一种编码噬菌体调节蛋白的基因的用途制造技术

本发明专利技术提供了一种编码噬菌体调节蛋白的基因的用途，所述基因为phage‑related regulatory protein，所述基因的Genbank登陆号为CP016318.1(751180..752433)，所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；本发明专利技术通过多重BLAST筛选分析发现基因名为phage‑related regulatory protein的艰难梭菌特异性基因，针对该基因设计内外游引物，构建了两种鉴定体系，优化了反应体系及流程，并进行灵敏度和特异性实验，证明该基因能有效鉴定或检测艰难梭菌，灵敏度高，特异性好，操作简便，具有广阔的应用前景和市场价值。

The use of a gene encoding bacteriophage regulatory protein

The invention provides the use of a gene encoding a bacteriophage regulatory protein, the gene is phage related regulatory protein, the Genbank landing number of the gene is CP016318.1 (751180.752433), the nucleotide sequence of the gene is shown as SEQ ID NO.1, and the difficult shuttle named phage related regulatory protein is found by multiple BLAST screening analysis. Two identification systems were constructed based on the design of internal and external primers for the gene. The reaction system and process were optimized. Sensitivity and specificity experiments were carried out. The results showed that the gene could effectively identify or detect Clostridium difficile with high sensitivity, good specificity, simple operation and broad application prospects and market value.

【技术实现步骤摘要】
一种编码噬菌体调节蛋白的基因的用途
本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种编码噬菌体调节蛋白的基因的用途。
技术介绍
艰难梭菌(Clostridiumdifficile，C.difficile)，是一种专性厌氧、革兰染色阳性的粗大芽孢杆菌，大小为0.5-1.9×13.0-16.9μm，没有鞭毛，芽孢位于菌体次极端呈卵圆形，在外环境可存活数周至数月，具有臭味，广泛存在于自然环境及动物和人的粪便中，1935年在新生儿肠道正常菌群中被发现，但直到1974年发现本菌与临床长期使用某些抗生素引起的伪膜性肠炎有关，方被重视。健康人群中约有3％的人的胃肠道中有艰难梭菌，当抗生素应用或者人体免疫力低下、胃肠功能紊乱的情况下艰难梭菌会大量繁殖，产生A、B毒素侵犯人体结肠引起相关症状；艰难梭菌是抗生素相关性腹泻的重要病原菌，院内感染性腹泻的最主要原因，伪膜性肠炎90-100％由艰难梭菌引起。艰难梭菌感染(Clostridiumdifficileinfection，CDI)患者临床表现非特异，轻者自限性腹泻，重者可出现伪膜性肠炎及中毒性巨结肠。由于近年来抗生素的广泛应用、寿命的延长、各种生命支持技术的提高，使得艰难梭菌感染率提高，目前全球特别是欧洲和北美艰难梭菌感染的流行暴发迅速增多，严重病例数、复发率和病死率均明显上升，在社区里发病率也逐渐升高，但是由于目前尚无一种敏感性、特异性都较好，而周转时间短、技术要求不高的诊断方法导致该病的临床诊断较难。CN107202834A提供了一种ST37型艰难梭菌及其单位点变异型ST81的鉴定方法，包括以下步骤：提取待鉴定艰难梭菌菌株中的蛋白质，得到质谱测试样品；利用质谱检测设备对上述样品进行检测，所得质谱图中在m/z3235～3245和m/z3280～3290处同时存在特异性的蛋白峰的菌株为ST37型艰难梭菌或其单位点变异型ST81。CN103911430A提供了一种艰难梭菌菌株鉴定及毒素基因分析的荧光标记多重PCR检测试剂盒，该试剂盒包括6对用于检测艰难梭菌菌株的荧光标记引物，所述特异性引物由艰难梭菌种特异性的磷酸丙糖异构酶(triosephosphateisomerase，tpi)基因、毒素A基因(tcdA)、毒素B(tcdB)，tcdC基因(tcdC)、二元毒素A(cdtA)和二元毒素B(cdtB)的特异性引物组成。扩增结果用毛细管电泳检测，但上述现有技术实验步骤繁琐，检测基因特异性差，周期漫长，准确度不高。目前常用于艰难梭菌的检测方法包括酶联免疫试验(EIA)、细胞毒性检测、大便培养、脱氢酶乳酸检测、分子生物学检测方法等，但这些方法都存在一些缺陷。酶联免疫试验(EIA)检测毒素目前仍占临床实验室的大部分，直接检测大便中的A或B毒素，快速，简单，周期快，敏感性低，有较高的特异性与诊断价值，但是实验室条件及实验员要求较高，循环周期长，需要持续的细胞培养。随着分子生物学和生物信息学的发展，陆续发现了一些病原菌保守的核酸序列，在此基础上建立了众多的检测技术，其中主要有核酸探针检测技术、实时荧光PCR检测技术、LAMP和PCR技术，这些方法因其特异性强、灵敏度高、省时等特点已越来越多的被应用于微生物鉴定中。因此，研发一种特异性良好、灵敏度较好、检测快速可靠、操作简单的艰难梭菌的鉴定体系对于提供公共环境的卫生水平具有广阔的应用前景和巨大的市场价值。
技术实现思路
针对现有技术的不足及实际的需求，本专利技术提供一种编码噬菌体调节蛋白的基因的用途，本专利技术通过多重BLAST筛选分析发现基因名为噬菌体调节蛋白phage-relatedregulatoryprotein的艰难梭菌特异性基因，针对该基因设计内外游引物，构建了两种鉴定体系，并进行灵敏度和特异性实验，证明该基因能有效鉴定或检测艰难梭菌，灵敏度高，特异性好，操作简便，具有广阔的应用前景和市场价值。为达此目的，本专利技术采用以下技术方案：第一方面，本专利技术提供一种编码噬菌体调节蛋白的基因用于鉴定艰难梭菌的用途。本专利技术中，所述基因为噬菌体调节蛋白phage-relatedregulatoryprotein，所述基因的Genbank登陆号为CP016318.1(751180..752433)，该基因的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示；SEQIDNO.1：ATGGGGGAAATAGAGATGAATAAGGGATTTTACAAATTAAATTCAGTGGTATTGAACTTTGATATTAAGAATGATGTTAACAAGATAAGATTTAATCATTATATAATGAGAAAAGAAAACATACAAAGACTTCAAGGAACTCTGCCAAACGGACAATTTTATATGACAGTGAGAAGAGCTGCTACAGATTTACAACTTTCTATTTCTACTATAAGTAGGCTTGTAAAAGAGTTTTTGGATTTAGGGATAATAAGATTAGTGTCTAAGGGTGTAAAAGGTAATCGTTCTGTATATAGTTACGTAAGTATAGAGTTTAATGGAAGTTTATTTGATGATAGTAAATATATGGAACTTGACTGTGTATGTAATGATGAATTTATTGATAATAGTGGCATAGAGTTTGATTGTGATAGCAAAGATAATTCTTTTAATGGAGATATAAATGTAGAAACTGTGCATTGCATTAATGAGTATTTCTCTGATGATGATGTAGAGCATAATTATAACAATTTCCATAACAAAGATACTATAAAGGATAAAGCCATTTCTAATATTAGCACTATCAAAAAATATATTGATGAATCTTTTGATACAAATAAATCAGAAAATTCTAACTTACAACAGGAGTCAATAAATTTCAACTTTAATGATACATGCAATGAAATAGATAAAAGAACGAATAATAGTATAGAAAATAATCAAAATAAAAGGCCTATGAGATTGAGTGACATCAGTGTTTTAAGTGATAAAGGTATGACAAATAAAAAGAATTACTTTAATCATAATCATGGTATACAAAAAGGGACTAAATCTGTAACAAAGAAAAAAGAATCCTTAAATAAATTTAATAAAAAAAATATACAGCAAAGCATTATAAATATGCTAAATAAAAAATCAGGTAAGAATTTTAAAATCGATTCTCCAATAAGCATAAAACTTATCAATGAAAGGCTAAAGGAAGGCTATGTCTTAGAAGATTTCTACAAAGTTATTGAGGTAAAAGTGGCTAAGTGGAAAAATACCATAATGGAAATGTATATAAGACCAGAAACTTTGTTTAGCTATAAGTTTGAATCCTATGTAAATGAAAACATATCTATGAAAAGTCAAAGTAATGTTCACCCATGTAAAGAAGGCAATAGTAATGATAGCAGTAATTATATACATTCTGATTATACAACATATGATGGCAGTGTGCGTGAGAGAAAAAAATATGAGAA本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种编码噬菌体调节蛋白的基因用于鉴定艰难梭菌的用途。

【技术特征摘要】
1.一种编码噬菌体调节蛋白的基因用于鉴定艰难梭菌的用途。2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述基因的Genbank登陆号为CP016318.1，所述基因的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。3.一种鉴定艰难梭菌的引物，其特征在于，根据权利要求2所述的基因进行设计，所述引物包括一对外游引物和一对内游引物；其中，所述外游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2-3所示，所述内游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.4-5所示。4.一种鉴定艰难梭菌的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)针对基因噬菌体调节蛋白设计特异性引物，包括一对外游引物和一对内游引物；(2)提取待测样品的模板DNA；(3)建立PCR鉴定体系和/或LAMP鉴定体系，对待测样品的模板DNA进行检测。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，在步骤(1)之前还包括BLAST筛选步骤；优选地，所述BLAST筛选包括本地BLAST和在线BLAST；优选地，所述本地BLAST的步骤包括：从NCBI下载非冗余核酸数据库并构建靶数据库，将艰难梭菌全基因组序列作为检索数据，与靶数据库进行比对筛选，得到潜在特异序列；优选地，所述在线BLAST的步骤包括：BLAST时排除艰难梭菌，结果显示无相似序列，且BLAST时选择艰难梭菌，得到目的菌...

【专利技术属性】
技术研发人员：夏雪山，宋玉竹，杨光英，
申请(专利权)人：云南科耀生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：云南,53