基因多态性的引物组、试剂盒及其应用。
技术介绍
乙醇本身并不是致癌物质，但是它的主要代谢产物-乙醛，被认为是乙醇的代谢产物中对人体致癌性最强的物质，已被国际癌症研究机构定义为人类I类致癌物。研究发现当乙醇被摄入人体后，其先被乙醇脱氢酶代谢为乙醛，然后乙醛又被乙醛脱氢酶氧化为乙酸。乙醇脱氢酶-1B(ADH1B)和乙醛脱氢酶2(ALDH2)的活性分别决定了人体中乙醇转化为乙醛和乙醛转化为乙酸的效率。ADH1B基因在第3外显子处变异(rs1229984，c.143G>A)，由野生等位基因GG型变异为GA杂合型和AA纯合突变型均可增加酶活性；而ALDH2基因第12外显子处变异(rs671，c.1510G>A)由野生等位基因GG型变异为GA杂合型和AA纯合突变型，可显著降低酶活性，是个体间乙醇代谢差异主要遗传影响因子。再者，已有研究表明GABRA2与酒精依赖密切相关，编码GABRA2的基因位于染色体4p12，不同GABRA2基因型(rs279845，c.255+4909A>T，表示编码区第255个碱基后的第4909个内含子位置的碱基A突变为T)，其酒精成瘾风险不同，基因型AA和AT人群酒精成瘾风险较高，基因型TT人群酒精成瘾风险较低。另外，ALDH在硝酸甘油生物转化过程中起重要作用，线粒体ALDH2是使硝酸甘油活化并释放NO的关键酶。研究数据表明rs671位点野生型基因GG患者硝酸甘油治疗心绞痛的疗效明显优于杂合型基因GA和纯合突变型基因AA患者。由此可见，通过检测ADH1B、ALDH2和GABRA2基因多态性，对人群进行基因分型，可以从分子水平评估个体对酒精代谢程度和对酒精的成瘾程度，同时可预测硝酸甘油治疗心绞痛的疗效。
技术实现思路
基于上述问题，本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一种酒精代谢基因多态性检测引物组，其在用于酒精代谢基因多态性检测时具有可在单管PCR体系中同时完成ADH1B基因(rs1229984，c.143G>A)多态性位点、ALDH2基因(rs671，c.1510G>A)多态性位点和GABRA2基因(rs279845，c.255+4909A>T)多态性位点三个位点的基因分型，具有操作简单方便，特异性强，灵敏度高，准确性高等优点。为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案包括以下几个方面：在第一个方面，本专利技术提供了一种酒精代谢基因多态性检测引物组，包括以下引物：(1)针对ADH1B基因(rs1229984，c.143G>A)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.1所示的上游引物、SEQIDNo.2所示的下游引物和SEQIDNo.3所示的探针；(2)针对ALDH2基因(rs671，c.1510G>A)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.4所示的上游引物、SEQIDNo.5所示的下游引物和SEQIDNo.6所示的探针；(3)针对GABRA2基因(rs279845，c.255+4909A>T)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.7所示的上游引物、SEQIDNo.8所示的下游引物和SEQIDNo.9所示的探针；所述SEQIDNo.3所示的探针、SEQIDNo.6所示的探针和SEQIDNo.9所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。其中，引物和探针具体的碱基序列如下所示：ADH1Brs1229984引物F：AGGGAAGGTAGAGAAGGGCTTT(SEQIDNo.1)；ADH1Brs1229984引物R：AACCACACGTGTTCCCTGAG(SEQIDNo.2)；ADH1Brs1229984探针P：5’ROX-CTGTAGGAATCTGTCGCACATATGACCACGT-3’BHQ2(SEQIDNo.3)；ALDH2rs671引物F：GTCACCCTTTGGTGGCTACA(SEQIDNo.4)；ALDH2rs671引物R：AGGCTGGGTCTTTACCCTCT(SEQIDNo.5)；ALDH2rs671探针P：5’CY5-AGGCATACACTGAAGGGAAAACTGTG-3’BHQ2(SEQIDNo.6)；GABRA2rs279845引物F：TGCCATGTTTGTCACAGGTT(SEQIDNo.7)；GABRA2rs279845引物R：GGCTAAGAAGCAGGCAGTCT(SEQIDNo.8)；GABRA2rs279845探针P：5’FAM-AGTAGCTTCTGGAGATTCTAAGAGATAAT-3’BHQ1(SEQIDNo.9)。优选地，所述SEQIDNo.3所示的探针5’端连接的荧光报告基团为ROX，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ2；所述SEQIDNo.6所示的探针5’端连接的荧光报告基团为CY5，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ2；所述SEQIDNo.9所示的探针5’端连接的荧光报告基团为FAM，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ1。优选地，所述引物组的工作浓度为：SEQIDNo.1所示的上游引物0.01-0.15umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物0.1-1.5umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.02-0.6umol/L；SEQIDNo.4所示的上游引物0.01-0.15umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.2-3.0umol/L、SEQIDNo.6所示的探针0.05-0.7umol/L；SEQIDNo.7所示的上游引物0.02-0.3umol/L、SEQIDNo.8所示的下游引物0.2-3.0umol/L、SEQIDNo.9所示的探针0.01-0.2umol/L。在第二个方面，本专利技术提供了第一个方面的检测引物组在制备酒精代谢基因多态性检测试剂中的用途。在第三个方面，本专利技术提供了一种酒精代谢基因多态性检测试剂盒，包含第一个方面的检测引物组。优选地，所述试剂盒还包含以下组分：PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs和DNA聚合酶；所述PCR缓冲液包含Tris-HCl和KCl。更优选地，所述PCR缓冲液的pH值为8.2-9.3；优选地，所述Mg2+由MgCl2提供；优选地，所述dNTPs包含dATP、dGTP、dTTP和dCTP，且所述dATP、dGTP、dTTP和dCTP的浓度相同。优选地，所述组分反应时的终浓度为：Tris-HCl1-25mmol/L、KCl15-90nmol/L、Mg2+1.3-5.8mmol/L、dNTPs0.16-0.7mmol/L和DNA聚合酶0.02-0.28U/ul。优选地，各组分反应时的终浓度为：Tris-HCl10mmol/L、KCl50nmol/L、Mg2+3.75mmol/L、dNTPs0.3125mmol/L、SEQIDNo.1所示的上游引物0.025umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物0.25umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.1umol/L、SEQIDNo.4所示的上游引物0.025umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种酒精代谢基因多态性检测引物组，其特征在于，包括以下引物：(1)针对ADH1B基因(rs1229984，c.143G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.1所示的上游引物、SEQ ID No.2所示的下游引物和SEQ ID No.3所示的探针；(2)针对ALDH2基因(rs671，c.1510G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.4所示的上游引物、SEQ ID No.5所示的下游引物和SEQ ID No.6所示的探针；(3)针对GABRA2基因(rs279845，c.255+4909A>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID No.7所示的上游引物、SEQ ID No.8所示的下游引物和SEQ ID No.9所示的探针；所述SEQ ID No.3所示的探针、SEQ ID No.6所示的探针和SEQ ID No.9所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。

【技术特征摘要】
1.一种酒精代谢基因多态性检测引物组，其特征在于，包括以下引物：(1)针对ADH1B基因(rs1229984，c.143G>A)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.1所示的上游引物、SEQIDNo.2所示的下游引物和SEQIDNo.3所示的探针；(2)针对ALDH2基因(rs671，c.1510G>A)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.4所示的上游引物、SEQIDNo.5所示的下游引物和SEQIDNo.6所示的探针；(3)针对GABRA2基因(rs279845，c.255+4909A>T)多态性位点的检测引物：如SEQIDNo.7所示的上游引物、SEQIDNo.8所示的下游引物和SEQIDNo.9所示的探针；所述SEQIDNo.3所示的探针、SEQIDNo.6所示的探针和SEQIDNo.9所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述SEQIDNo.3所示的探针5’端连接的荧光报告基团为ROX，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ2；所述SEQIDNo.6所示的探针5’端连接的荧光报告基团为CY5，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ2；所述SEQIDNo.9所示的探针5’端连接的荧光报告基团为FAM，3’端连接的非荧光淬灭基团为BHQ1。3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组的工作浓度为：SEQIDNo.1所示的上游引物0.01-0.15umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物0.1-1.5umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.02-0.6umol/L；SEQIDNo.4所示的上游引物0.01-0.15umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.2-3.0umol/L、SEQIDNo.6所示的探针0.05-0.7umol/L；SEQIDNo.7所示的上游引物0.02-0.3umol/L、SEQIDNo.8所示的下游引物0.2-3.0umol/L、SEQIDNo.9所示的探针0.01-0.2umol/L。4.权利要求1～3任一项所述的检测引物组在制备酒精代谢基因多态性检测试剂中的用途。5.一种酒精代谢基因多态性检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求1～3任一项所述的检测引物组。6.根据权利要求5所述的检测试剂盒，其特征在于，还包含以下组分：PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs和DNA聚合酶；所述PCR缓冲液包含Tris-HCl和KCl。7.根据权利要求6所述的检测试剂盒，其特征在于，所述组分反应时的终浓度为：Tris-HCl1-25mmol/L、KCl15-90nmol/L、Mg2+1.3-5.8mmol/L、dNTPs0.16-0.7mmol/L和DNA聚合酶0.02-0.28U/ul。8.根据权利要求6所述的检测试剂盒，其特征在于，各组分反应时的终浓度为：Tri...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾钦龙，徐进美，谭洁亮，黎箐，唐佳，
申请(专利权)人：江门市妇幼保健院，
类型：发明
国别省市：广东,44