表观基因组分析揭示了原发性胃腺癌的体细胞启动子局面制造技术

本发明专利技术涉及用于确定是否存至少一种启动子或癌症相关启动子的方法，或用于癌症预后的方法，每一方法都基于：分离H3K4me3与H3K4mel的信号比大于1的核酸，并检测相对于非癌性生物样品在癌性生物样品的核酸中H3k4me3信号强度的变化。本文还公开了用于癌症检测的生物标志物，其包含相对于非癌性生物样品，在癌性生物样品中H3k4me3信号强度发生变化的启动子。在另一发明专利技术中，进一步公开了用于调节至少一种癌症相关启动子活性的方法，或者用于调节免疫应答的方法，每一方法都涉及施用的EZH2的抑制剂。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】表观基因组分析揭示了原发性胃腺癌的体细胞启动子局面对相关申请的交叉引用本申请要求2016年2月16日提交的新加坡申请第10201601142V号的优先权，为了所有目的，将该申请的全部内容通过引用并入本文。
本专利技术涉及用于确定相对于非癌性生物样品，癌性生物样品中是否存在至少一种启动子的方法。
技术介绍
胃癌(GC)是全球癌症死亡率的第三大主要原因，在许多东亚国家中患病率很高。正如最近几项负面的II期和III期临床试验所例证的，GC患者经常呈晚期疾病，因此，临床管理仍然具有挑战性。在分子水平上，研究已经确定了GC的特征基因突变、拷贝数改变、基因融合和转录模式。然而，除HER2阳性GC和曲妥珠单抗(traztuzumab)外，这些中几乎没有已在临床上转化为靶向疗法。因此，迫切需要对GC进行额外和更全面的探索，因为这些探索可能强调了用于疾病检测的新生物标志物、预测患者预后或对治疗的应答，以及新的治疗方式。启动子元件是顺式调节元件，其功能是将基因转录起始与上游调节刺激物相连，整合来自不同信号传导通路的输入。启动子代表了生物多样性、功能多样性和调节多样性的重要储存库，因为目前的估计表明人类基本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于确定相对于非癌性生物样品，癌性生物样品中是否存在至少一种启动子的方法，包括：使所述癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K4me3和H3K4me1具有特异性的抗体接触；从所述癌性生物样品中分离H3K4me3相对于H3K4me1的信号比大于1的核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰具有特异性的区域；检测所述分离的核酸中的H3K4me3信号强度；以及基于所述H3K4me3信号强度相对于非癌性生物样品中H3K4me3信号强度的变化，确定所述癌性生物样品中是否存在至少一种启动子。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.02.16 SG 10201601142V1.一种用于确定相对于非癌性生物样品，癌性生物样品中是否存在至少一种启动子的方法，包括：使所述癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K4me3和H3K4me1具有特异性的抗体接触；从所述癌性生物样品中分离H3K4me3相对于H3K4me1的信号比大于1的核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰具有特异性的区域；检测所述分离的核酸中的H3K4me3信号强度；以及基于所述H3K4me3信号强度相对于非癌性生物样品中H3K4me3信号强度的变化，确定所述癌性生物样品中是否存在至少一种启动子。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌性和非癌性生物样品包括单细胞、多细胞、细胞碎片、体液或组织。3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中从同一个体获得所述癌性和非癌性生物样品。4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中各自从不同的个体获得所述癌性和非癌性生物样品。5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述接触步骤包括用所述对组蛋白修饰具有特异性的抗体免疫沉淀染色质。6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，还包括将来自所述癌性生物样品的至少一种启动子针对至少一条参考核酸序列作图，以鉴定与所述至少一种启动子相关的基因转录物。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述至少一条参考核酸序列包含源自以下的核酸序列：i)注释的基因组序列；ii)新的转录组装配；和/或iii)非癌性核酸序列文库或数据库。8.根据权利要求1所述的方法，其中相对于所述非癌性生物样品中的H3K4me3信号强度，H3K4me3信号强度的变化是大于1.5倍的增加或减少。9.根据权利要求8所述的方法，其中相对于非癌性生物样品中的H3K4me3信号强度，H3K4me3信号强度的变化大于1.5倍增加，与所述癌性生物样品中存在至少一种癌症相关启动子相关。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述至少一种癌症相关启动子的活性与SUZ12或EZH2结合位点相对于总启动子群体的增加相关。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述SUZ12或EZH2结合位点的增加与所述至少一种癌症相关启动子活性的上调相关。12.根据权利要求10所述的方法，其中所述SUZ12或EZH2结合位点的增加与所述至少一种癌症相关启动子活性的下调相关。13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述至少一种启动子是位置距已知基因转录物起始位点500bp内的规范启动子。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因转录起始位点与细胞类型特化基因、细胞粘附基因、细胞介导的免疫基因、胃癌相关或失调基因、PRC2靶基因或转录因子中的一种或多种相关。15.根据权利要求14所述的方法，其中所述基因转录起始位点与致癌基因相关。16.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因转录起始位点与选自由MYC、MET、CEACAM6、CLDN7、CLDN3、HOTAIR、PVT1、HNF4α、RASA3、GRIN2D、EpCAM及其组合组成的组中的基因相关。17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述癌症是胃癌或结肠癌。18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述至少一种启动子是与规范启动子相关的替代启动子，其中所述规范启动子存在于所述癌性生物样品和所述非癌性生物样品中，并且其中所述替代启动子仅存在于所述癌性生物样品中，或者其中所述替代启动子仅在所述癌性生物样品中不存在。19.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述至少一种启动子是位置距基因转录物起始位点超过500bp的未注释的启动子。20.根据权利要求18所述的方法，还包括：测量所述癌性生物样品和非癌性生物样品中所述至少一种替代启动子的表达水平，其中所述测量包括报告子探针的数字分析；和基于所述报告子探针的数字分析，测定所述至少一种替代启动子相对于所述非癌生物样品的差异表达水平，以验证相对于非癌性生物样品，所述癌性生物样品中是否存在至少一种替代启动子。21.根据权利要求20所述的方法，其中使用NanoStringTM平台进行所述测量步骤。22.一种用于确定个体中癌症的预后的方法，包括：使获得自所述个体的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K4me3和H3K4me1具有特异性的抗体接触；从所述癌性生物样品中分离H3K4me3相对于H3K4me1的信号比大于1的核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰具有特异性的区域；检测所述分离的核酸中的H3K4me3信号强度；和基于所述H3K4me3信号强度相对于参考核酸序列中H3K4me3信号强度的变化，确定所述癌性生物样品中是否存在至少一种癌症相关启动子，其中所述癌性生物样品中所述至少一种癌症相关启动子的存在与否指示所述个体中癌症的预后。23....

【专利技术属性】
技术研发人员：陈文炜，A·卡玛拉，邢漫洁，黄文锋，
申请(专利权)人：新加坡科技研究局，
类型：发明
国别省市：新加坡,SG