一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记及其应用。所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM‑rt078，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。应用为所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在烟草红花色基因Rt中的应用。本发明专利技术所述的共显性SSR标记可以作为烟草花色育种中红花色基因Rt分子标记辅助选择的应用。

【技术实现步骤摘要】
一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记及其应用
本专利技术属于生物
，具体涉及一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记及其应用。
技术介绍
烟草属于双子叶植物纲（Dicotyledoneae）管花目（Tubiflorae）茄科（Solanaceae）烟草属（Nicotiana）。烟属多为一年生或多年生草本植物，但少数是灌木或呈乔木状。主茎从十几厘米到数百厘米且大多数有茸毛。单叶互生，叶型差异较大，主要有椭圆型、卵圆形、披针形、心形等。有叶柄或无叶柄，但叶基部抱茎成侧翼状。花序主要有聚伞状、总状、复总状（圆锥状）3种类型；花色多种，呈现黄、绿黄、白、粉红、红、紫或混合花晕。目前，生产上广泛栽培应用的烟草主要有普通烟草和黄花烟草，其中普通烟草（亦称红花烟草）的栽培面积约占栽培烟草总量的98%以上。研究表明，烟草的花色尤其是红花色与烟草的品质直接相关，即，具有红花色的烟草，其烟叶质量要显著高于非红花色的烟草，究其原因，可能与合成红花色的各种酮类（尤其是内黄酮等）、醛类等相关。但几乎所有红花色烟草的花色遗传是受微效多基因控制的数量性状，即，利用具有红花色的烟草植株与具有白花色的烟草进行杂交、自交和回交，其后代花色的分离是呈连续性的，也即，花冠颜色可分为深红（紫色）、红、粉红、淡红、粉白、白等一系列连续等级。花色（尤其是红花色）的这种遗传分离方式也刚好与烟叶内在品质性状的遗传方式相吻合，即，烟叶品质也是由微效多基因控制且极易受环境影响的数量性状控制。但也有研究表明，经过辐射处理后的正常红花色烟草诱变形成白花色烟草，且经过大量的遗传分析研究表明，突变后烟草植株的红花色是受单个显性基因控制的（即，利用正常红花色植株与白花色突变株进行杂交、自交和回交，其后代群体中红花色与白花色比值经卡方检测后分别符合1:1和3:1的分离比例）质量性状（佟道儒，贾兴华，γ射线诱变烟草花药培养的突变体.核农学报，1991,5（4）：193-198）。基于烟草的红花色表型与烟叶的内在品质直接相关，而烟叶品质又受到众多化学成分、代谢通路、栽培环境等多因素影响，而无法进行定性、定量的研究和品种培育，故此，借助于受显性单基因控制的红花色表型性状，使得烟草育种工作者可以较容易的将红花色性状导入到普通栽培烟草中，从而实现培育出具有较高烟叶品质的烟草品种的目的。鉴于此，本专利技术利用红花云烟85（其红花色性状由显性单基因Rt控制）和白花云烟87构建回交一代（BC1F1）作图群体，采用分离群体分组分析（BulkedSegregationAnalysis,BSA）法，筛选与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记，加速分子标记辅助选择（MarkerAssistantSelection，MAS）在烟草花色（尤其是红花色）品种选育中的利用，从而实现方便、快捷、稳定、可靠的培育出具有较高烟叶品质的烟草品种。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记；第二目的在于提供所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的应用。本专利技术的第一目的是这样实现的，所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM-rt078，其扩增产物核苷酸序列分别为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示。本专利技术的第二目的是这样实现的，所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在烟草红花色基因Rt中的应用。本专利技术为了简捷、高效选择具有红、白两种花色的烟草品种，有针对性和特异性的选择含红花色基因Rt的后代材料，本专利技术提供一种用于检测烟草红花色基因Rt的分子标记TM-rt078，该分子标记采用分离群体分组分析（BulkedSegregationAnalysis,BSA）法，筛选获得与烟草红花色基因Rt基因连锁的共显性SSR标记，可以用于烟草红花色基因Rt的辅助选择，以提高分子标记辅助选择的效率及红、白花色品种选育的效率。本专利技术利用红花色云烟85和白花色云烟87为亲本，构建回交一代（BC1F1）作图群体，采用分离群体分组分析（BSA）法，筛选与烟草红花色基因Rt连锁的共显性SSR标记，加速分子标记辅助选择（MarkerAssistantSelection，MAS）在红、白花色烟草品种选育中的利用。本专利技术所述的共显性SSR标记具有稳定、可靠、简便、快捷和低成本的特点，因此该分子标记可以作为烟草花色育种中Rt基因分子标记辅助选择的应用。附图说明图1是与烟草红花色基因Rt连锁的共显性SSR标记在5份材料中的PCR扩增产物凝胶电泳图；其中，rB，白花色池；RB，红花色池；rP，白花色亲本（白花云烟85）；RP，红花色亲本（红花云烟877）；F1，两亲本间的杂交子一代；M，500bpDNAladder，长度片段从上到下分别为：500bp，400bp，300bp，200bp和100bp；图2是共显性SSR标记TM-rt078与烟草红花色基因Rt的连锁关系；其中，左侧为标记（基因）名称；右侧为标记与红花色基因Rt间的遗传距离（单位为：cM）。具体实施方式下面结合实施例和附图对本专利技术作进一步的说明，但不以任何方式对本专利技术加以限制，基于本专利技术教导所作的任何变换或替换，均属于本专利技术的保护范围。本专利技术实施例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过购买获得的常规产品。本专利技术所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM-rt078，其扩增产物核苷酸序列分别为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示。所述的分子标记所对应的1个位点的引物序列分别为：TM-rt078序列为：TM-rt078F：5’-TCCTGCAAAGAAACACAACG-3’；TM-rt078R：5’-GATGAGTGGGAAATTCAAATGAT-3’。本专利技术所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的应用为所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在烟草红花色基因Rt中的应用。所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的应用，是以TM-rt078序列的引物扩增待检测烟草基因组DNA，检测PCR扩增产物，如果PCR扩增产物中含有如SEQIDNo.1所示序列则表明该待测烟草植株含有红花色纯合基因RR；如果PCR扩增产物中含有如SEQIDNo.2所示序列即为含有白花色的纯合等位基因rr；如果PCR扩增产物中含有如SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示序列即为含有红花色的杂合基因Rr。下面以具体实施案例对本专利技术做进一步说明：实施例1利用分离群体分组分析（BSA）法，筛选与烟草红花色基因Rt连锁的共显性SSR标记一、实验材料以具有红花色烤烟品种-红花云烟85为母本，以具有白花色烤烟品种-白花云烟87为父本，经杂交、回交（白花云烟87为轮回亲本）分别获得F1和回交一代（BC1F1）群体。二、亲本及BC1F1分离群体花色（红和白）鉴定试验材料成苗后移栽至大田，待大田烟草植株盛花期开始统计烟株的花冠颜色。经田间盛花期烟株花冠颜色的统计结果可知：BC1F1本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM‑rt078，其扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。

【技术特征摘要】
1.一种与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM-rt078，其扩增产物核苷酸序列分别为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示。2.根据权利要求1所述的与烟草红花色基因Rt紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于所述的分子标记所对应的1个位点的引物序列分别为：TM-rt078序列为：TM-rt078F：5’-TCCTGCAAAGAAACACAACG-3’（SEQIDNo.3）；TM-rt078R：5’-GATGAGTGGGAAATTCAAATGAT-3’（SEQIDNo.4）。3.一种权利要求1或2所述的与烟草红花色基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴兴富，童治军，焦芳婵，陈学军，宋中邦，李永平，
申请(专利权)人：云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：云南,53