基于环介导恒温扩增的丙型肝炎病毒基因分型方法技术

本发明专利技术涉及公开一种基于环介导恒温扩增的丙型肝炎病毒基因分型方法，涉及分子生物技术领域。所述丙型肝炎病毒基因分型方法，基于LAMP方法，针对丙型肝炎病毒5’UTR‑Core区中各亚型特异的基因序列，设计不同亚型的LAMP引物，包括两条外引物、两条内引物和环引物，在65℃，60min条件下采用NEB试剂进行检测；具有高特异性、高灵敏度、低成本的特性，可实现标本高通量的自动化检测、可污染的风险，并且较低的设备要求可以有助于推广LAMP方法在临床的应用；具有较好的临床应用前景，同时可开发相应试剂有利于进一步推动本方法在临床的应用。

【技术实现步骤摘要】
基于环介导恒温扩增的丙型肝炎病毒基因分型方法
本专利技术涉及分子生物
，具体的涉及一种基于环介导恒温扩增(Loop-mediatedisothermalamplification，LAMP)的丙型肝炎病毒基因分型方法。
技术介绍
丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus,HCV)是单股正链RNA病毒，属黄病毒科丙型肝炎属。全球约有1.7亿人感染丙型肝炎病毒，中国HCV的感染率占总人口的3.2％，约4200万。HCV感染发展隐匿，具有较高的慢性化比例，感染后80％以上会转变成慢性肝炎，如未经合理治疗，其中10％～30％经l0～20年后会发展成肝硬化，l％～3％发展成原发性肝癌[3-5]。HCV基因组呈现高度异质性。根据Simmonds命名系统HCV可分为11个型，70个亚型。常见的基因亚型有5种，即1a、1b、2a、2b、3a型等。HCV病毒基因型分布有明显地区差异，可能与HCV的来源、传播方式及人群遗传背景不同有关。研究表明中国大陆的HCV主要有1b和2a型，南方城市1b型占75％～90％以上，北方城市1a型占46％～70％，而人口流动较少的少数民族地区如广西、甘肃、新疆、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种丙型肝炎病毒基因分型方法，其特征在于：基于LAMP方法，针对丙型肝炎病毒5’UTR‑Core区中各亚型特异的基因序列，设计不同亚型的LAMP引物，包括两条外引物、两条内引物和环引物，在65℃，60min条件下采用NEB试剂进行检测；所述反应体系为：12.5μL2×MasterMix、2.5μL引物混合液、1μLcDNA模板和9μLRnasefree水在基因扩增仪下反应；所述引物混合液两条外引物各5pmol、两条内引物各40pmol和环引物20pmol；所述反应体系从红色变为黄色时结果判断为阳性。

【技术特征摘要】
1.一种丙型肝炎病毒基因分型方法，其特征在于：基于LAMP方法，针对丙型肝炎病毒5’UTR-Core区中各亚型特异的基因序列，设计不同亚型的LAMP引物，包括两条外引物、两条内引物和环引物，在65℃，60min条件下采用NEB试剂进行检测；所述反应体系为：12.5μL2×MasterMix、2.5μL引物混合液、1μLcDNA模板和9μLRnasefree水在基因扩增仪下反应；所述引物混合液两条外引物各5pmol、两条内引物各40pmol和环引物20pmol；所述反应体系从红色变为黄色时结果判断为阳性。2.如权利要求1所述的一种丙型肝炎病毒基因分型方法，其特征在于：所述丙型肝炎病毒1b，2a，3和6a基因分型方法，包括以下步骤：1)基于LAMP方法，设计丙型肝炎病毒1b，2a，3和6a对应的两条外引物、两条内引物和环引物HCV1b外引物1b-F3：caaacgtaacaccaaccgc、1b-B3：ggcgagccttggggata内引物1b-FIP：cggcaacaggtaaactccaccacgcccacaggacgtcaag1b-BIP：taagtgtgcgcgcgactatgtcgccttccacgagg环引物1b-LF：ggaagacttccgagcggtHCV2a外引物2a-F3：tgcggaaccggtgagt、2a-B3：cacggtctacgagacctcc内引物2a-FIP：ggccgggcatagagtgggtcaccggaattgccgggaag2a-BIP：ccgcaagactgctagcc...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘子杰，段勇，杨川琪，
申请(专利权)人：昆明医科大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：云南,53