本发明专利技术属于猪的遗传标记制备技术领域，具体公开了一种与猪生长及繁殖性状相关的分子标记及应用，该标记从猪DLST基因中筛选得到，在SEQ ID NO.1所示序列的677位碱基处发生一个A/G碱基突变，导致DraI‑RFLP多态性，利用该SNP位点设计引物，分析该SNP标记与繁殖性状间相关性，发现了猪DLST基因内含子区内的SNP突变位点与左乳头数与总乳头数等繁殖性状显著相关；与体长等生长性状极显著相关。本发明专利技术为猪标记辅助选择提供了新的标记资源。
A molecular marker related to growth and reproductive traits in pigs and its application
The invention belongs to the technical field of pig genetic mark preparation, and specifically discloses a molecular marker and application related to pig growth and reproduction characters. The marker is screened from pig DLST gene, and a A/G base mutation occurs at the 677 base of SEQ ID NO.1 sequence, resulting in DraI RFLP polymorphism. It was found that the SNP mutation in the intron region of pig DLST gene was significantly correlated with the number of left nipples and reproductive traits such as total nipple number, and significantly correlated with growth traits such as body length. The invention provides a new marker resource for pig marker assisted selection.
【技术实现步骤摘要】
一种与猪生长及繁殖性状相关的分子标记及应用
本专利技术涉及猪的分子标记辅助选择
，具体涉及一种与猪生长及繁殖性状相关的分子标记及应用。所述的遗传标记分离自DLST基因片段，本专利技术还包括所述的遗传标记在猪辅助选择关联分析中的应用。
技术介绍
猪的育种工作指的是凡是能够从遗传结构上改进种猪和商品猪的品质、提高产品数量和质量的工作，其目的是不断改善和扩大现有良种、培育新品种、是猪群的重要经济性状得到遗传改良。而传统的育种主要依赖于表现型选择，无法了解其遗传背景。二十世纪后期，育种学家把对目标性状的改良逐步从表型选择理论转变到基因型选择理论，充分利用分子育种方法开展选育工作。如今，应用最为广泛的是分子标记辅助选择(molecularmarker-assistedselection，MAS)，在育种工作中越来越受到人们的重视。它是通过与重要生产性状座位连锁的DNA标记来评估动物个体的生产潜力，可以通过分子标记对基因型做直接选择，从而进行分子育种。分子标记辅助选择具有高准确性，可用于早期选种，缩短世代间隔，与常规育种相结合，可大大加快育种进程。分子标记是指能反映动物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段，目前已经出现的分子标记有十几种，例如RLFP、SSR、RAPD、SNPs等等。限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)是第一代分子标记，将PCR与RFLP结合就形成PCR-RFLP技术，利用该技术方法可以实现对单核苷酸多态性进行基因型分析。其原理是在扩增不同个体同一段DNA序列时，由于单个碱基的突变从而引起限制性内切酶识别位点的得失，经电泳分离产生大小不同的条带，从而实现对基因型的分析。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是指同一物种不同个体基因组DNA上的某个位点存在单个碱基的变化，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等现象。SNP是基因组中最普遍、频率最高的遗传标记，某些位于基因表达序列内的SNP有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，对于复杂表型性状与基因变异之间的关联分析具有重要意义。SNP易于实现自动化分析，被认为是继RFLP、微卫星标记之后的第三代分子标记，在遗传育种学研究中的应用前景十分广阔。二氢硫代酰胺S-琥珀酰转移酶(dihydrolipoamideS-succinyltransferase，DLST)是α-酮戊二酸脱氢酶的结构核心蛋白，是其一个亚单位酶，参与复杂的柠檬酸循环。有研究发现DLST作为α-酮戊二酸脱氢酶复合物(KGDHC)中的转移酶，其在TCA循环中对能量产生和大分子合成至关重要。在本研究中，我们克隆了大白猪DLST基因序列，发现该基因在大白猪群体中存在一个SNP位点，首次发现该SNP位点与大白猪的乳头数和体长这两个性状差异显著。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供了一种与猪生长和/或繁殖性状关联的SNP分子标记，该分子标记位于猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基，对应SEQIDNO.1所示序列的第677个碱基，SEQIDNO.1中的R为A或G，利用本领域的常规方式对该突变进行检测，可用于对猪的生长和/或繁殖性状进行关联分析。本专利技术的另一个目的在于提供针对DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基设计的引物，引物为：正向引物F：5’-TCAAACATTTCCACTG-3’，反向引物R：5’-ATCCTCTTAGCACCAC-3’。本专利技术的最后一个目的在于提供了DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基在猪生长和/或繁殖性状关联分析中的应用。为了达到上述目的，本专利技术采取以下技术措施：一个与猪生长和/或繁殖性状关联的SNP分子标记的获得：申请人克隆获得了大白猪DLST基因包括第三、四内含子和第三外显子在内片段，所述片段的核苷酸序列为SEQIDNO：1所示，SEQIDNO.1中的R为A或G，通过对上述序列在NCBI网站上进行blast比对，在该扩增片段内部发现一处核苷酸多态性(SNP)位点，所述位点为SEQIDNO.1所示序列的第677碱基处的碱基发生的一个等位基因的A/G突变，SEQIDNO.1中的R为A或G，该突变导致DraI-RFLP多态性，申请人将该突变位点命名为A677G。针对该位点利用本领域的常规方式进行检测，发现该位点与猪乳头数、体长性状的关系显著相关，为猪乳头数和体长性状的标记辅助选择提供有用的标记。DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基在猪生长和/或繁殖性状关联分析中的应用，包括利用该位点筛选不同乳头数的猪和/或筛选不同体长的猪。以上所述方案中，优选的，基于该位点设计引物为，正向引物F：5’-TCAAACATTTCCACTG-3’，反向引物R：5’-ATCCTCTTAGCACCAC-3’。只要现有技术中，针对上述A677G位点突变设计的检测引物或是检测方法用于猪生长和/或繁殖性状关联分析的，均属于本专利技术的保护范围。更详细的技术方案见《具体实施方式》所述。与现有技术相比，本专利技术具有以下优点：申请人首次在大白猪DLST基因序列中发现一个SNP位点与大白猪的乳头数和/或体长这两个性状显著相关，为大白猪的生长性相关的筛选工作提供了新方法。附图说明图1本专利技术对DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基突变DraI-RFLP的检测结果。其中泳道：M为DL2000Maker；泳道3和泳道6为GG基因型，817bp，163bp；泳道3和泳道5为AA基因型，676bp，163bp，161bp；泳道1、泳道4和泳道6为AG基因型，817bp，676bp，163bp，161bp。具体实施方式本专利技术所述技术方案，如未特别说明，均为本领域的常规方案，所述试剂或材料，如未特别说明，均来源于商业渠道。实施例1：猪DLST基因DNA片段的获得及SNP检测方法的建立试验选择外国血缘猪种“大白猪”，根据猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因(NC_010449.5)的第3509个碱基设计如下引物对，具体序列如下：正向引物F：5’-TCAAACATTTCCACTG-3’，反向引物R：5’-ATCCTCTTAGCACCAC-3’；用上述引物对在“大白猪”基因组DNA中进行PCR扩增，扩增得到SEQIDNO.1所示序列，该序列中的R为A或G。PCR反应体系见表1。表1PCR反应体系PCR反应条件见表2所示。表2PCR反应条件将所得的上述基因型猪种的PCR产物进行纯化和克隆后，进行序列测定，测序工作由上海生工生物工程技术服务有限公司完成。经blast比对分析，发现在该序列中第677位碱基处存在一个A/G突变(转换)，该突变引起DraI酶切位点多态性。取10ulPCR产物加入0.5ul限制性内切酶DraI(20U/ul)、2ul10×buffer和7.5ulddH2O，37℃酶切1小时，酶切产物经2％的琼脂糖凝胶电泳检测，在凝胶成像系统下观察并记录酶切结果。当此突变处碱基都为A时存在酶切位点，酶切结果检测到三条带计为AA型(676bp+163bp+16本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因，NC_010449.5的第3509个碱基在猪生长和/或繁殖性状关联分析中的应用。
【技术特征摘要】
1.猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因，NC_010449.5的第3509个碱基在猪生长和/或繁殖性状关联分析中的应用。2.针对猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因，NC_010449.5的第3509个碱基设计的引物在猪生长和/或繁殖性状关联分析中的应用。3.针对猪的基因组数据库Sscrofa11.1中的DLST基因，NC_0...
【专利技术属性】
技术研发人员：左波，李明杨，王国水，徐在言，毛慧敏，毛翠，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42
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